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…r_codes

Dont use lowercase gene voucher codes

voseq/core/utils.py

@@ -33,15 +33,15 @@ def get_voucher_codes(cleaned_data):
     for i in voucher_codes:
         if re.search('^--', i):
             i_clean = re.sub('^--', '', i)
-            voucher_codes_clean.append(i_clean.lower())
+            voucher_codes_clean.append(i_clean)
         else:
-            voucher_codes_clean.append(i.lower())
+            voucher_codes_clean.append(i)
     voucher_codes_set = set(voucher_codes_clean)
 
     vouchers_to_drop = []
     for i in voucher_codes:
         if re.search('^--', i):
-            vouchers_to_drop.append(re.sub('^--', '', i).lower())
+            vouchers_to_drop.append(re.sub('^--', '', i))
 
     voucher_codes_filtered = []
     for i in voucher_codes_set:
@@ -68,9 +68,8 @@ def get_gene_codes(cleaned_data):
     if len(cleaned_data['gene_codes']) > 0:
         gene_codes += [i.gene_code for i in cleaned_data['gene_codes']]
 
-    gene_codes_lower_case = [i.lower() for i in gene_codes]
-    gene_codes_lower_case.sort()
-    return set(gene_codes_lower_case)
+    gene_codes.sort()
+    return set(gene_codes)
 
 
 def get_version_stats():

voseq/create_dataset/dataset.py

@@ -27,7 +27,7 @@ def get_reading_frames(self):
         reading_frames = dict()
         genes = Genes.objects.all().values('gene_code', 'reading_frame')
         for gene in genes:
-            gene_code = gene['gene_code'].lower()
+            gene_code = gene['gene_code']
             if gene_code in self.gene_codes:
                 reading_frames[gene_code] = gene['reading_frame']
         return reading_frames
@@ -47,7 +47,7 @@ def split_sequence_in_codon_positions(self, gene_code, seq):
             processed to extract the codon positions requested by the user.
 
         """
-        reading_frame = int(self.reading_frames[gene_code.lower()]) - 1
+        reading_frame = int(self.reading_frames[gene_code]) - 1
         seq = seq[reading_frame:]
 
         # This is the BioPython way to get codon positions

voseq/create_dataset/tests/tests_create_nexus_dataset.py

@@ -43,20 +43,20 @@ def test_nexus(self):
 FORMAT INTERLEAVE DATATYPE=DNA MISSING=? GAP=-;
 MATRIX
 
-[coi]
+[COI]
 CP100-10_Melitaea_diamina                              ?????????????????????????TGAGCCGGTATAATTGGTACATCCCTAAGTCTTATTATTCGAACCGAATTAGGAAATCCTAGTTTTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATACCATTGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATGCCAATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTGTACCATTAATATTGGGAGCCCCAGATATAGCTTTCCCCCGAATAAATTATATAAGATTTTGATTATTGCCTCCATCCTTAATTCTTTTAATTTCAAGTAGAATTGTAGAAAATGGGGCAGGAACTGGATGAACAGTTTACCCCCCACTTTCATCTAATATTGCCCATAGAGGAGCTTCAGTGGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGATTTCCTCTATCTTAGGAGCTATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGAATTAATAATATATCTTATGATCAAATACCTTTATTTGTATGAGCAGTAGGAATTACAGCATTACTTCTCTTATTATCTTTACCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATACTTTTAACGGATCGAAATCTTAATACCTCATTTTTTGATTCCTGCGGAGGAGGAGATCC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
 CP100-11_Melitaea_diamina                              ??TGAGCCGGTATAATTGGTACATCCCTAAGTCTTATTATTCGAACCGAATTAGGAAATCCTAGTTTTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAATACCATTGTAACAGCTCATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATGCCAATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTGTACCATTAATATTGGGAGCCCCAGATATAGCTTTCCCCCGAATAAATTATATAAGATTTTGATTATTGCCTCCATCCTTAATTCTTTTAATTTCAAGTAGAATTGTAGAAAATGGGGCAGGAACTGGATGAACAGTTTACCCCCCACTTTCATCTAATATTGCCCATAGAGGAGCTTCAGTGGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGATTTCCTCTATCTTAGGAGCTATTAATTTTATTACTACAATTATTAATATACGAATTAATAATATATCTTATGATCAAATACCTTTATTTGTATGAGCAGTAGGAATTACAGCATTACTTCTCTTATTATCTTTACCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATACTTTTAACGGATCGAAATCTTAATACCTCATTTTTTGATTCCTGCGGAGGAGGAGATCC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
 
-[ef1a]
+[EF1a]
 CP100-10_Melitaea_diamina                              ???????????????CAAGTCCACCACCACCGGCCACTTGATTTACAAATGTGGTGGTATCGACAAACGTACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGAAGCCCAGGAAATGGGCAAGGGTTCCTTCAAGTACGCTTGGGTGTTGGACAAACTTAAGGCTGAGCGCGAGCGTGGTATCACTATTGATATTGCTCTGTGGAAGTTCGAGACTGCCAAATACTATGTAACCATCATCGATGCTCCCGGACACAGAGATTTCATCAAGAACATGATCACCGGAACATCACAAGCCGATTGCGCCGTACTTATCGTCGCCGCCGGTACTGGTGAGTTCGAAGCCGGTATCTCAAAGAACGGTCAGACCCGTGAGCACGCTCTGCTCGCCTTCACATTAGGTGTAAAGCAGCTGATTGTAGGAGTCAACAAAATGGACTCCACTGAGCCCCCATACAATGAGGGACGTTTCGAGGAAATCAAAAAGGAAGTGTCCTCTTACATCAAGAAGATCGGTTACAACCCAGCTGCCGTCGCTTTCGTACCCATTTCTGGCTGGCACGGAGACAACATGCTGGAGCCATCTACCAAAATGTCCCGGTTCAAGGGATGGCAAGTGGAGCGCAAAGAAGGCAAGG???AAGGTAAATGCCTCATTGAAGCTC???ACGCCATCCTTCCTCCGG?????CCCAC????????????????????????????????????????????????TATTGGTACAGTGCCCGTAGGCAGAGTAGAAACTGGTATCCTCAAACCAGGTACCATTGTTGTTTTCGCTCCCGCCAACATCACCACTGAAGTCAAATCTGTGGAGATGCACCACGAAGCTCTCCAAGAGGCTGTACCTGGAGACAATGTAGGTTTCAACGTCAAGAACGTTTCCGTCAAGGAATTACGTCGTGGTTATGTAGCTGGTGACTCCAAGAACAACCCACCCAAGGGAGCTGCTGACTTCACCGCACAAGTCATTGTGCTCAACCACCCCGGTCAAATCTCCAATGGCTACACACCTGTGCTCGATTGCCACACAGCTCACATTGCCTGCAAATTCGCCGAAATCAAAGAAAAGGTTGACCGTCGTTCCGGTAAATCYACTGAGGACAATCCTAAATCTATCAAATCTGGTGATGCTGCCATTGTGAACTTGGTACCTTCCAAACCCCTCTGTGTGGAGGCCTTCCAAGAATTCCCACCTCTTGGTCG?????????????
 CP100-11_Melitaea_diamina                              ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
 ;
 END;
 
 begin mrbayes;
-    charset coi = 1-1047;
-    charset ef1a = 1048-2287;
-partition GENES = 2: coi, ef1a;
+    charset COI = 1-1047;
+    charset EF1a = 1048-2287;
+partition GENES = 2: COI, EF1a;
 
 set partition = GENES;