Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Игнорируются строки метаинформации VCF #9

Closed
PlatonB opened this issue Sep 29, 2020 · 1 comment
Closed
Assignees
Labels
bug Something isn't working help wanted Extra attention is needed

Comments

@PlatonB
Copy link
Owner

PlatonB commented Sep 29, 2020

Сейчас они выбрасываются ещё на этапе создания БД и не могут оказаться в результатах парсинга коллекций. Без строк метаинформации получающиеся таблицы не полностью соответствуют стандарту VCF. Надо бы эти строки протаскивать в базу и кидать в конечные файлы. Но остаются вопросы, требующие углубления в спецификации формата.

  • На сегодняшний день компоненты high_perf_bio прописывают в конечные файлы несколько закомментированных строк, хранящих в себе историю этих файлов. Позволительно ли их сочетать с генерируемыми коллерами метастроками VCF?
  • Программы, разумеется, выдают не полные VCF, а лишь строки, соответствующие запросам. Актуальны ли для фильтрованного VCF метастроки залитого в базу VCF?
@PlatonB PlatonB added bug Something isn't working help wanted Extra attention is needed labels Sep 29, 2020
@PlatonB PlatonB self-assigned this Sep 29, 2020
@PlatonB PlatonB changed the title Работа со строками метаинформации VCF Игнорируются строки метаинформации VCF Sep 30, 2020
@PlatonB
Copy link
Owner Author

PlatonB commented Feb 22, 2022

Сейчас менеджмент метастрок VCF (и не только) находится на довольно приличном уровне.

@PlatonB PlatonB closed this as completed Feb 22, 2022
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment
Labels
bug Something isn't working help wanted Extra attention is needed
Projects
None yet
Development

No branches or pull requests

1 participant