-
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
Список изменений прошлых версий LD_triangle
PlatonB edited this page Mar 5, 2019
·
2 revisions
- Реализована возможность пользователя отказаться от вывода абсолютно всех надписей на диаграмму. Это полезно, если работа производится с >50 SNP. Для тепловых карт в пределах 50х50 ещё можно как-то умещать надписи за счёт уменьшения шрифта, но для диаграмм по бо́льшим массивам текстовую информацию придётся убирать. Так или иначе, html-диаграммы @plotly позволяют просматривать данные по каждому квадратику, наводя на него курсор.
- Из-за глючности @Ensembl REST API невалидность refSNPID теперь проверяется дважды.
- Многочисленные исправления комментариев к коду.
- Добавлен принт, оповещающий о переходе к этапу построения диаграммы.
- Мелкие правки ранее реализованных принтов.
- Теперь в случае возникновения сбоев со стороны @Ensembl осуществляются повторные запросы.
- Если идентификатор SNP отвергнут Энсемблом, то не пойдёт в следующие этапы работы.
- Новый стандарт оформления кода: отступы между блоками с пользовательскими инпутами. 1 блок - 1 инпут с имеющими к нему отношение другими строками.
- Выбор размера шрифта значений неравновесия по сцеплению в квадратиках
- Выбор размера шрифта refSNPID, служащих лейблами осей.
- Комментарии к коду: более подробное описание внутренностей объекта диаграммы.
Реализованы фичи, ранее доступные в V0.8-beta:
- Выбор, вписывать или нет значения LD в квадратики.
- Разграничительные линии между квадратиками.
- Замена библиотеки визуализации. Была связка Seaborn+Matplotlib, теперь - Plot.ly. Это потребовало значительную переработку программы - в основном, в сторону упрощения. В частности, удалены этапы подготовки матриц к визуализации, осуществляемые с помощью NumPy и Pandas.
- Реализовано прекращение работы программы с выводом простого для понимания уведомления, когда сервер возвращает код 503. "Человеческое" уведомление также добавлено на случай 429.
- Теперь программа не будет пытаться мерить LD в тех хромосомах, которые в пользовательском файле представлены лишь одним SNP. Программа перейдёт к следующей хромосоме, если ещё остались не обработанные.
- Две функции, в которых завершалось формирование URL и осуществлялся запрос, заменены одной универсальной.
- Реализовано выявление кода ответа сервера, обозначающего исчерпание лимита количества запросов.
- Если refSNPID считается Энсемблом невалидным, то в качестве значения LD для пары, содержащей SNP с этим идентификатором, будет ноль.
- Исправлена грубая ошибка, возникающая, если пользователь выбрал опцию вывода только таблиц.
- Если в исходном наборе находятся SNP разных хромосом, то для пар каждой хромосомы будет построена своя матрица.
- Добавлена настройка масштабирования шрифта.
- Слегка доработаны принты, информирующие пользователя о ходе выполнения работы.
Почему лишь бета?
- Плохо отображаются тепловые карты, сделанные по 70 и более SNP.
- Не реализовано автосохранение диаграмм.
- LD-значение не выводится по наведению курсора на клеточку. Думаю, проблемы можно будет решить переходом с Seaborn+Matplotlib на Plotly.