JGDAS_GLOBAL_AERO_ANALYSIS_FINALIZE

#!/bin/bash
export STRICT="NO"
source "${HOMEgfs}/ush/preamble.sh"

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# Source relevant config files
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export EXPDIR=${EXPDIR:-${HOMEgfs}/parm/config}
configs="base aeroanl aeroanlfinal"
config_path=${EXPDIR:-${NWROOT}/gfs.${gfs_ver}/parm/config}
for config in ${configs}; do
    . "${config_path}/config.${config}"
    status=$?
    [[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
done


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# Source machine runtime environment
##########################################
. "${HOMEgfs}/env/${machine}.env" aeroanlfinal
status=$?
[[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"


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# Run setpdy and initialize PDY variables
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export cycle="t${cyc}z"
setpdy.sh
. ./PDY


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# Set variables used in the script
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export CDATE=${CDATE:-${PDY}${cyc}}
export CDUMP=${CDUMP:-${RUN:-"gfs"}}
export COMPONENT=${COMPONENT:-chem}


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# Obtain unique process id (pid) and make temp directory
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export pid=${pid:-$$}
export outid=${outid:-"LL${job}"}

export DATA=${DATA:-${DATAROOT}/aeroanl_${CDATE}}
mkdir -p "${DATA}"
cd "${DATA}" || (echo "${DATA} does not exist. ABORT!"; exit 1)


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# Determine Job Output Name on System
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export pgmout="OUTPUT.${pid}"
export pgmerr=errfile


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# Begin JOB SPECIFIC work
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GDATE=$(date +%Y%m%d%H -d "${CDATE:0:8} ${CDATE:8:2} - ${assim_freq} hours")
export GDATE
gPDY=${GDATE:0:8}
export gcyc=${GDATE:8:2}
export GDUMP=${GDUMP:-"gdas"}

export OPREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
export GPREFIX="${GDUMP}.t${gcyc}z."
export APREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
export GSUFFIX=${GSUFFIX:-${SUFFIX}}
export ASUFFIX=${ASUFFIX:-${SUFFIX}}

export COMOUT=${COMOUT:-${ROTDIR}/${CDUMP}.${PDY}/${cyc}/${COMPONENT}}

mkdir -p "${COMOUT}"

# COMIN_GES and COMIN_GES_ENS are used in script
export COMIN_GES="${ROTDIR}/${GDUMP}.${gPDY}/${gcyc}/${COMPONENT}"
export COMIN_GES_ENS="${ROTDIR}/enkf${GDUMP}.${gPDY}/${gcyc}/${COMPONENT}"

# Add UFSDA to PYTHONPATH
export PYTHONPATH="${HOMEgfs}/sorc/gdas.cd/ush/:${PYTHONPATH}"

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# Run relevant script

EXSCRIPT=${GDASAEROFINALPY:-${HOMEgfs}/scripts/exgdas_global_aero_analysis_finalize.py}
${EXSCRIPT}
status=$?
[[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"

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# End JOB SPECIFIC work
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# Final processing
##############################################
if [[ -e "${pgmout}" ]] ; then
  cat "${pgmout}"
fi

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# Remove the Temporary working directory
##########################################
cd "${DATAROOT}" || exit 1
[[ ${KEEPDATA} = "NO" ]] && rm -rf "${DATA}"

exit 0