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;
; GROMOS-CKP POPC. Thomas Piggot 2011
;
; If you use this topology please read and cite:
;
; Molecular Dynamics Simulations of Phosphatidylcholine Membranes: A Comparative Force Field Study
; Piggot, Pineiro and Khalid. Submitted for publication.
;
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
POPC 3
[ atoms ]
; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
1 CH3 1 POPC C1 1 0.4 15.035 ; qtot 0.4
2 CH3 1 POPC C2 1 0.4 15.035 ; qtot 0.8
3 CH3 1 POPC C3 1 0.4 15.035 ; qtot 1.2
4 NL 1 POPC N4 1 -0.5 14.0067 ; qtot 0.7
5 CH2 1 POPC C5 1 0.3 14.027 ; qtot 1
6 CH2 1 POPC C6 2 0.4 14.027 ; qtot 1.4
7 OA 1 POPC O7 2 -0.8 15.9994 ; qtot 0.6
8 P 1 POPC P8 2 1.7 30.9738 ; qtot 2.3
9 OM 1 POPC O9 2 -0.8 15.9994 ; qtot 1.5
10 OM 1 POPC O10 2 -0.8 15.9994 ; qtot 0.7
11 OA 1 POPC O11 2 -0.7 15.9994 ; qtot 0
12 CH2 1 POPC C12 3 0.4 14.027 ; qtot 0.4
13 CH1 1 POPC C13 3 0.3 13.019 ; qtot 0.7
14 OE 1 POPC O14 3 -0.7 15.9994 ; qtot 0
34 CH2 1 POPC C32 13 0.5 14.027 ; qtot 0.5
35 OE 1 POPC O33 13 -0.7 15.9994 ; qtot -0.2
[ bonds ]
; ai aj funct c0 c1 c2 c3
1 4 2 gb_21
2 4 2 gb_21
3 4 2 gb_21
4 5 2 gb_21
5 6 2 gb_27
6 7 2 gb_18
7 8 2 gb_28
8 9 2 gb_24
8 10 2 gb_24
8 11 2 gb_28
11 12 2 gb_18
12 13 2 gb_27
13 14 2 gb_18
13 34 2 gb_27
14 15 2 gb_10
15 16 2 gb_5
15 17 2 gb_23
17 18 2 gb_27
18 19 2 gb_27
19 20 2 gb_27
20 21 2 gb_27
21 22 2 gb_27
22 23 2 gb_27
23 24 2 gb_27
24 25 2 gb_10
25 26 2 gb_27
26 27 2 gb_27
27 28 2 gb_27
28 29 2 gb_27
29 30 2 gb_27
30 31 2 gb_27
31 32 2 gb_27
32 33 2 gb_27
34 35 2 gb_18
35 36 2 gb_10
36 37 2 gb_5
36 38 2 gb_23
38 39 2 gb_27
39 40 2 gb_27
40 41 2 gb_27
41 42 2 gb_27
42 43 2 gb_27
43 44 2 gb_27
44 45 2 gb_27
45 46 2 gb_27
46 47 2 gb_27
47 48 2 gb_27
48 49 2 gb_27
49 50 2 gb_27
50 51 2 gb_27
51 52 2 gb_27
[ pairs ]
; ai aj funct c0 c1 c2 c3
1 6 1
2 6 1
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45 48 1
46 49 1
47 50 1
48 51 1
49 52 1
[ angles ]
; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1 4 2 2 ga_13
1 4 3 2 ga_13
1 4 5 2 ga_13
2 4 3 2 ga_13
2 4 5 2 ga_13
3 4 5 2 ga_13
4 5 6 2 ga_15
5 6 7 2 ga_15
6 7 8 2 ga_26
7 8 9 2 ga_14
7 8 10 2 ga_14
7 8 11 2 ga_5
9 8 10 2 ga_29
9 8 11 2 ga_14
10 8 11 2 ga_14
8 11 12 2 ga_26
11 12 13 2 ga_15
12 13 14 2 ga_13
12 13 34 2 ga_13
14 13 34 2 ga_13
13 14 15 2 ga_22
14 15 16 2 ga_31
14 15 17 2 ga_16
16 15 17 2 ga_35
15 17 18 2 ga_15
17 18 19 2 ga_15
18 19 20 2 ga_15
19 20 21 2 ga_15
20 21 22 2 ga_15
21 22 23 2 ga_15
22 23 24 2 ga_15
23 24 25 2 ga_27
24 25 26 2 ga_27
25 26 27 2 ga_15
26 27 28 2 ga_15
27 28 29 2 ga_15
28 29 30 2 ga_15
29 30 31 2 ga_15
30 31 32 2 ga_15
31 32 33 2 ga_15
13 34 35 2 ga_15
34 35 36 2 ga_22
35 36 37 2 ga_31
35 36 38 2 ga_16
37 36 38 2 ga_35
36 38 39 2 ga_15
38 39 40 2 ga_15
39 40 41 2 ga_15
40 41 42 2 ga_15
41 42 43 2 ga_15
42 43 44 2 ga_15
43 44 45 2 ga_15
44 45 46 2 ga_15
45 46 47 2 ga_15
46 47 48 2 ga_15
47 48 49 2 ga_15
48 49 50 2 ga_15
49 50 51 2 ga_15
50 51 52 2 ga_15
[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1 4 5 6 1 gd_29
4 5 6 7 1 gd_4
4 5 6 7 1 gd_36
5 6 7 8 1 gd_29
6 7 8 11 1 gd_20
6 7 8 11 1 gd_27
7 8 11 12 1 gd_20
7 8 11 12 1 gd_27
8 11 12 13 1 gd_29
11 12 13 34 1 gd_34
12 13 14 15 1 gd_29
12 13 34 35 1 gd_34
13 14 15 17 1 gd_13
14 15 17 18 1 gd_40
15 17 18 19 1 gd_34
17 18 19 20 1 gd_34
18 19 20 21 1 gd_34
19 20 21 22 1 gd_34
20 21 22 23 1 gd_34
21 22 23 24 1 gd_34
22 23 24 25 1 gd_40
24 25 26 27 1 gd_40
25 26 27 28 1 gd_34
26 27 28 29 1 gd_34
27 28 29 30 1 gd_34
28 29 30 31 1 gd_34
29 30 31 32 1 gd_34
30 31 32 33 1 gd_34
13 34 35 36 1 gd_29
34 35 36 38 1 gd_13
35 36 38 39 1 gd_40
36 38 39 40 1 gd_34
38 39 40 41 1 gd_34
39 40 41 42 1 gd_34
40 41 42 43 1 gd_34
41 42 43 44 1 gd_34
42 43 44 45 1 gd_34
43 44 45 46 1 gd_34
44 45 46 47 1 gd_34
45 46 47 48 1 gd_34
46 47 48 49 1 gd_34
47 48 49 50 1 gd_34
48 49 50 51 1 gd_34
49 50 51 52 1 gd_34
[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
12 34 14 13 2 gi_2
15 14 17 16 2 gi_1
23 24 25 26 2 gi_1
36 35 38 37 2 gi_1