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mise en cohérence avec geonature - ajout liste rouge en base
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@gildeluermoz
gildeluermoz committed Oct 18, 2016
1 parent 06c74b1 commit c9e6e54
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Showing 4 changed files with 156 additions and 54 deletions.
Binary file added data/inpn/LR_FRANCE.zip
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138 changes: 85 additions & 53 deletions data/inpn/data_inpn_v9_taxhub.sql
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -26,61 +26,66 @@ INSERT INTO bib_taxref_habitats (id_habitat, nom_habitat, desc_habitat) VALUES (
-- Data for Name: bib_taxref_rangs; Type: TABLE DATA; Schema: taxonomie; Owner: geonatuser
--

INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('Dumm', 'Domaine');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SPRG', 'Super-Règne');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('KD ', 'Règne');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SSRG', 'Sous-Règne');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('IFRG', 'Infra-Règne');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('PH ', 'Phylum/Embranchement');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SBPH', 'Sous-Phylum');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('IFPH', 'Infra-Phylum');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('DV ', 'Division');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SBDV', 'Sous-division');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SPCL', 'Super-Classe');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('CLAD', 'Cladus');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('CL ', 'Classe');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SBCL', 'Sous-Classe');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('IFCL', 'Infra-classe');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('LEG ', 'Legio');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('COH ', 'Cohorte ');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SPOR', 'Super-Ordre');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('OR ', 'Ordre');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SBOR', 'Sous-Ordre');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('IFOR', 'Infra-Ordre');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SPFM', 'Super-Famille');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('FM ', 'Famille');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SBFM', 'Sous-Famille');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SPTR', 'Super-Tribu');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('TR ', 'Tribu');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SSTR', 'Sous-Tribu');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('GN ', 'Genre');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SSGN', 'Sous-Genre');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SC ', 'Section');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SBSC', 'Sous-Section');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SER ', 'Série');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SSER', 'Sous-Série');

INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('AGES', 'Agrégat');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('ES ', 'Espèce');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SMES', 'Semi-Espèce');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('MES ', 'Micro-Espèce');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SSES', 'Sous-espèce');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('NAT ', 'Natio');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('VAR ', 'Variété');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SVAR', 'Sous-Variété');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('FO ', 'Forme');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SSFO', 'Sous-Forme');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('FOES', 'Forma species');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('LIN ', 'Linea');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('CLO ', 'Clône');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('RACE', 'Race');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('CAR ', 'Cultivar');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('MO ', 'Morpha');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('AB ', 'Abberatio');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('Dumm', 'Domaine', 1);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SPRG', 'Super-Règne', 2);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('KD ', 'Règne', 3);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SSRG', 'Sous-Règne', 4);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('IFRG', 'Infra-Règne', 5);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('PH ', 'Embranchement', 6);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SBPH', 'Sous-Phylum', 7);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('IFPH', 'Infra-Phylum', 8);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('DV ', 'Division', 9);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SBDV', 'Sous-division', 10);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SPCL', 'Super-Classe', 11);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('CLAD', 'Cladus', 12);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('CL ', 'Classe', 13);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SBCL', 'Sous-Classe', 14);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('IFCL', 'Infra-classe', 15);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('LEG ', 'Legio', 16);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SPOR', 'Super-Ordre', 17);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('COH ', 'Cohorte', 18);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('OR ', 'Ordre', 19);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SBOR', 'Sous-Ordre', 20);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('IFOR', 'Infra-Ordre', 21);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SPFM', 'Super-Famille', 22);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('FM ', 'Famille', 23);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SBFM', 'Sous-Famille', 24);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('TR ', 'Tribu', 26);

INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SSTR', 'Sous-Tribu', 27);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('GN ', 'Genre', 28);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SSGN', 'Sous-Genre', 29);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SC ', 'Section', 30);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SBSC', 'Sous-Section', 31);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SER', 'Série', 32);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SSER', 'Sous-Série', 33);

INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('AGES', 'Agrégat', 34);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('ES ', 'Espèce', 35);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SMES', 'Semi-espèce', 36);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('MES ', 'Micro-Espèce',37);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SSES', 'Sous-espèce', 38);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('NAT ', 'Natio', 39);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('VAR ', 'Variété', 40);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SVAR ', 'Sous-Variété', 41);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('FO ', 'Forme', 42);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SSFO', 'Sous-Forme', 43);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('FOES', 'Forma species', 44);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('LIN ', 'Linea', 45);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('CLO ', 'Clône', 46);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('RACE', 'Race', 47);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('CAR ', 'Cultivar', 48);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('MO ', 'Morpha', 49);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('AB ', 'Abberatio',50);
--n'existe plus dans taxref V9
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('CVAR', 'Convariété');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('HYB ', 'Hybride');
--non documenté dans la doc taxref
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang, tri_rang) VALUES ('SPTR', 'Supra-Tribu', 25);
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SCO ', '?');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('PVOR', '?');

INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SSCO', '?');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('SCO ', '?');
INSERT INTO bib_taxref_rangs (id_rang, nom_rang) VALUES ('PVOR ', '?');



Expand Down Expand Up @@ -110,6 +115,24 @@ INSERT INTO bib_taxref_statuts (id_statut, nom_statut) VALUES ('0', 'Non renseig
INSERT INTO bib_taxref_statuts (id_statut, nom_statut) VALUES ('Q', 'Mentionné par erreur');
INSERT INTO bib_taxref_statuts (id_statut, nom_statut) VALUES (' ', 'Non précisé');

--
--
-- Data for Name: bib_taxref_categories_lr; Type: TABLE DATA; Schema: taxonomie; Owner: -
--

INSERT INTO bib_taxref_categories_lr VALUES ('EX', 'Disparues', 'Eteinte à l''état sauvage', 'Eteinte au niveau mondial');
INSERT INTO bib_taxref_categories_lr VALUES ('EW', 'Disparues', 'Eteinte à l''état sauvage', 'Eteinte à l''état sauvage');
INSERT INTO bib_taxref_categories_lr VALUES ('RE', 'Disparues', 'Disparue au niveau régional', 'Disparue au niveau régional');
INSERT INTO bib_taxref_categories_lr VALUES ('CR', 'Menacées de disparition', 'En danger critique', 'En danger critique');
INSERT INTO bib_taxref_categories_lr VALUES ('EN', 'Menacées de disparition', 'En danger', 'En danger');
INSERT INTO bib_taxref_categories_lr VALUES ('VU', 'Menacées de disparition', 'Vulnérable', 'Vulnérable');
INSERT INTO bib_taxref_categories_lr VALUES ('NT', 'Autre', 'Quasi menacée', 'Espèce proche du seuil des espèces menacées ou qui pourrait être menacée si des mesures de conservation spécifiques n''étaient pas prises');
INSERT INTO bib_taxref_categories_lr VALUES ('LC', 'Autre', 'Préoccupation mineure', 'Espèce pour laquelle le risque de disparition est faible');
INSERT INTO bib_taxref_categories_lr VALUES ('DD', 'Autre', 'Données insuffisantes', 'Espèce pour laquelle l''évaluation n''a pas pu être réalisée faute de données suffisantes');
INSERT INTO bib_taxref_categories_lr VALUES ('NA', 'Autre', 'Non applicable', 'Espèce non soumise à évaluation car (a) introduite dans la période récente ou (b) présente en métropole de manière occasionnelle ou marginale');
INSERT INTO bib_taxref_categories_lr VALUES ('NE', 'Autre', 'Non évaluée', 'Espèce non encore confrontée aux critères de la Liste rouge');


-------------------------------------------------------------
------------Insertion des données taxref -------------
-------------------------------------------------------------
Expand Down Expand Up @@ -162,6 +185,15 @@ FROM '/tmp/PROTECTION_ESPECES_90.csv'
WITH CSV HEADER
DELIMITER ';' encoding 'LATIN1';

---import liste rouge--
TRUNCATE TABLE taxonomie.taxref_liste_rouge_fr;
COPY taxonomie.taxref_liste_rouge_fr (ordre_statut,vide,cd_nom,cd_ref,nomcite,nom_scientifique,auteur,nom_vernaculaire,nom_commun,
rang,famille,endemisme,population,commentaire,id_categorie_france,criteres_france,liste_rouge,fiche_espece,tendance,
liste_rouge_source,annee_publication,categorie_lr_europe,categorie_lr_mondiale)
FROM '/tmp/LR_FRANCE.csv'
WITH CSV HEADER
DELIMITER E'\;' encoding 'UTF-8';


TRUNCATE TABLE taxref_protection_especes;
INSERT INTO taxref_protection_especes
Expand Down
71 changes: 70 additions & 1 deletion data/taxhubdb.sql
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -242,6 +242,18 @@ CREATE SEQUENCE bib_taxons_id_taxon_seq
NO MAXVALUE
CACHE 1;

--
-- Name: bib_taxref_categories_lr; Type: TABLE; Schema: taxonomie; Owner: -; Tablespace:
--

CREATE TABLE bib_taxref_categories_lr
(
id_categorie_france character(2) NOT NULL,
categorie_lr character varying(50) NOT NULL,
nom_categorie_lr character varying(255) NOT NULL,
desc_categorie_lr character varying(255)
);


--
-- TOC entry 181 (class 1259 OID 101253)
Expand All @@ -262,7 +274,8 @@ CREATE TABLE bib_taxref_habitats (

CREATE TABLE bib_taxref_rangs (
id_rang character(4) NOT NULL,
nom_rang character varying(20) NOT NULL
nom_rang character varying(20) NOT NULL,
tri_rang integer
);


Expand Down Expand Up @@ -483,6 +496,39 @@ CREATE TABLE taxref_changes (
);


--
-- Name: taxref_liste_rouge_fr; Type: TABLE; Schema: taxonomie; Owner: -; Tablespace:
--

CREATE TABLE taxref_liste_rouge_fr
(
id_lr serial NOT NULL,
ordre_statut integer,
vide character varying(255),
cd_nom integer,
cd_ref integer,
nomcite character varying(255),
nom_scientifique character varying(255),
auteur character varying(255),
nom_vernaculaire character varying(255),
nom_commun character varying(255),
rang character(4),
famille character varying(50),
endemisme character varying(255),
population character varying(255),
commentaire text,
id_categorie_france character(2) NOT NULL,
criteres_france character varying(255),
liste_rouge character varying(255),
fiche_espece character varying(255),
tendance character varying(255),
liste_rouge_source character varying(255),
annee_publication integer,
categorie_lr_europe character varying(2),
categorie_lr_mondiale character varying(5)
);


--
-- TOC entry 188 (class 1259 OID 101289)
-- Name: taxref_protection_articles; Type: TABLE; Schema: taxonomie; Owner: -; Tablespace:
Expand Down Expand Up @@ -631,7 +677,13 @@ ALTER TABLE ONLY bib_attributs
ALTER TABLE ONLY bib_listes
ADD CONSTRAINT pk_bib_listes PRIMARY KEY (id_liste);

--
-- Name: pk_bib_taxref_id_categorie_france; Type: CONSTRAINT; Schema: taxonomie; Owner: -; Tablespace:
--

ALTER TABLE ONLY bib_taxref_categories_lr
ADD CONSTRAINT pk_bib_taxref_id_categorie_france PRIMARY KEY (id_categorie_france);

--
-- TOC entry 3355 (class 2606 OID 101312)
-- Name: pk_bib_taxref_habitats; Type: CONSTRAINT; Schema: taxonomie; Owner: -; Tablespace:
Expand Down Expand Up @@ -686,6 +738,14 @@ ALTER TABLE ONLY taxref_changes
ADD CONSTRAINT pk_taxref_changes PRIMARY KEY (cd_nom, champ);


--
-- Name: pk_taxref_liste_rouge_fr; Type: CONSTRAINT; Schema: taxonomie; Owner: -; Tablespace:
--

ALTER TABLE ONLY taxref_liste_rouge_fr
ADD CONSTRAINT pk_taxref_liste_rouge_fr PRIMARY KEY (id_lr);


--
-- TOC entry 3374 (class 2606 OID 101324)
-- Name: taxref_protection_articles_pkey; Type: CONSTRAINT; Schema: taxonomie; Owner: -; Tablespace:
Expand Down Expand Up @@ -873,6 +933,15 @@ ALTER TABLE ONLY taxref
ADD CONSTRAINT taxref_id_statut_fkey FOREIGN KEY (id_statut) REFERENCES bib_taxref_statuts(id_statut) ON UPDATE CASCADE;


--
-- Name: fk_taxref_lr_bib_taxref_categories; Type: FK CONSTRAINT; Schema: taxonomie; Owner: -
--

ALTER TABLE ONLY taxref_liste_rouge_fr
ADD CONSTRAINT fk_taxref_lr_bib_taxref_categories FOREIGN KEY (id_categorie_france) REFERENCES taxonomie.bib_taxref_categories_lr (id_categorie_france) MATCH SIMPLE
ON UPDATE CASCADE ON DELETE NO ACTION;


--
-- TOC entry 3399 (class 2606 OID 101376)
-- Name: taxref_protection_especes_cd_nom_fkey; Type: FK CONSTRAINT; Schema: taxonomie; Owner: -
Expand Down
1 change: 1 addition & 0 deletions install_db.sh
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -52,6 +52,7 @@ then
cd data/inpn
unzip TAXREF_INPN_v9.0.zip -d /tmp
unzip ESPECES_REGLEMENTEES.zip -d /tmp
unzip LR_FRANCE.zip -d /tmp

echo "Insertion des données taxonomiques de l'inpn... (cette opération peut être longue)"
cd $DIR
Expand Down

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