2.7.0 - Androsace delphinensis 🌼

Nécessite la version 1.8.x de TaxHub.

🚀 Nouveautés

• Compatible avec TaxHub 1.8.x qui inclut notamment la migration (optionnelle) vers Taxref version 14 et l'ajout de la BDC statuts
• Installation globale migrée de Taxref version 13 à 14
• Occtax : Possibilité d'ajouter des champs additionels par JDD ou globaux au module et documentation liée (#1007)
• Occtax/Synthese : Ajout des champs additionnels dans les exports (#1114)
• Occtax/Synthese : Affichage des champs additionnels dans les fiches info
• Customisation : possibilité de changer le CSS sans rebuilder l'application
• Admin : Création d'un backoffice d'administration des champs additionnels (#1007)
• Admin : Création d'une documentation d'administration des champs additionnels (#1007)
• Occtax : Possibilité de désactiver la recherche de taxon par liste (#1315)
• Occtax : Par défaut la recherche de taxon n'interroge pas une liste mais tout Taxref, si aucune liste de taxons n'a été spécifiée dans la configuration du module Occtax (voir notes de version) (#1315)
• Occtax/Metadonnées : possibilité d'associer une liste de taxons à un JDD (implémenté uniquement dans Occtax) (#1315)
• Occtax : Possibilité d'ajouter les infos sur les médias dans les exports (paramètre ADD_MEDIA_IN_EXPORT) (#1326)
• Occtax : Possibilité de paramétrer l'affichage des champs du composant MEDIA dans OCCTAX (paramètre MEDIA_FIELDS_DETAILS - #1287)
• Occtax : Possibilité de filtrer la liste des habitats du formulaire avec les nouveaux paramètres ID_LIST_HABITAT et CD_TYPO_HABITAT
• Occtax : Possibilité d'ouvrir le module avec un JDD pré-selectionné en passant le paramètre id_dataset dans l'URL (#1071)
• Accueil : Réorganisation des blocs (#1375)
• Accueil : Ajout d'un paramètre controlant la fréquence de MAJ du cache des statistiques de la page d'accueil (STAT_BLOC_TTL, par défaut 1h: 3600 secondes) (#1320)
• Amélioration des performances de récupération des modules et du CRUVED
• Monitoring : Ajout d'un trigger garantissant la cohérence entre date_min et date_max et historisation de la table gn_monitoring.cor_visit_observer (#1247)
• La page d'authentification affiche désormais le nom de l'application (appName) défini dans la configuration de GeoNature (#1277)
• Possibilité d'ouvrir l'accès à GeoNature sans authentification (voir documentation d'administration) (#1323)
• Métadonnées : Optimisation du temps de chargement des listes des CA et JDD (#1291)
• Métadonnées : Passage de la version 1.3.9 du standard SINP à la version 1.3.10 et ajout des champs liés dans les formulaires (#1291)
• Métadonnées : Révision du design la partie "Acteurs" du formulaire et mise à part de l'acteur de type "Contact principal", obligatoire dans le standard SINP
• Métadonnées : Ordonnancement des JDD par leur nom
• Métadonnées : Ajout de la suppression en cascade au niveau des tables des CA et des JDD
• Métadonnées : Ajout d'un message quand un CA ou JDD n'a pas d'acteur (#1404)
• Synthèse et validation : Ajout d'un filtre avancé Possède des médias (#1179, #1338, #1180)
• Synthèse : Affichage du contenu json du champs des données additionnelles, dans la fiche détail d'une observation
• Synthèse : Ajout de la possibilité d'afficher la colonne "Effectif" dans la liste des observations
• DynamicForm : enrichissement des formulaires dynamiques pour les médias, l'ajout de liens externes
• Ajout d'une contrainte d'unicité de la combinaison des champs id_type et area_code dans ref_geo.l_areas (#1270)
• Ajout d'une contrainte d'unicité du champs type_code de la table ref_geo.bib_areas_types
• Mise à jour des versions de nombreuses dépendances Python et Javascript
• Support du gestionnaire d'erreurs Sentry
• Compression des images
• Ajout d'un script permettant d'identifier les doublons dans data/scripts/duplicates_deletion (#1324)
• Validation : possibilité de passer des fonctions dans la liste des colonnes affichées (pour décoder une nomenclature)
• Validation : Les paramètres LIST_COLUMNS_FRONTEND et COLUMNS_API_VALIDATION_WEB_APP sont regroupés en un seul paramètre nommé COLUMN_LIST. Voir le fichier contrib/gn_module_validation/config/conf_gn_module.toml.example

🐛 Corrections

• Occtax : Correction d'un bug sur le champs observateur lors de la modification d'un relevé (#1177)
• Occtax : Renseignement par défaut de l'utilisateur connecté à la création d'un relevé en mode "observers_txt" (#1292)
• Occtax : Déplacement des boutons d'action à gauche dans la liste des taxons d'un relevé pour éviter qu'ils soient masqués quand les noms de taxon sont longs (#1299 et #1337)
• Occtax : Correction de la possibilité de modifier un relevé si U=1 (#1365)
• Occtax : Suppression du zoom quand on localise le relevé (#1317)
• Occtax : Correction du nombre de lignes affichées après une recherche
• Occtax : Correction de la suppression d'un habitat lors de la modification d'un relevé (#1296)
• Occtax : Correction des champs "Habitat" et "Lieu" quand on enchaine des relevés (#1191)
• Occtax : Correction de l'enchainement des saisies (#1300)
• Occtax : Correction de l'affichage des taxons quand le nom est long (#1299, #1337)
• Occtax : Correction de l'observateur par défaut en mode observers_txt
• Occtax : Correction des messages d'information multiples (#1367)
• Occtax : Correction de la mise à jour du "digitiser" lors d'une édition de relevé (#1392)
• Occtax : Correction du trigger alimentant les observateurs de la synthèse depuis Occtax (#1399)
• Métadonnées : Correction de la suppression d'un JDD sans données, depuis la liste des JDD (#1312)
• Métadonnées : Correction de la récupération des valeurs de nomenclature depuis MTD n'existant pas dans GeoNature (#1297)
• Authentification : Redirection vers la page login après une période d'inactivité (#1193)
• Résolution des problèmes de permission sur le fichier gn_errors.log (#1003)

💻 Développement

• Possibilité d'utiliser la commande flask (eg flask shell)
• Préparation de l'utilisation d'alembic pour la gestion des migrations de la structure de la BDD (#880)
• Possibilité d'importer des modules packagés (#1272)
• Réorganisation des fichiers requirements et installation des branches develop des dépendances du fichier requirements-dev.txt
• Simplification de la gestion des erreurs
• Création de templates pour les configurations Apache de GeoNature, TaxHub et UsersHub, utilisés par le script install_all.sh
• Ajout du plugon leaflet-image
• Ajout d'un champs type dans la table gn_commons.t_modules pour gérer le polymorphisme, utilisé dans le module Monitoring
• Ajout des champs meta_create_date et meta_update_date dans la table gn_commons.t_modules
• Diverses améliorations mineures de l'architecture du code

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Mettez à jour TaxHub en version 1.8.x avant d'effectuer la mise à jour de GeoNature : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases
• Si vous utilisez le module Monitoring, mettez le à jour en version 0.2.4 minimum avant de mettre à jour GeoNature
• Si vous n'aviez pas renseigné de valeur pour le paramètre id_taxon_list dans le fichier contrib/occtax/config/conf_gn_module.toml du module Occtax, la liste 100 n'est plus passée par defaut et le module va rechercher sur tout Taxref. Si vous souhaitez utiliser une liste de taxons dans la saisie Occtax, veuillez renseigner l'identifiant de votre liste dans la configuration du module
• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
• Exécuter le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.6.2to2.7.0.sql)
• Le script SQL de mise à jour va supprimer et recréer les vues pr_occtax.v_export_occtax et gn_synthese.v_synthese_for_export pour y intégrer les champs additionnels. Si vous aviez modifié ces vues, adaptez le script de mise à jour de GeoNature 2.6.2 à 2.7.0, ou répercuter vos modifications après la mise à jour, à appliquer aussi dans votre éventuelle surcouche des paramètres default_columns_export (dans contrib/occtax/config/conf_gn_module.toml) et EXPORT_COLUMNS (dans config/geonature_config.toml)
• Le fichier de customisation CSS a été déplacé de frontend/src/custom/custom.scss vers frontend/src/assets/custom.css pour pouvoir être modifié sans devoir rebuilder l'application. Son déplacement est fait automatiquement lors de la mise à jour de GeoNature. Si vous avez customisé les styles dans ce fichier et notamment fait référence à d'autres fichiers, vérifiez ou adaptez leurs chemins
• Si vous aviez renseigner un des deux paramètres LIST_COLUMNS_FRONTEND, COLUMNS_API_VALIDATION_WEB_APP dans le module Validation, il est nécessaire de les remplacer par le nouveau paramètre COLUMN_LIST. Voir le fichier contrib/gn_module_validation/config/conf_gn_module.toml.example
• Modifier dans le fichier /etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf, remplacer gn_errors.log par supervisor.log dans la variable stdout_logfile :

sudo sed -i 's|\(stdout_logfile = .*\)/gn_errors.log|\1/supervisor.log|' /etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf
sudo supervisorctl reload

2.6.2

🐛 Corrections

• Metadonnées : correction d'un bug sur la fiche JDD si le module d'import n'est pas installé
• Metadonnées : correction de l'affichage de certains champs sur la fiche des cadres d'acquisition
• Metadonnées : la recherche rapide n'est plus sensible à la casse

2.6.1

🐛 Corrections

• Correction de la fonction gn_synthese.fct_tri_cal_sensi_diff_level_on_each_statement() non compatible avec PostgreSQL 10 (#1255)
• Synthèse : correction de l'affichage du filtre "statut de validation" (#1267)
• Permissions : correction de l'URL de redirection après l'éditiondes permissions (#1253)
• Précision de la documentation de mise à jour de GeoNature (#1251)
• Ajout du paramètre DISPLAY_EMAIL_INFO_OBS dans le fichier d'exemple de configuration (#1066 par @jbdesbas)
• Sécurité : suppression d'une route inutile
• Correction de l'URL de la doc sur la page d'accueil

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
• Exécuter le script de mise à jour de la BDD du sous-module de nomenclature : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.5to1.3.6.sql
• Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.6.0to2.6.1.sql)
• Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

2.6.0 - Saxifraga

Nécessite Debian 10, car cette nouvelle version nécessite PostgreSQL 10 minimum (qui n'est pas fourni par défaut avec Debian 9) pour les triggers déclenchés "on each statement", plus performants.

🚀 Nouveautés

• Sensibilité : Ajout d'un trigger sur la synthèse déclenchant automatiquement le calcul de la sensibilité des observations et calculant ensuite leur niveau de diffusion (si celui-ci est NULL) en fonction de la sensibilité (#413 et #871)
• Ajout du format GeoPackage (GPKG) pour les exports SIG, plus simple, plus léger, plus performant et unique que le SHAPEFILE. Les exports au format SHP restent pour le moment utilisés par défaut (modifiable dans la configuration des modules Occtax, Occhab et Synthèse) (#898)
• Performances : Suppression du trigger le plus lourd calculant les couleurs des taxons par unités géographiques. Il est remplacé par une vue utilisant le nouveau paramètre gn_commons.t_parameters.occtaxmobile_area_type, définissant le code du type de zonage à utiliser pour les unités géographiques dans Occtax-mobile (Mailles de 5km par défaut) (#997)
• Performances : Amélioration du trigger de la Synthèse calculant les zonages d'une observation en ne faisant un ST_Touches() seulement si l'observation n'est pas un point et en le passant on each statement (#716)
• Métadonnées : Refonte de la liste des CA et JDD avec l'ajout d'informations et d'actions, ainsi qu'une recherche avancée (#889)
• Métadonnées : Révision des fiches info des CA et JDD avec l'ajout d'actions, du tableau des imports et du téléchargement des rapports d'UUID et de sensibilité (#889)
• Métadonnées: Ajout de la fonctionnalité de fermeture (dépot) au niveau du CA (qui ferme tous les JDD du CA), seulement si le CA a au moins un JDD. Désactivée par défaut via le paramètre ENABLE_CLOSE_AF (#889 par @alainlaupinmnhn)
• Métadonnées : Possibilité d'envoyer un email automatique au créateur et à l'utilisateur d'un CA quand celui-ci est fermé (#889)
• Métadonnées : Possibilité d'ajouter un titre spécifique aux exports PDF des CA quand ceux-ci sont fermés, par exemple pour en faire un certificat (#889)
• Métadonnées : Possibilité d'importer directement dans un JDD actif depuis le module Métadonnées, désactivé par défaut (#889)
• Métadonnées : Amélioration des possibilités de customisation des PDF des fiches de métadonnées
• Métadonnées : Amélioration des fiches détail des CA et JDD et ajout de la liste des imports dans les fiches des JDD (#889)
• Métadonnées : Ajout d'un spinner lors du chargement de la liste des métadonnées et parallélisation du calcul du nombre de données par JDD (#1231)
• Synthèse : Possibilité d'ouvrir le module avec un JDD préselectionné (<URL_GeoNature>/#/synthese?id_dataset=2) et ajout d'un lien direct depuis le module Métadonnées (#889)
• Synthèse : ajout de web service pour le calcul du nombre d'observations par un paramètre donné (JDD, module, observateur), et du calcul de la bounding-box par jeu de données
• Occtax : ajout du paramètre DISPLAY_VERNACULAR_NAME qui contrôle l'affichage du nom vernaculaire vs nom complet sur les interfaces (Defaut = true: afffiche le nom vernaculaire)
• Validation : Préremplir l'email à l'observateur avec des informations paramétrables sur l'occurrence (date, nom du taxon, commune, médias) (#981)
• Validation : Possibilité de paramètrer les colonnes affichées dans la liste des observations (#980)
• Possibilité de customiser le logo principal (GeoNature par défaut) dans frontend/src/custom/images/
• Ajout d'un champs json additional_data dans la table l_areas (#1111)
• Complément des scripts de migration des données depuis GINCO (data/scripts/import_ginco/)
• Barre de navigation : Mention plus générique et générale des auteurs et contributeurs
• Redirection vers le formulaire d'authentification si on tente d'accéder à une page directement sans être authentifié et sans passer par le frontend (#1193)
• Connexion à MTD : possibilité de filtrer les JDD par instance, avec le paramètre ID_INSTANCE_FILTER, par exemple pour ne récupérer que les JDD de sa région (#1195)
• Connexion à MTD : récupération du créateur et des acteurs (#922, #1008 et #1196)
• Connexion à MTD : récupération du nouveau champs statutDonneesSource pour indiquer si le JDD est d'origine publique ou privée
• Création d'une commande GeoNature permettant de récupérer les JDD, CA et acteurs depuis le webservice MTD de l'INPN, en refactorisant les outils existants d'import depuis ce webservice
• Ajout de contraintes d'unicité sur certains champs des tables de métadonnées et de la table des sources (#1215)
• Création d'un script permettant de remplacer les règles de sensibilité nationales et régionales, par les règles départementales plus précises (data/scripts/sensi/import_sensi_depobio.sh), uniquement utilisé pour DEPOBIO pour le moment, en attendant de clarifier dans une prochaine release le fonctionnement que l'on retient par défaut dans GeoNature (#413)
• Création d'un script permettant d'importer les régions dans le référentiel géographique (data/migrations/insert_reg.sh)

🐛 Corrections

• Occhab : Export SIG (GPKG ou SHP) corrigé (#898)
• Meilleur nettoyage des sessions enregistrées dans le navigateur (#1178)
• Correction des droits CRUVED et de leur héritage (#1170)
• Synthèse : Retour du bouton pour revenir à l'observation dans son module d'origine (Occtax par exemple) depuis la fiche info d'une observation (#1147)
• Synthèse : Suppression du message "Aucun historique de validation" quand une observation n'a pas encore de validation (#1147)
• Synthèse : Correction du CRUVED sur le R = 1 (ajout des JDD de l'utilisateur)
• Synthèse : Correction de l'export des statuts basé sur une recherche géographique (#1203)
• Occtax : Correction de l'erreur de chargement de l'observateur lors de la modification d'un relevé (#1177)
• Occtax : Suppression de l'obligation de remplir les champs "Déterminateur" et "Méthode de détermination"
• Métadonnées : Suppression du graphique de répartition des espèces dans les exports PDF car il était partiellement fonctionnel
• Synthèse : Fonction import_row_from_table, test sur LOWER(tbl_name)
• Redirection vers le formulaire d'authentification si l'on essaie d'accéder à une URL sans être authentifié et sans passer par le frontend (#1193)
• Script d'installation globale : prise en compte du paramètre install_grid_layer permettant d'intégrer ou non les mailles dans le ref_geo lors de l'installation initiale (#1133)
• Synthèse : Changement de la longueur du champs reference_biblio de la table gn_synthese.synthese (de 255 à 5000 caractères)
• Sensibilité : Corrections des contraintes NOT VALID (#1245)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
• Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.5to2.6.0.sql)
• Toutes les nouvelles données intégrées dans le Synthèse auront leur niveau de sensibilité et de diffusion calculés automatiquement. Vous pouvez ajouter ou désactiver des règles de sensibilité dans la table gn_sensivity.t_sensitivity_rules
• Vous pouvez aussi exécuter le script qui va calculer automatiquement le niveau de sensibilité et de diffusion de toutes les données déjà présentes dans la Synthèse, éventuellement en l'adaptant à votre contexte : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.5to2.6.0-update-sensitivity.sql
• Mettez à jour de la longueur du champs gn_synthese.synthese.reference_biblio à 5000 charactères. Exécutez la commande suivante dans la console : sudo -u postgres psql -d geonature2db -c "UPDATE pg_attribute SET atttypmod = 5004 WHERE attrelid = 'gn_synthese.synthese'::regclass AND attname = 'reference_biblio';"
• Exécuter le script de mise à jour de la BDD du sous-module de nomenclature : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.4to1.3.5.sql
• Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
• Si vous utilisez Occtax-mobile, vous pouvez modifier la valeur du nouveau paramètre gn_commons.t_parameters.occtaxmobile_area_type pour lui indiquer le code du type de zonage que vous utilisez pour les unités géographiques (mailles de 5km par défaut)
• Si vous disposez du module Import, vous devez impérativement le mettre à jour en version 1.1.1

2.5.5

🚀 Nouveautés

• Ajout d'un composant fil d'ariane (#1143)
• Ajout de la possiblité de désactiver les composants pnx-taxa et pnx-areas (#1142)
• Ajout de tests sur les routes pour assurer la compatibilité avec les applications mobiles

🐛 Corrections

• Correction d'un bug de récupération du CRUVED sur les modules (#1146)
• Correction des validateurs sur les preuves d'existence (#1134)
• Correction de la récupération des dossiers dans backend/static dans le script migrate.sh
• Correction de l'affichage de l'utilisateur dans la navbar lorsqu'on est connecté via le CAS INPN

2.5.4

🚀 Nouveautés

• Ajout de scripts sql et sh de restauration des medias dans data/medias (#1148)
• Ajout d'un service pour pouvoir récupérer les informations sur l'utilisateur connecté

🐛 Corrections

• Correction des médias qui sont actuellement tous supprimés automatiquement après 24h, et non pas seulement ceux orphelins (#1148)
• Correction des permissions sur les fiches info des relevés dans Occtax avec la désactivation du bouton de modification du relevé quand l'utilisateur n'en a pas les droits

⚠️ Notes de version

• Si vous aviez associé des médias à des observations dans Occtax ou autre et qu'ils ont été supprimés, vous pouvez les retrouver dans la table d'historisation des actions (SELECT * FROM gn_commons.t_history_actions WHERE table_content->'id_media' IS NOT NULL AND operation_type = 'D')
• Pour restaurer les médias supprimés depuis la table gn_commons.t_history_actions vous pouvez :
  • exécuter le script SQL data/medias/restore_medias.sql qui va recréer les médias supprimés dans la table gn_commons.t_medias
  • exécuter le script BASH data/medias/restore_medias.sh (bash /home/`whoami`/geonature/data/medias/restore_medias.sh en sudo si besoin) qui va renommer des fichiers supprimés en supprimant le préfixe deleted_

2.5.3

🚀 Nouveautés

• Mise en place de l'héritage du CRUVED au niveau des objets des modules (#1028)
• Révision de l'export des observations de la Synthèse (noms plus lisibles, ajout des communes et d'informations taxonomiques, complément des champs existants (#755)
• Ajout d'un paramètre permettant d'ajouter un message personnalisé à la fin des emails (inscriptions, exports...) (#1050 par @jpm-cbna)
• Ajout d'une alerte de dépréciation sur les fonctions utils-sqlalchemy présentes dans GeoNature
• Ajout d'un widget de type "HTML" dans les formulaires dynamiques, permettant d'ajouter des informations dans un formulaire (#1043 et #1068 par @jpm-cbna)
• Ajout de la possibilité d'ajouter un texte d'aide sur les champs des formulaires dynamiques (#1065 par @jpm-cbna)
• Ajout de la possibilité de définir un min et un max au composant commun date (#1069 par @jpm-cbna)
• Ajout de la possibilité de définir le nombre de lignes du composant commun textarea (#1067 par @jpm-cbna)
• Ajout de la possibilité de contrôler par une expression régulière le contenu d'un champs de type text des formulaires dynamiques (#1073 par @FlorentRICHARD44)
• Ajout de la possibilité de masquer certains champs du composant media (#1072, #1078 et #1083 par @metourneau)
• Ajout d'un spinner sur les statistiques de la page d'accueil (#1086 par @jpm-cbna)
• Ajout d'un composant d'autocomplete multiselect pnx-taxa permettant de rechercher des taxons dans tout l'arbre taxonomique et de limiter la recherche à un rang
• Possibilité d'ajouter plusieurs cartes sur la même page à l'aide du composant pnx-map
• Homogénéisation du style du code et documentation des pratiques de développement

🐛 Corrections

• Correction de l'affichage des noms des validateurs sur la liste dans le module validation (#1091 par @lpofredc)
• Corrections mineures de l'export des observations de la Synthèse (#1108)
• Synthèse : Correction du masquage de la recherche par arbre taxonomique (#1057 par @jpm-cbna)
• Ajout du champs id_nomenclature_biogeo_status dans la Synthese (correspondance standard : statut biogéographique). La BDD est remplie avec la valeur par défaut de la table gn_synthese.default_nomenclature_value (valeur = non renseignée)
• Accueil : Correction de l'affichage du nom du module (#1087)
• Correction du trigger de mise à jour d'Occtax vers la Synthèse (champs the_geom_local non mis à jour) (#1117 par @jbrieuclp)
• Correction du paramètre stockant la version de Taxref, passé à 13.0 pour les nouvelles installations (#1097 par @RomainBaghi)
• Correction de l'affichage en double des markers dans Leaflet.draw (#1095 par @FlorentRICHARD44)
• Synthèse : Correction des filtres avancés par technique d'observation et méthode de détermination (#1110 par @jbrieuclp)
• Recréation du fichier de configuration à chaque installation (#1074 par @etot)
• Annulation de l'insertion du module lorsqu'une erreur est levée à l'installation d'un module

⚠️ Notes de version

• Désormais les objets des modules (par exemple les objets 'Permissions' et 'Nomenclatures' du module 'ADMIN') héritent automatiquement des permissions définies au niveau du module parent et à défaut au niveau de GeoNature (#1028). Il s'agit d'une évolution de mise en cohérence puisque les modules héritaient déjà des permissions de GeoNature, mais pas leurs objets. Si vous avez défini des permissions particulières aux niveaux des objets, vérifier leur cohérence avec le nouveau fonctionnement. NB : si vous aviez mis des droits R=0 pour un groupe au module 'ADMIN', les utilisateurs de ce groupe ne pourront pas accéder aux sous-modules 'permissions' et 'nomenclatures'.
• Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.2to2.5.3.sql). Attention, si vous avez customisé les vues des exports Occtax et Synthèse, elles seront supprimées et recrées automatiquement par le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature pour intégrer leurs évolutions réalisées dans cette nouvelle version. Révisez éventuellement ces vues avant et/ou après la mise à jour.
• Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application).
• Les noms de colonnes de l'export de la Synthèse ont été entièrement revus dans la vue fournie par défaut (gn_synthese.v_synthese_for_export). Si vous aviez surcouché le paramètre EXPORT_COLUMNS dans le fichier config/geonature_config.toml, vérifiez les noms des colonnes.
• Vérifiez que la valeur du paramètre taxref_version dans la table gn_commons.t_parameters correspond bien à votre version actuelle de Taxref (11.0 ou 13.0).

2.5.2

🐛 Corrections

• Occtax : correction du problème d'installation du module dans le fichier schemas.py
• Synthese : correction de la fonctions SQL gn_synthese.import_row_from_table et répercution dans le fichier gn_synthese/process.py

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
• Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.1to2.5.2.sql).

2.5.1

🐛 Corrections

• Ajout d'un paramètre DISPLAY_EMAIL_INFO_OBS définissant si les adresses email des observateurs sont affichées ou non dans les fiches info des observations des modules Synthèse et Validation (#1066)
• Occtax : correction de l'affichage du champs "Technique de collecte Campanule" (#1059)
• Occtax : correction du fichier d'exemple de configuration contrib/occtax/config/conf_gn_module.toml.example (#1059)
• Occtax : paramètre DISPLAY_SETTINGS_TOOLS renommé ENABLE_SETTINGS_TOOLS et désactivé par défaut (#1060)
• Occtax : quand le paramètre ENABLE_SETTINGS_TOOLS est désactivé, remise en place du fonctionnement de l'outil "Echainer les relevés". Dans ce cas, quand on enchaine les relevés, on conserve le JDD, les observateurs, les dates et heures d'un relevé à l'autre (#1060)
• Occtax : correction de l'observateur par défaut en mode observers_as_txt
• Verification des UUID : autoriser toutes les versions (#1063)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires.

2.5.0 - Manidae

Occtax v2 et médias

🚀 Nouveautés

• Refonte de l'ergonomie et du fonctionnement du module de saisie Occtax (#758 et #860 par @jbrieuclp et @TheoLechemia)
  • Enregistrement continu au fur et à mesure de la saisie d'un relevé
  • Découpage en 2 onglets (Un pour le relevé et un onglet pour les taxons)
  • Amélioration de la liste des taxons saisis sur un relevé (#635 et #682)
  • Amélioration de la saisie au clavier
  • Zoom réalisé dans la liste des relevé conservé quand on saisit un nouveau relevé (#436 et #912)
  • Filtres conservés quand on revient à la liste des relevés (#772)
  • Possibilité de conserver les informations saisies entre 2 taxons ou relevés, désactivable avec le paramètre DISPLAY_SETTINGS_TOOLS (#692)
  • Correction de la mise à jour des dates de début et de fin (#977)
  • Affichage d'une alerte si on saisit 2 fois le même taxon sur un même relevé
  • Fiche d'information d'un relevé complétée et mise à jour
• Passage de la version 1.2.1 à la version 2.0.0 du standard Occurrences de taxon (dans les modules Occtax, Synthèse et Validation) (#516)
  • Ajout des champs "Comportement", "NomLieu", "Habitat", "Méthode de regroupement", "Type de regroupement" et "Profondeur"
  • Ajout du champs "Précision" dans Occtax et suppression de sa valeur par défaut à 100 m
  • Renommage du champs "Méthode d'observation" en "Technique d'observation"
  • Suppression du champs "Technique d'observation" actuel de la synthèse
  • Renommage du champs "Technique d'observation" actuel d'Occtax en "Technique de collecte Campanule"
  • Ajout et mise à jour de quelques nomenclatures
  • Ajout d'un document de suivi de l'implémentation du standard Occurrences de taxon dans GeoNature (docs/implementation_gn_standard_occtax2.0.ods) (#516)
• Passage de la version 1.3.9 à la version 1.3.10 du standard de Métadonnées. Mise à jour des nomenclatures "CA_OBJECTIFS" et mise à jour des métadonnées existantes en conséquence (par @DonovanMaillard)
• Ajout d'un champs addtional_data de type jsonb dans la table gn_synthese.synthese, en prévision de l'ajout des champs additionnels dans Occtax et Synthèse (#1007)
• Mise en place de la gestion transversale et générique des médias (images, audios, vidéos, PDF...) dans gn_commons.t_medias et le Dynamic-Form (#336) et implémentation dans le module Occtax (désactivables avec le paramètre ENABLE_MEDIAS) (#620 par @joelclems)
• Mise en place de miniatures et d'aperçus des médias, ainsi que de nombreux contrôles des fichiers et de leurs formats
• Affichage des médias dans les fiches d'information des modules de saisie, ainsi que dans les modules Synthèse et Validation
• Ajout de la fonctionnalité "Mes lieux" (gn_commons.t_places), permettant de stocker la géométrie de lieux individuels fréquemment utilisés, implémentée dans le module cartographique d'Occtax (désactivable avec le paramètre ENABLE_MY_PLACES) (#246 par @metourneau)
• Tri de l'ordre des modules dans le menu latéral par ordre alphabétique par défaut et possibilité de les ordonner avec le nouveau champs gn_commons.t_modules.module_order (#787 par @alainlaupinmnhn)
• Arrêt du support de l'installation packagée sur Debian 9 et Ubuntu 16 pour passer à Python version 3.6 et plus
• Prise en charge de PostGIS 3 et notamment l'installation de l'extension postgis_raster (#946 par @jpm-cbna)
• Création de compte : Envoi automatique d'un email à l'utilisateur quand son compte est validé. Nécessite la version 2.1.3 de UsersHub (#862 et #1035 par @jpm-cbna)

Ajouts mineurs

• Homogénéisation des styles des boutons (#1026)
• Factorisation du code des fiches infos d'une observation dans les modules Synthèse et Validation (#1053)
• Métadonnées : Ajout d'un paramètre permettant de définir le nombre de CA affichés sur la page (100 par défaut)
• Métadonnées : Tri des CA et JDD par ordre alphabétique
• Métadonnées : Ajout d'un champs id_digitiser dans la table des CA et des JDD, utilisé en plus des acteurs pour le CRUVED des JDD (#921)
• Dynamic-Form : Ajout d'un composant "select" prenant une API en entrée (#1029)
• Dynamic-Form : Ajout de la possibilité d'afficher une définition d'un champs sous forme de tooltip
• CAS INPN : Redirection vers la page de connexion de GeoNature quand on se déconnecte
• Ajout d'une contrainte d'unicité sur schema_name et table_name sur la table gn_commons_bib_tables_location_unique (#962)
• Ajout d'une contrainte d'unicité sur id_organism et parameter_name dans la table gn_commons.t_parameters (#988)
• Ajout de la possibilité de filtrer le composant dataset du Dynamic-Form par module_code pour pouvoir choisir parmis les JDD associées à un module (#964)
• Mise à jour de psycopg2 en version 2.8.5, sqlalchemy en 1.3.19, marshmallow en 2.15.6, virtualenv en 20.0.31 (par @jpm-cbna)
• Mises à jour de sécurité diverses
• Améliorations des scripts install/install_db.sh et install/install_app.sh (par @jpm-cbna)
• Ajout de l'autocomplétion des commandes geonature (#999 par @jpm-cbna)
• Suppression du fichier backend/gunicorn_start.sh.sample
• Amélioration du script install/migration/migration.sh en vérifiant la présence des dossiers optionnels avant de les copier
• Amélioration des fonctions gn_synthese.import_json_row_format_insert_data et gn_synthese.import_json_row pour prendre en charge la génération des geojson dans PostGIS 3
• Documentation administrateur : Précisions sur les labels, pictos et ordres des modules dans le menu de navigation latéral

🐛 Corrections

• Module Validation : Affichage des commentaires du relevé et de l'observation (#978 et #854)
• Module Validation : Ne lister que les observations ayant un UUID et vérification de sa validité (#936)
• Module Validation : Correction et homogénéisation de l'affichage et du tri des observations par date (#971)
• Module Validation : Correction de l'affichage du statut de validation après mise à jour dans la liste des observations (#831)
• Module Validation : Correction de l'affichage du nom du validateur
• Module Validation : Amélioration des performances avec l'ajout d'un index sur le champs uuid_attached_row de la table gn_commons.t_validations (#923 par @jbdesbas)
• Suppression du trigger en double tri_insert_synthese_cor_role_releves_occtax sur pr_occtax.cor_role_releves_occtax (#762 par @jbrieuclp)
• Passage des requêtes d'export de la synthèse en POST plutôt qu'en GET (#883)
• Correction du traitement du paramètre offset de la route synthese/color_taxon utilisé par Occtax-mobile (#994)
• Correction et complément des scripts de migration de données depuis GINCO v1 (data/scripts/import_ginco/occtax.sql)
• Import des utilisateurs depuis le CAS INPN : Activer les utilisateurs importés par défaut et récupérer leur email
• Calcul automatique de la sensibilité : Ajout de la récursivité dans la récupération des critères de sensibilité au niveau de la fonction gn_sensitivity.get_id_nomenclature_sensitivity (#284)
• Typo sur le terme "Preuve d'existence" (par @RomainBaghi)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Nomenclatures : Commencer par exécuter le script SQL de mise à jour du schéma ref_nomenclatures de la BDD (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.3to1.3.4.sql)
• Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.4.1to2.5.0.sql). Attention, si vous avez customisé les vues des exports Occtax et Synthèse, elles seront supprimées et recrées automatiquement par le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature pour s'adapter aux évolutions du standard Occtax en version 2.0.0. Révisez éventuellement ces vues avant et/ou après la mise à jour. Le script SQL de mise à jour vérifiera aussi si vous avez d'autres vues (dans le module Export notamment) qui utilisent le champs id_nomenclature_obs_technique qui doit être renommé et l'indiquera dès le début de l'exécution du script, en l'arrêtant pour que vous puissiez modifier ou supprimer ces vues bloquant la mise à jour.
• Les colonnes de l'export de la Synthèse ont été partiellement revus dans la vue fournie par défaut (gn_synthese.v_synthese_for_export). Si vous aviez surcouché le paramètre EXPORT_COLUMNS dans le fichier config/geonature_config.toml, vérifiez les noms des colonnes.
• A partir la version 2.5.0 de GeoNature, la version 3.5 de Python n'est plus supportée. Seules les versions 3.6 et + le sont. Si vous êtes encore sur Debian 9 (fourni par défaut avec Python 3.5), veuillez suivre les instructions de mise à jour de Python sur cette version (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/docs/installation-standalone.rst#python-37-sur-debian-9). Il est cependant plutôt conseillé de passer sur Debian 10 pour rester à jour sur des versions maintenues
• Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (https://docs.geonature.fr/installation.html#mise-a-jour-de-l-application)
• A noter, quelques changements dans les paramètres du module Occtax. Les paramètres d'affichage/masquage des champs du formulaire ont évolué ainsi :
  • obs_meth devient obs_tech
  • obs_technique devient tech_collect
• A noter aussi que cette version de GeoNature est compatible avec la version 1.1.0 minimum d'Occtax-mobile (du fait de la mise du standard Occurrence de taxons)