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<!DOCTYPE html>
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<head>
<title>Clase 13</title>
<meta charset="utf-8" />
<meta name="author" content="Miriam Lerma" />
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# <span style=" font-weight: bold; color: white !important;border-radius: 4px; padding-right: 4px; padding-left: 4px; background-color: #1d3557 !important;font-size: 60px;" >Git, GitHub y Zenodo</span>
<br>
<h2><span style=" font-weight: bold; color: white !important;border-radius: 4px; padding-right: 4px; padding-left: 4px; background-color: #264653 !important;" >Miriam Lerma</span></h2>
<h3><span style=" font-weight: bold; color: white !important;border-radius: 4px; padding-right: 4px; padding-left: 4px; background-color: #0A121F !important;" >Abril 2021</span></h3>
---
class: inverse
# Intro
- [Git](#git)
- [Github](#github)
- [Zenodo](#zenodo)
- [Git+Github](#git_github)
### Ustedes
- Quieren usar sistema de control de versiones
- Quieren subir su repositorio a github
- Quieren saber como agregarle un doi a sus materiales
### Responder en el chat 💬
- Han escuchado que es un sistema de control de versiones?
- Como mantienen controles de cambios en sus documentos?
- Cuantos tienen cuenta de usuario en github?
- Alguien ha usado zenodo?
---
class: inverse
## Créditos & Recursos
- Happy git:
[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M542.22 32.05c-54.8 3.11-163.72 14.43-230.96 55.59-4.64 2.84-7.27 7.89-7.27 13.17v363.87c0 11.55 12.63 18.85 23.28 13.49 69.18-34.82 169.23-44.32 218.7-46.92 16.89-.89 30.02-14.43 30.02-30.66V62.75c.01-17.71-15.35-31.74-33.77-30.7zM264.73 87.64C197.5 46.48 88.58 35.17 33.78 32.05 15.36 31.01 0 45.04 0 62.75V400.6c0 16.24 13.13 29.78 30.02 30.66 49.49 2.6 149.59 12.11 218.77 46.95 10.62 5.35 23.21-1.94 23.21-13.46V100.63c0-5.29-2.62-10.14-7.27-12.99z"/></svg> Happy Git by Jennifer Bryan](https://happygitwithr.com/)<br>
- Tutoriales en español
[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M549.655 124.083c-6.281-23.65-24.787-42.276-48.284-48.597C458.781 64 288 64 288 64S117.22 64 74.629 75.486c-23.497 6.322-42.003 24.947-48.284 48.597-11.412 42.867-11.412 132.305-11.412 132.305s0 89.438 11.412 132.305c6.281 23.65 24.787 41.5 48.284 47.821C117.22 448 288 448 288 448s170.78 0 213.371-11.486c23.497-6.321 42.003-24.171 48.284-47.821 11.412-42.867 11.412-132.305 11.412-132.305s0-89.438-11.412-132.305zm-317.51 213.508V175.185l142.739 81.205-142.739 81.201z"/></svg> RLadiesChile](https://vimeo.com/rladieschile)<br>
[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M549.655 124.083c-6.281-23.65-24.787-42.276-48.284-48.597C458.781 64 288 64 288 64S117.22 64 74.629 75.486c-23.497 6.322-42.003 24.947-48.284 48.597-11.412 42.867-11.412 132.305-11.412 132.305s0 89.438 11.412 132.305c6.281 23.65 24.787 41.5 48.284 47.821C117.22 448 288 448 288 448s170.78 0 213.371-11.486c23.497-6.321 42.003-24.171 48.284-47.821 11.412-42.867 11.412-132.305 11.412-132.305s0-89.438-11.412-132.305zm-317.51 213.508V175.185l142.739 81.205-142.739 81.201z"/></svg> RLadiesBuenosAires](https://www.youtube.com/watch?v=33pZ9dtc-Co)<br>
- Tutoriales en ingles
[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M549.655 124.083c-6.281-23.65-24.787-42.276-48.284-48.597C458.781 64 288 64 288 64S117.22 64 74.629 75.486c-23.497 6.322-42.003 24.947-48.284 48.597-11.412 42.867-11.412 132.305-11.412 132.305s0 89.438 11.412 132.305c6.281 23.65 24.787 41.5 48.284 47.821C117.22 448 288 448 288 448s170.78 0 213.371-11.486c23.497-6.321 42.003-24.171 48.284-47.821 11.412-42.867 11.412-132.305 11.412-132.305s0-89.438-11.412-132.305zm-317.51 213.508V175.185l142.739 81.205-142.739 81.201z"/></svg> RLadiesFreiburg](https://www.youtube.com/watch?v=tSse0KPgSoQ&t=1s)
- Imagen de portada
[Unsplash by Joel Filip](https://unsplash.com/@joelfilip)
---
name: git
class: center, middle, inverse
# 1. Git
---
## 1.2. Porque usar Git
<img src="https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/e0/Git-logo.svg/200px-Git-logo.svg.png" height="50" style="display: block; margin: auto;" />
**Git** es un software de **control de versiones** (VCS-Version control system).
- Usar **control de versiones** te permite modificar tu codigo teniendo un respaldo en una red segura.
- Esto te permite tender un historial de los cambios que has hecho en tu **repositorio** y poder volver a archivos antiguos.
---
## 1.2. Repositorio
Un **repositorio** es un lugar donde se almacenan los datos actualizados.
En un repositorio puede tener seguimiento de todos los cambios hechos a tu proyecto atraves del tiempo
Generalmente se guarda como **.git/** dentro de tu proyecto.
Lo que significa que si borras este **.git/** borras todo el historial de tu proyecto.
Tu repositorio puede estar solamente de manera local.
---
## 1.3. Repositorio
Existe la posibilidad de que ya tengan **Git** instalado (aunque es probablemente que deban actualizarlo)
Para revisar si ya lo tienen tienen que ir a la [**shell**](https://happygitwithr.com/shell.html#shell) y escribir
```r
which git
git --version
```
Hay que instalarlo si les aparece
```r
git: command not found
```
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git10.png" height="200" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 1.3. Instalación
- Git fue desarrollado para programadores, no para investigadores por lo que puede ser poco intuitivo
- Una **desventaja** es que instalación varía mucho entre computadoras
- La **ventaja** es que solo se debe instalar una vez
---
- Para descargar:<br>
Pagina [git](https://git-scm.com/)
- Para instalar git:<br>
[Windows](https://happygitwithr.com/install-git.html#install-git-windows)<br>
[macOS](https://happygitwithr.com/install-git.html#macos)<br>
[Linux](https://happygitwithr.com/install-git.html#linux)
---
## 1.4. Ejercicios
1 Revisar ✏️
- Abrir Tool>Shell
- Escribir
```r
which git
git --version
```
2 Responder en el chat 💬
- Quien ya tiene instalado git?
- Que version tienen instalada?
---
name: github
class: center, middle, inverse
# 2. Github
---
## 2.1. Porque usar Github
- Te permite tener un respaldo de tu proyecto
- Te permite colaborar con diferentes personas
- Facilita el trabajo remoto
---
## 2.1. Que es GitHub
<img src="https://avatars.githubusercontent.com/u/583231?v=4" height="200" style="display: block; margin: auto;" />
[Github](https://github.com/): es una plataforma para alojar proyectos utilizando el sistema de control de versiones. <br>
**Nota** En 2018 Microsoft compro la plataforma github, por lo que muchas personas dejaron de utilizarla.
Hay muchas otras opciones para alojar repositorios.<br>
Por ejemplo: [gitlab](https://about.gitlab.com/)
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/gitlab.png" height="80" style="display: block; margin: auto;" />
Ver Comparación [Github o Gitlab](https://rachelcarmena.github.io/2018/12/12/how-to-teach-git.html)
---
## 2.2. Registrarse
Para usar github hay que ingresar a la página [Github](https://github.com/) <br>
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Github1.png" height="400" />
---
## 2.3. Usuario
Para usar github hay que registrarse <br>
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Github2.png" height="300" style="display: block; margin: auto;" />
**Recomendaciones**
- Usa tu nombre de las publicaciones, sera más fácil que las personas encuentren o confíen en tu repositorio.
- Elije un nombre con el que te sientas cómodo de trabajar en el futuro
- Nombres cortos son mejores que nombres largos
- Se recomienda que utilices todas las letras en minúsculas y para separar usa _ o -
[Más recomendaciones](https://happygitwithr.com/github-acct.html)
---
## 2.4. Repositorio
Hay varias maneras de crear un repositorio, una de ellas usar el símbolo de **+** junto a nuestra foto.
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Github3.png" height="400" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 2.5. Repositorio
Hay que darle un nombre de nuestro repositorio, una descripción, si es público o privado y otras opciones. Por ahora podemos usar **Prueba** como nombre del repositorio y **Publico**
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Github4.png" height="400" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 2.6. Repositorio
- Les va a aparecer una serie de instrucciones, que por el momento puede que no les sean útiles. Las dejaremos para más tarde.
- Por ahora pueden subir materiales de manera manual usando **uploading an existing file**
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Github6.png" height="100" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 2.7. Repositorio
Ya pueden subir archivos desde su computadora.
Hay que llenar los espacios de **commit changes**. Por ahora podrían poner algo como **Prueba de repositorio** y **Agregue mi primer archivo Rmd**.
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Github7.png" height="400" style="display: block; margin: auto;" />
**Listo** ya creaste tu primer repositorio!
---
## 2.8. Ejercicios
Github ✏️
- Inscribirse a github
- Crear primer repositorio
Preguntas 💬
- Quien ya tiene usuario de github?
- Quien ya tiene su primer repositorio?
---
name: zenodo
class: center, middle, inverse
# 3. Zenodo
---
## 3. Zenodo
Muchas revistas solicitan incluir datos o código en las publicaciones.
Por ejemplo:
- [**Frontiers**](https://www.frontiersin.org/about/policies-and-publication-ethics) requiere que los autores tengan disponibles todos los datos relevantes para las conclusiones del manuscrito. <br>
Todos los datos deben estar públicamente disponibles y ser citados de acuerdo a sus reglamentos.
- [**PLOS ONE**](https://journals.plos.org/plosone/s/submission-guidelines#loc-data-reporting) requiere que los autores agreguen una sección que redirija al repositorio publico donde están accesibles los datos, o que los datos sean parte del articulo. <br>
**Recomendación** No incluyan los datos en la publicación (por motivos de licencia), es mejor tenerlos en un repositorio.
---
## 3.1. Zenodo
<img src="https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/0/0f/Zenodo_logo.jpg" height="50" style="display: block; margin: auto;" />
[Zenodo](https://zenodo.org/) es un repositorio de acceso abierto operado por CERN (Organización Europea para la Investigación Nuclear).
Permite que se depositen allí artículos de investigación, datos, software, informes y otro tipo de objeto digital relacionado con la investigación. La ventaja frente a github es que asigna un **DOI**.
--
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/001doi.svg" height="50" style="display: block; margin: auto;" />
Un DOI es un identificador de objeto digital y es un enlace permanente en forma de código alfanumérico que identifica de forma única el contenido electrónico. Por lo que te permite **proteger el contenido intelectual**
--
<img src="https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/d/df/DryadLogo2019.png/220px-DryadLogo2019.png" height="100" style="display: block; margin: auto;" />
Zenodo recienmente se asocio con [Dryad](https://datadryad.org/stash/) (otro repositorio que asigna DOI)
---
## 3.2. Ingresar
Para usar zenodo, hay que ingresar a la pagina [Zenodo](https://zenodo.org/)
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/zenodo1.png" height="400" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 3.3. Registrarse
Esta plataforma es gratuita. Para registrarse, si tienen github es bastante sencillo, solo hace falta ingresar su cuenta.
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/zenodo2.png" height="400" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 3.4. En Zenodo
Para asignar un **DOI** a su repositorio.
- Darle click a tu nombre
- En la parte de settings elegir GitHub
- Los repositorios de github aparecen con un **switch** para elegir el repositorio que nos interesa. Mover de **off** a **on** para elegir el repositorio de interés.
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/zenodo3.png" height="300" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 3.5. En Github
Para asignar un **DOI** a su repositorio.
- Abrir el repositorio
- Elegir el engrane donde dice settings
- Elegir new release
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/zenodo6.png" height="300" style="display: block; margin: auto;" />
[semantic versioning](https://semver.org/)
---
## 3.6. En Zenodo
Al volver a zenodo.
Ahora aparecera un identificador DOI:
[](https://zenodo.org/badge/latestdoi/354821022)
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/zenodo5.png" height="200" style="display: block; margin: auto;" />
---
**Para citarlo**
Lerma, M (2021). Paquete sula (Version v1.0). Zenodo.
https://doi.org/10.5281/zenodo.4682898
**Para agregarlo al articulo**
Data accesibility: Dataset to reproduce the analyses and scripts are freely available at zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.4682898).
---
class: inverse, center, middle
# 3. Ejercicios
<h1><svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#FFFFFF;overflow:visible;position:relative;"><path d="M497.9 142.1l-46.1 46.1c-4.7 4.7-12.3 4.7-17 0l-111-111c-4.7-4.7-4.7-12.3 0-17l46.1-46.1c18.7-18.7 49.1-18.7 67.9 0l60.1 60.1c18.8 18.7 18.8 49.1 0 67.9zM284.2 99.8L21.6 362.4.4 483.9c-2.9 16.4 11.4 30.6 27.8 27.8l121.5-21.3 262.6-262.6c4.7-4.7 4.7-12.3 0-17l-111-111c-4.8-4.7-12.4-4.7-17.1 0zM124.1 339.9c-5.5-5.5-5.5-14.3 0-19.8l154-154c5.5-5.5 14.3-5.5 19.8 0s5.5 14.3 0 19.8l-154 154c-5.5 5.5-14.3 5.5-19.8 0zM88 424h48v36.3l-64.5 11.3-31.1-31.1L51.7 376H88v48z"/></svg></h1>
---
## 3.1. Ejercicios
En equipo 💃🏽👯
- Escribir código en Rmd para analizar datos de pingüinos.
- Subir Rmd a github
**Instrucciones** a incluir en el Rmd:
- Como cargar datos de pingüinos y filtrar con solo datos de Adelia
- Como crear un modelo lineal con masa corporal y longitud de la aleta
- Agregar tabla con resultados del modelo
- Agregar gráfica de masa corporal por longitud de la aleta <br>
**Nota** Piensen en alguien que no conocen replicando su análisis
---
name: git_github
class: center, middle, inverse
# 4. Git+Github
---
## 4.1. Git
- Instalar git
- [Introduce yourself to git](https://happygitwithr.com/hello-git.html)
```r
git config --global user.name 'Mi nombre'
git config --global user.email 'micorreo@ejemplo.com'
git config --global --list
```
- Copiar code en github
- File>NewFile>VersionControl
- Pull
- Cambiar Readme
- Commit
- Push
---
## 4.2. Nuevo proyecto
Abrir nuevo proyecto
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git01.png" height="400" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 4.2. Version control
Elegir version control
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git02.png" height="400" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 4.3. Clonar
Copiar enlace de github
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git03.png" height="400" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 4.4. Repositorio
Pegar el enlace en RStudio
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git04.png" height="400" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 4.5. Pestaña
Para confirmar que todo funciono, deben aparecer nuevas pestañas dentro de su RStudio
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git05.png" height="300" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 4.6. Pull
Podemos jalar todo lo de github usando **pull**
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git07-pestania.png" height="200" style="display: block; margin: auto;" />
Nos confirma si tenemos todo en nuestro computadora
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git06-pull.png" height="200" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 4.7. Stage y Commit
Hacer algunos cambios.
Al hacer commit hay que ponerle un mensaje de los cambios más importantes que hicimos.
Esto nos servirá en el futuro si tenemos que regresar a un punto importante.
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git08-commit.png" height="400" style="display: block; margin: auto;" />
---
## 4.8. Push
Los cambios están locales, para que se refleje en github hay que empujarlo (**push**)
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git09-push.png" height="300" style="display: block; margin: auto;" />
---
# 5. Control de versiones
Les recomiendo aprender más de como manejar repositorios.
[Enlace](https://levelup.gitconnected.com/understanding-git-a-beginners-guide-containing-cheat-sheets-resources-b50c9c01a107)
<img src="https://miro.medium.com/max/700/0*68fyM5AI85U_I3vo.jpg" height="300" style="display: block; margin: auto;" />
Más recursos sobre control de versiones:
- [Que es control de versiones](https://www.atlassian.com/git/tutorials/what-is-version-control)
- [Rladies BuenosAires](https://github.com/rladies/meetup-presentations_buenosaires/blob/master/2019-09-14-Git_Rstudio/git_rstudio.pdf)
- [Entender control de versiones](https://rachelcarmena.github.io/2018/12/12/how-to-teach-git.html)
---
class: left, inverse
# Contacto
Recapitulando
- [Git](#git)
- [Github](#github)
- [Zenodo](#zenodo)
- [Git+Github](#git_github)
<br>
<br>
Para dudas, comentarios y sugerencias:
- Escríbeme a miriamjlerma@gmail.com
<br>
<br>
.right[Este material esta accesible y se encuentra en <br>
mi [<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M432,320H400a16,16,0,0,0-16,16V448H64V128H208a16,16,0,0,0,16-16V80a16,16,0,0,0-16-16H48A48,48,0,0,0,0,112V464a48,48,0,0,0,48,48H400a48,48,0,0,0,48-48V336A16,16,0,0,0,432,320ZM488,0h-128c-21.37,0-32.05,25.91-17,41l35.73,35.73L135,320.37a24,24,0,0,0,0,34L157.67,377a24,24,0,0,0,34,0L435.28,133.32,471,169c15,15,41,4.5,41-17V24A24,24,0,0,0,488,0Z"/></svg>github](https://github.com/MiriamLL/Curso_CIAD/)
y mi [<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M432,320H400a16,16,0,0,0-16,16V448H64V128H208a16,16,0,0,0,16-16V80a16,16,0,0,0-16-16H48A48,48,0,0,0,0,112V464a48,48,0,0,0,48,48H400a48,48,0,0,0,48-48V336A16,16,0,0,0,432,320ZM488,0h-128c-21.37,0-32.05,25.91-17,41l35.73,35.73L135,320.37a24,24,0,0,0,0,34L157.67,377a24,24,0,0,0,34,0L435.28,133.32,471,169c15,15,41,4.5,41-17V24A24,24,0,0,0,488,0Z"/></svg>página](https://www.miriam-lerma.com)
.center[
<h3><svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M280.37 148.26L96 300.11V464a16 16 0 0 0 16 16l112.06-.29a16 16 0 0 0 15.92-16V368a16 16 0 0 1 16-16h64a16 16 0 0 1 16 16v95.64a16 16 0 0 0 16 16.05L464 480a16 16 0 0 0 16-16V300L295.67 148.26a12.19 12.19 0 0 0-15.3 0zM571.6 251.47L488 182.56V44.05a12 12 0 0 0-12-12h-56a12 12 0 0 0-12 12v72.61L318.47 43a48 48 0 0 0-61 0L4.34 251.47a12 12 0 0 0-1.6 16.9l25.5 31A12 12 0 0 0 45.15 301l235.22-193.74a12.19 12.19 0 0 1 15.3 0L530.9 301a12 12 0 0 0 16.9-1.6l25.5-31a12 12 0 0 0-1.7-16.93z"/></svg>[Volver ](https://www.miriam-lerma.com/teaching.html)
]]
</textarea>
<style data-target="print-only">@media screen {.remark-slide-container{display:block;}.remark-slide-scaler{box-shadow:none;}}</style>
<script src="https://remarkjs.com/downloads/remark-latest.min.js"></script>
<script>var slideshow = remark.create({
"highlightStyle": "github",
"highlightLines": true,
"countIncrementalSlides": true
});
if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {
window.dispatchEvent(new Event('resize'));
});
(function(d) {
var s = d.createElement("style"), r = d.querySelector(".remark-slide-scaler");
if (!r) return;
s.type = "text/css"; s.innerHTML = "@page {size: " + r.style.width + " " + r.style.height +"; }";
d.head.appendChild(s);
})(document);
(function(d) {
var el = d.getElementsByClassName("remark-slides-area");
if (!el) return;
var slide, slides = slideshow.getSlides(), els = el[0].children;
for (var i = 1; i < slides.length; i++) {
slide = slides[i];
if (slide.properties.continued === "true" || slide.properties.count === "false") {
els[i - 1].className += ' has-continuation';
}
}
var s = d.createElement("style");
s.type = "text/css"; s.innerHTML = "@media print { .has-continuation { display: none; } }";
d.head.appendChild(s);
})(document);
// delete the temporary CSS (for displaying all slides initially) when the user
// starts to view slides
(function() {
var deleted = false;
slideshow.on('beforeShowSlide', function(slide) {
if (deleted) return;
var sheets = document.styleSheets, node;
for (var i = 0; i < sheets.length; i++) {
node = sheets[i].ownerNode;
if (node.dataset["target"] !== "print-only") continue;
node.parentNode.removeChild(node);
}
deleted = true;
});
})();
// add `data-at-shortcutkeys` attribute to <body> to resolve conflicts with JAWS
// screen reader (see PR #262)
(function(d) {
let res = {};
d.querySelectorAll('.remark-help-content table tr').forEach(tr => {
const t = tr.querySelector('td:nth-child(2)').innerText;
tr.querySelectorAll('td:first-child .key').forEach(key => {
const k = key.innerText;
if (/^[a-z]$/.test(k)) res[k] = t; // must be a single letter (key)
});
});
d.body.setAttribute('data-at-shortcutkeys', JSON.stringify(res));
})(document);
(function() {
"use strict"
// Replace <script> tags in slides area to make them executable
var scripts = document.querySelectorAll(
'.remark-slides-area .remark-slide-container script'
);
if (!scripts.length) return;
for (var i = 0; i < scripts.length; i++) {
var s = document.createElement('script');
var code = document.createTextNode(scripts[i].textContent);
s.appendChild(code);
var scriptAttrs = scripts[i].attributes;
for (var j = 0; j < scriptAttrs.length; j++) {
s.setAttribute(scriptAttrs[j].name, scriptAttrs[j].value);
}
scripts[i].parentElement.replaceChild(s, scripts[i]);
}
})();
(function() {
var links = document.getElementsByTagName('a');
for (var i = 0; i < links.length; i++) {
if (/^(https?:)?\/\//.test(links[i].getAttribute('href'))) {
links[i].target = '_blank';
}
}
})();
// adds .remark-code-has-line-highlighted class to <pre> parent elements
// of code chunks containing highlighted lines with class .remark-code-line-highlighted
(function(d) {
const hlines = d.querySelectorAll('.remark-code-line-highlighted');
const preParents = [];
const findPreParent = function(line, p = 0) {
if (p > 1) return null; // traverse up no further than grandparent
const el = line.parentElement;
return el.tagName === "PRE" ? el : findPreParent(el, ++p);
};
for (let line of hlines) {
let pre = findPreParent(line);
if (pre && !preParents.includes(pre)) preParents.push(pre);
}
preParents.forEach(p => p.classList.add("remark-code-has-line-highlighted"));
})(document);</script>
<script>
slideshow._releaseMath = function(el) {
var i, text, code, codes = el.getElementsByTagName('code');
for (i = 0; i < codes.length;) {
code = codes[i];
if (code.parentNode.tagName !== 'PRE' && code.childElementCount === 0) {
text = code.textContent;
if (/^\\\((.|\s)+\\\)$/.test(text) || /^\\\[(.|\s)+\\\]$/.test(text) ||
/^\$\$(.|\s)+\$\$$/.test(text) ||
/^\\begin\{([^}]+)\}(.|\s)+\\end\{[^}]+\}$/.test(text)) {
code.outerHTML = code.innerHTML; // remove <code></code>
continue;
}
}
i++;
}
};
slideshow._releaseMath(document);
</script>
<!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained -->
<script>
(function () {
var script = document.createElement('script');
script.type = 'text/javascript';
script.src = 'https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML';
if (location.protocol !== 'file:' && /^https?:/.test(script.src))
script.src = script.src.replace(/^https?:/, '');
document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(script);
})();
</script>
</body>
</html>