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MAIN CODE: BooleanBioNet-InfoDyn.py ==> need to work on it!
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## 0. Prepare network with proper input format (split by tab)
data/example/example-net-edges.dat
data/example/example-net-edges.dat
Format: 0-1) NODE_FILE (two columns)
node-name (or node-index) threshold
0-2) EDGE_FILE
node-name1 node-name2 weight-edge-from-node1-to-node2
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## 1. Code to read network structure from files in ## 0
code/input_net.py
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## 2. Code for updating states of each network
code/updating_rule.py
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## 3. Code for time evolution of each network
code/time_evol.py
Function: 3-1) transition_map: generate transition mapping between every network state ==> need to be added!
3-2) ensemble_time_series: generate time series data for informational measures
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#################################################################################
## 4. Code to measure TE and AI for a given time series data (over ensemble or trajectory)
code/info_dyn.py ==> need to complete generalized version!
Function: 4-1)com_TE_over_ensemble
4-2)com_AI_over_ensemble
4-3)com_TE_over_trajectory
4-4)com_AI_over_trajectory
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