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arvorefelidae.r
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arvorefelidae.r
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#Instalando e abrindo o pacote para Phylogenia no R
#install.packages("ape")
library(ape)
#Criando uma lista com números de acesso ao Genbank
lista <- paste("AF006", seq(387, 459, 2), sep = "")
lista
#Fazendo Download pela internet
felidseq16S <-read.GenBank(lista)
#Olhando os dados
felidseq16S
table(unlist(lapply(felidseq16S, length)))
cat(felidseq16S[[1]], "\n", sep = "")
#Com letrinhas
read.GenBank(lista[1],as.character = T)
#Salvando o arquivo para alinhas
write.dna(felidseq16S, "felidseq16S.fas", format = "fasta")
#Apos o alinhamento, abra novamente e de uma olhada
felidseq16Sali <- read.dna("felidae16s.phylip")
table(unlist(lapply(felidseq16Sali, length)))
#Salvando os nomes das especies também
taxa.felid <- attr(felidseq16S, "species")
names(taxa.felid) <- names(felidseq16S)
#Desenhando as arvores, lembre-se de indicar corretamente o diretorio e o executavel do PhyML
getwd()
phymltest.felid <- phymltest(seqfile="felidae16s.phylip",
execname="/home/augusto/git/recologia/PhyML-3.1/PhyML-3.1_linux32",append = F)
#O resultado
phymltest.felid
#Testando diferenças nos modelos usados
summary(phymltest.felid)
#Visualizando os ajustes
plot(phymltest.felid)
#Abrindo a arvore que queremos olhar, definindo a raiz e tirando ela do plot
tr <- read.tree("felidae16s.phylip_phyml_tree.txt")
mltree.felid <- tr[[28]]
mltree.felid$tip.label <- taxa.felid[mltree.felid$tip.label]
mltree.felid <- root(mltree.felid, "Galidia_elegans")
mltree.felid <- drop.tip(mltree.felid, c("Crocuta_crocuta",
"Galidia_elegans"))
#Plots das arvores
plot(mltree.felid)
axisPhylo()
plot(mltree.felid,type="cladogram")
plot(mltree.felid,type="fan")
plot(mltree.felid,type="radial")
plot(mltree.felid,type="unrooted",cex=0.6)