fix nexus test

VoSeq · Aug 17, 2015 · 0c235e6 · 0c235e6
1 parent 6e5c915
commit 0c235e6
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diff --git a/voseq/create_dataset/tests/tests_create_nexus_dataset.py b/voseq/create_dataset/tests/tests_create_nexus_dataset.py
@@ -1,16 +1,13 @@
-from Bio.Seq import Seq
-
 from django.test import TestCase
 from django.test.client import Client
 from django.core.management import call_command
 
 from create_dataset.utils import CreateDataset
 from public_interface.models import Genes
 from public_interface.models import GeneSets
-from public_interface.models import TaxonSets
 
 
-class CreateTNTDatasetTest(TestCase):
+class CreateNexusDatasetTest(TestCase):
     def setUp(self):
         args = []
         opts = {'dumpfile': 'test_db_dump.xml', 'verbosity': 0}
@@ -260,12 +257,11 @@ def test_order_of_vouchers_is_kept_along_partitions(self):
         dataset_creator = CreateDataset(cleaned_data)
         result = dataset_creator.dataset_str
         expected = """
-[COI]
-CP100-10_Melitaea_diamina                              ?????????????????????????TGAGCCGGTATAATTGGTACATCCCTAAGTCTTATTATTCGAACCGAATTAGGAAATCCTAGTTTTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATACCATTGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATGCCAATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTGTACCATTAATATTGGGAGCCCCAGATATAGCTTTCCCCCGAATAAATTATATAAGATTTTGATTATTGCCTCCATCCTTAATTCTTTTAATTTCAAGTAGAATTGTAGAAAATGGGGCAGGAACTGGATGAACAGTTTACCCCCCACTTTCATCTAATATTGCCCATAGAGGAGCTTCAGTGGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGATTTCCTCTATCTTAGGAGCTATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGAATTAATAATATATCTTATGATCAAATACCTTTATTTGTATGAGCAGTAGGAATTACAGCATTACTTCTCTTATTATCTTTACCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATACTTTTAACGGATCGAAATCTTAATACCTCATTTTTTGATTCCTGCGGAGGAGGAGATCC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
-CP100-11_Melitaea_diamina                              ??TGAGCCGGTATAATTGGTACATCCCTAAGTCTTATTATTCGAACCGAATTAGGAAATCCTAGTTTTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATACCATTGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATGCCAATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTGTACCATTAATATTGGGAGCCCCAGATATAGCTTTCCCCCGAATAAATTATATAAGATTTTGATTATTGCCTCCATCCTTAATTCTTTTAATTTCAAGTAGAATTGTAGAAAATGGGGCAGGAACTGGATGAACAGTTTACCCCCCACTTTCATCTAATATTGCCCATAGAGGAGCTTCAGTGGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGATTTCCTCTATCTTAGGAGCTATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGAATTAATAATATATCTTATGATCAAATACCTTTATTTGTATGAGCAGTAGGAATTACAGCATTACTTCTCTTATTATCTTTACCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATACTTTTAACGGATCGAAATCTTAATACCTCATTTTTTGATTCCTGCGGAGGAGGAGATCC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100-12_Melitaea_diamina                              ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
+CP100-13_Melitaea_diamina                              ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
 
 [EF1a]
-CP100-10_Melitaea_diamina
+CP100-09_Melitaea?_diamina
 """
         self.assertTrue(expected.strip() in result)
 

diff --git a/voseq/create_dataset/tests/tests_utils.py b/voseq/create_dataset/tests/tests_utils.py
@@ -103,6 +103,8 @@ def test_dataset_all_codons_as_one_with_no_reading_frame(self):
 --------------------
 >CP100-10_Papilionoidea_Melitaea_diamina
 ????CGTGGTATCACTATTGATATTGCTSTATGGAAGTTCGAAACGAGCAGATACTATGTCACCATCATTGATGCTCCCGGACACAGAGATTTCATCAAGGACATGATTACTGGGACATCACAAGCCGATTGCGCCGTGCTTATCGTCGCAGCCGGTACTGGTGAGTTCGAAGCTGGTATCTCGGAGGACGGACAAACCCGTGAGCATGCTCTTCTCGCATTCACACTCGGTGTAAAGCAGCTGATAGTGGGTGTCAACAAAATGGACTCTACTGAGCCCCCATACAGCGAGCCACGTTTTGAGGAAATCAAAAAAGAAGTGTCCTCATACATTAAGAAAATTGGTTACAACCCAGCTGCCGTCGCGTTCGTGCCCATTTCTGGCTGGCATGGAGACAACATGCTGGAGCCATCTACCAAGATGCCCTGGTTCAAGGGATGGCAAGTGGATCGCAAAGAAGGCAAGGGTGAAGGTAAATGCCTTATTGAAGCCCTGGACGCCATTCTGCCTCC??
+>CP100-11_Melitaea_diamina
+???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
 """
         result = dataset_creator.dataset_str
         self.assertEqual(expected.strip(), result)