metadata_tifffile/tifffile metatada experiments.ipynb

{
 "cells": [
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "# Code snippets for accessing and saving various metadata from/to  `.tif` files using `tifffile`"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 2,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "import tifffile"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "# Leica Matrix Screener `.ome.tif` file acquired on SP5"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 2,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "mscreener = tifffile.TiffFile(\"C:/Users/Volker/Data/AndreAlves_Subset/chamber--U02--V05/field--X00--Y01/image--L0000--S00--U02--V05--J08--E00--O00--X00--Y01--T0000--Z01--C00.ome.tif\")"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 3,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "False"
      ]
     },
     "execution_count": 3,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "mscreener.pages.pages[0].is_lsm"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 4,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "True"
      ]
     },
     "execution_count": 4,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "mscreener.pages.pages[0].is_ome"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 5,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "'<?xml version=\"1.0\" encoding=\"UTF-8\" standalone=\"no\"?><!-- Warning: this comment is an OME-XML metadata block, which contains crucial dimensional parameters and other important metadata. Please edit cautiously (if at all), and back up the original data before doing so. For more information, see the OME-TIFF web site: http://loci.wisc.edu/ome/ome-tiff.html. --><OME xmlns:xs=\"http://www.w3.org/2001/XMLSchema\" xmlns=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2008-09\" xmlns:Bin=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/BinaryFile/2008-09\" xmlns:CA=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/CA/2008-09\" xmlns:SA=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2008-09\" xmlns:SPW=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2008-09\" xmlns:STD=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/STD/2008-09\" xmlns:xsi=\"http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance\" xsi:schemaLocation=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2008-09 http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2008-09/ome.xsd http://www.openmicroscopy.org/Schemas/BinaryFile/2008-09 http://www.openmicroscopy.org/Schemas/BinaryFile/2008-09/BinaryFile.xsd http://www.openmicroscopy.org/Schemas/CA/2008-09 http://www.openmicroscopy.org/Schemas/CA/2008-09/CA.xsd http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2008-09 http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2008-09/SPW.xsd http://www.openmicroscopy.org/Schemas/STD/2008-09 http://www.openmicroscopy.org/Schemas/STD/2008-09/STD.xsd\" UUID=\"urn:uuid:b474ab96-fc7d-11e8-8ac3-eccd6d63b66a\"><Experiment Type=\"Other\" ID=\"Experiment:0\"><Description>Experiment</Description><ExperimenterRef ID=\"Experimenter:0\"/></Experiment><Experimenter ID=\"Experimenter:0\"><FirstName>Frank</FirstName><LastName>Sieckmann</LastName><Email>Frank.Sieckmann@leica-microsystems.com</Email><Institution>Leica Microsystems CMS GmbH</Institution><OMEName>Frank</OMEName><GroupRef ID=\"Group:0\"/></Experimenter><Group ID=\"Group:0\" Name=\"MatrixScreener Group\"><Leader ID=\"Experimenter:0\"/><Contact ID=\"Experimenter:0\"/></Group><Instrument ID=\"Instrument:0\"><Microscope Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"DMI6000 Turret\" SerialNumber=\"5100000872\" Type=\"Unknown\"/><LightSource ID=\"LightSource:0\" Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"Unknown\" SerialNumber=\"\" Power=\"0.5300006103888180E2\"><Laser Wavelength=\"405\" LaserMedium=\"Unknown\" Type=\"Unknown\"/></LightSource><Detector ID=\"Detector:1\" Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"PMT 1\" Type=\"PMT\" SerialNumber=\"\" Zoom=\"0.170000113487319E1\" Offset=\"0.23333333333333E0\" Voltage=\"0.56500000000000000E3\" Gain=\"0.56500000000000000E3\"/><Detector ID=\"Detector:2\" Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"PMT 2\" Type=\"PMT\" SerialNumber=\"\"/><Detector ID=\"Detector:3\" Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"PMT 3\" Type=\"PMT\" SerialNumber=\"\"/><Detector ID=\"Detector:4\" Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"PMT 4\" Type=\"PMT\" SerialNumber=\"\"/><Detector ID=\"Detector:100\" Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"PMT Trans\" Type=\"PMT\" SerialNumber=\"\"/><Objective ID=\"Objective:0\" Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"N PLAN L  \" SerialNumber=\"11506248\"><Correction>Unknown</Correction><Immersion>Other</Immersion><LensNA>0.35000000000000E0</LensNA><NominalMagnification>20</NominalMagnification><CalibratedMagnification>0.0</CalibratedMagnification><WorkingDistance>0.0</WorkingDistance></Objective><Filter ID=\"Filter:0\" Type=\"BandPass\" FilterWheel=\"\" LotNumber=\"\" Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"\"><TransmittanceRange CutIn=\"413\" CutInTolerance=\"0\" CutOut=\"465\" CutOutTolerance=\"0\" Transmittance=\"0.0\"/></Filter><Filter ID=\"Filter:1\" Type=\"BandPass\" FilterWheel=\"\" LotNumber=\"\" Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"\"><TransmittanceRange CutIn=\"511\" CutInTolerance=\"0\" CutOut=\"564\" CutOutTolerance=\"0\" Transmittance=\"0.0\"/></Filter><Filter ID=\"Filter:2\" Type=\"BandPass\" FilterWheel=\"\" LotNumber=\"\" Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"\"><TransmittanceRange CutIn=\"616\" CutInTolerance=\"0\" CutOut=\"669\" CutOutTolerance=\"0\" Transmittance=\"0.0\"/></Filter><Filter ID=\"Filter:3\" Type=\"BandPass\" FilterWheel=\"\" LotNumber=\"\" Manufacturer=\"Leica Microsystems\" Model=\"\"><TransmittanceRange CutIn=\"721\" CutInTolerance=\"0\" CutOut=\"774\" CutOutTolerance=\"0\" Transmittance=\"0.0\"/></Filter></Instrument><Image ID=\"Image:0\" Name=\"D:\\\\My Data\\\\anog0002\\\\181210_Pilot\\\\4927\\\\experiment--2018_12_10_05_15_39\\\\slide--S00\\\\chamber--U02--V05\\\\field--X00--Y01\\\\image--L0000--S00--U02--V05--J08--E00--O00--X00--Y01--T0000--Z01--C00.ome.tif\" DefaultPixels=\"Pixels:0\" AcquiredPixels=\"Pixels:0\"><CreationDate>2018-12-10T13:15:47.591</CreationDate><ExperimenterRef ID=\"Experimenter:0\"/><Description>D:\\\\My Data\\\\anog0002\\\\181210_Pilot\\\\4927\\\\experiment--2018_12_10_05_15_39\\\\slide--S00\\\\chamber--U02--V05\\\\field--X00--Y01\\\\image--L0000--S00--U02--V05--J08--E00--O00--X00--Y01--T0000--Z01--C00.ome.tif</Description><ExperimentRef ID=\"Experiment:0\"/><GroupRef ID=\"Group:0\"/><InstrumentRef ID=\"Instrument:0\"/><ObjectiveRef ID=\"Objective:0\" RefractiveIndex=\"0.100000000000000E1\"/><LogicalChannel ID=\"LogicalChannel:0\" Name=\"\" SamplesPerPixel=\"1\" PinholeSize=\"0.12127157245E-3\" PhotometricInterpretation=\"ColorMap\" Mode=\"Other\"><DetectorRef ID=\"Detector:1\" Offset=\"0.23333333333333E0\" Voltage=\"0.56500000000000000E3\" Gain=\"0.56500000000000000E3\" ReadOutRate=\"0.819200000000000000000E7\"/><ChannelComponent Pixels=\"Pixels:0\" Index=\"0\"/></LogicalChannel><Pixels DimensionOrder=\"XYZCT\" PixelType=\"uint8\" BigEndian=\"false\" SizeX=\"1024\" SizeY=\"1024\" SizeZ=\"1\" SizeC=\"1\" SizeT=\"1\" PhysicalSizeX=\"0.44563245356794E0\" PhysicalSizeY=\"0.44563245356794E0\" PhysicalSizeZ=\"0.0\" TimeIncrement=\"0.0\" ID=\"urn:lsid:loci.wisc.edu:Pixels:ows581\"><TiffData FirstC=\"0\" FirstZ=\"0\"><UUID FileName=\"image--L0000--S00--U00--V00--J00--E00--O00--X00--Y00--T0000--Z00--C00.ome.tif\">urn:uuid:8ba158a3-fc33-11e8-8ac3-eccd6d63b66a</UUID></TiffData><Plane TheZ=\"1\" TheT=\"0\" TheC=\"0\"><StagePosition PositionX=\"0.4456462555080E-1\" PositionY=\"0.6673977694440E-1\"/></Plane></Pixels></Image><SemanticTypeDefinitions xmlns=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/STD/2008-09\">\\n<SemanticType xmlns=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/STD/2008-09\" AppliesTo=\"I\" Name=\"OriginalMetadata\"><Label xmlns=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/STD/2008-09\"/><Element xmlns=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/STD/2008-09\" DBLocation=\"ORIGINAL_METADATA.NAME\" DataType=\"string\" Name=\"Name\"/><Element xmlns=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/STD/2008-09\" DBLocation=\"ORIGINAL_METADATA.VALUE\" DataType=\"string\" Name=\"Value\"/></SemanticType>\\n</SemanticTypeDefinitions>\\n<CustomAttributes xmlns=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/CA/2008-09\">\\n<ScannerSettingRecord Identifier=\"nAverageLine\" Unit=\"\" Description=\"Line-Average\" Data=\"0\" Variant=\"1\" VariantType=\"3\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBS\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (0)\" Data=\"0\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBS\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (1)\" Data=\"1\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBS\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (2)\" Data=\"2\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBS\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (3)\" Data=\"3\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBS\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (4)\" Data=\"4\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBS\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (5)\" Data=\"5\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBS\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (6)\" Data=\"6\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBS\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (7)\" Data=\"7\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBSLow\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (0)\" Data=\"0\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBSLow\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (1)\" Data=\"1\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBSLow\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (2)\" Data=\"2\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBSLow\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (3)\" Data=\"3\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBSLow\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (4)\" Data=\"4\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBSLow\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (5)\" Data=\"5\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBSLow\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (6)\" Data=\"6\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"AOBSLow\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOBS (7)\" Data=\"7\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"UV AOTF-1\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (405)\" Data=\"405\" Variant=\"53.0000610388818\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"UV AOTF-1Low\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (405)\" Data=\"405\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (458)\" Data=\"458\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (476)\" Data=\"476\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (488)\" Data=\"488\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (496)\" Data=\"496\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (514)\" Data=\"514\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (561)\" Data=\"561\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (633)\" Data=\"633\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7Low\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (458)\" Data=\"458\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7Low\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (476)\" Data=\"476\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7Low\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (488)\" Data=\"488\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7Low\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (496)\" Data=\"496\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7Low\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (514)\" Data=\"514\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7Low\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (561)\" Data=\"561\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Visible AOTF-7Low\" ClassName=\"CAotf\" Attribute=\"Intensity\" Description=\"AOTF (633)\" Data=\"633\" Variant=\"0\" VariantType=\"5\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Galvo Slider\" ClassName=\"CFilterWheel\" Attribute=\"Filter\" Description=\"Galvo Slider\" Data=\"0\" Variant=\"Galvo X Res \" VariantType=\"8\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Reson. Galvo Pan\" ClassName=\"CFilterWheel\" Attribute=\"Filter\" Description=\"Reson. Galvo Pan\" Data=\"0\" Variant=\"Galvo X Pan Center \" VariantType=\"8\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"Target Slider\" ClassName=\"CFilterWheel\" Attribute=\"Filter\" Description=\"Target Slider\" Data=\"0\" Variant=\"Target Park \" VariantType=\"8\" />\\n<FilterSettingRecord ObjectName=\"UV Lens FW\" ClassName=\"CFilterWheel\" Attribute=\"Filter\" Description=\"UV Lens FW\" Data=\"0\" Variant=\"Lens 63x/1.4 Oil \" VariantType=\"8\" />\\n</CustomAttributes>\\n<StructuredAnnotations xmlns=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2008-09\"/></OME>'"
      ]
     },
     "execution_count": 5,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "mscreener.ome_metadata"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "So the above is a string reprentation of an `.xml` file. If you `pip install xmltodict` you can parse this into nested dictionaries."
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 8,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "odict_keys(['OME'])"
      ]
     },
     "execution_count": 8,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "import xmltodict\n",
    "leica_dict = xmltodict.parse(mscreener.ome_metadata)\n",
    "leica_dict.keys()"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 10,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "odict_keys(['@xmlns:xs', '@xmlns', '@xmlns:Bin', '@xmlns:CA', '@xmlns:SA', '@xmlns:SPW', '@xmlns:STD', '@xmlns:xsi', '@xsi:schemaLocation', '@UUID', 'Experiment', 'Experimenter', 'Group', 'Instrument', 'Image', 'SemanticTypeDefinitions', 'CustomAttributes', 'StructuredAnnotations'])"
      ]
     },
     "execution_count": 10,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "leica_dict['OME'].keys()"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 14,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "odict_keys(['@xmlns:xs', '@xmlns', '@xmlns:Bin', '@xmlns:CA', '@xmlns:SA', '@xmlns:SPW', '@xmlns:STD', '@xmlns:xsi', '@xsi:schemaLocation', '@UUID', 'Experiment', 'Experimenter', 'Group', 'Instrument', 'Image', 'SemanticTypeDefinitions', 'CustomAttributes', 'StructuredAnnotations'])"
      ]
     },
     "execution_count": 14,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "leica_dict['OME'].keys()"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 15,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "OrderedDict([('@DimensionOrder', 'XYZCT'),\n",
       "             ('@PixelType', 'uint8'),\n",
       "             ('@BigEndian', 'false'),\n",
       "             ('@SizeX', '1024'),\n",
       "             ('@SizeY', '1024'),\n",
       "             ('@SizeZ', '1'),\n",
       "             ('@SizeC', '1'),\n",
       "             ('@SizeT', '1'),\n",
       "             ('@PhysicalSizeX', '0.44563245356794E0'),\n",
       "             ('@PhysicalSizeY', '0.44563245356794E0'),\n",
       "             ('@PhysicalSizeZ', '0.0'),\n",
       "             ('@TimeIncrement', '0.0'),\n",
       "             ('@ID', 'urn:lsid:loci.wisc.edu:Pixels:ows581'),\n",
       "             ('TiffData',\n",
       "              OrderedDict([('@FirstC', '0'),\n",
       "                           ('@FirstZ', '0'),\n",
       "                           ('UUID',\n",
       "                            OrderedDict([('@FileName',\n",
       "                                          'image--L0000--S00--U00--V00--J00--E00--O00--X00--Y00--T0000--Z00--C00.ome.tif'),\n",
       "                                         ('#text',\n",
       "                                          'urn:uuid:8ba158a3-fc33-11e8-8ac3-eccd6d63b66a')]))])),\n",
       "             ('Plane',\n",
       "              OrderedDict([('@TheZ', '1'),\n",
       "                           ('@TheT', '0'),\n",
       "                           ('@TheC', '0'),\n",
       "                           ('StagePosition',\n",
       "                            OrderedDict([('@PositionX', '0.4456462555080E-1'),\n",
       "                                         ('@PositionY',\n",
       "                                          '0.6673977694440E-1')]))]))])"
      ]
     },
     "execution_count": 15,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "leica_dict['OME']['Image']['Pixels']"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 25,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "PhysicalSize X: 1024\n",
      "PhysicalSize X: 1024\n",
      "PhysicalSize X: 0.44563245356794E0\n",
      "PhysicalSize Y: 0.44563245356794E0\n",
      "Stage X: 0.4456462555080E-1\n",
      "Stage Y: 0.6673977694440E-1\n"
     ]
    }
   ],
   "source": [
    "print(f\"PhysicalSize X: {leica_dict['OME']['Image']['Pixels']['@SizeX']}\")\n",
    "print(f\"PhysicalSize X: {leica_dict['OME']['Image']['Pixels']['@SizeY']}\")\n",
    "print(f\"PhysicalSize X: {leica_dict['OME']['Image']['Pixels']['@PhysicalSizeX']}\")\n",
    "print(f\"PhysicalSize Y: {leica_dict['OME']['Image']['Pixels']['@PhysicalSizeY']}\")\n",
    "print(f\"Stage X: {leica_dict['OME']['Image']['Pixels']['Plane']['StagePosition']['@PositionX']}\")\n",
    "print(f\"Stage Y: {leica_dict['OME']['Image']['Pixels']['Plane']['StagePosition']['@PositionY']}\")"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "Sometimes you may not want the `tifffile` and `xmltodict` dependencies.\n",
    "In that case, you can just read the whole tiff file as one large byte array and search within (note that this approach only works reliably if the key is only present exactly once):"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 26,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "0.7168467707040E-1\n",
      "0.3921968390280E-1\n",
      "0.5300006103888180E2\n"
     ]
    }
   ],
   "source": [
    "def getKey(bytearr, bytekey):\n",
    "    indexPos = bytearr.find(bytekey)\n",
    "    indexStart = bytearr.find(b'\"', indexPos)  # find leading quotation mark\n",
    "    indexStop = bytearr.find(b'\"', indexStart + 1)  # find trailing quotation mark\n",
    "    val = bytearr[indexStart + 1:indexStop]\n",
    "    return val.decode('utf-8')\n",
    "\n",
    "with open(\"C:/Users/Volker/Data/AndreAlves_Subset/chamber--U05--V02/field--X00--Y00/image--L0000--S00--U05--V02--J08--E00--O00--X00--Y00--T0000--Z00--C00.ome.tif\", \"rb\") as f:\n",
    "    bstrg = f.read()\n",
    "print(getKey(bstrg, b\"PositionX\"))\n",
    "print(getKey(bstrg, b\"PositionY\"))\n",
    "print(getKey(bstrg, b\"Power\"))"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "# 3i Lattice Lightsheet operated and capturing with Janelia Labview software"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 6,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "c:\\users\\volker\\anaconda3\\envs\\spimenv\\lib\\site-packages\\tifffile\\tifffile.py:4267: UserWarning: tag 32781: coercing invalid ASCII to bytes\n",
      "  warnings.warn('tag %i: coercing invalid ASCII to bytes' % code)\n"
     ]
    }
   ],
   "source": [
    "lls = tifffile.TiffFile(\"C:/Users/Volker/Dropbox/Github/Lattice_Lightsheet_Deskew_Deconv/testset/drp1_dendra2_test_1_CamA_ch0_stack0000_488nm_0000000msec_0018218290msecAbs.tif\")"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "Note that we already got a warning about tiff tag 32781 being malformed ..."
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 7,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "[<tifffile.tifffile.TiffPage at 0x1c00be0fb70>]"
      ]
     },
     "execution_count": 7,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "lls.pages.pages"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 8,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "tags = lls.pages.pages[0].tags"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "###  Print all tags"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 9,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "ImageWidth: TiffTag 256 ImageWidth  1H @278928  256\n",
      "ImageLength: TiffTag 257 ImageLength  1H @278928  512\n",
      "BitsPerSample: TiffTag 258 BitsPerSample  1H @278928  16\n",
      "Compression: TiffTag 259 Compression  1H @278928  NONE\n",
      "PhotometricInterpretation: TiffTag 262 PhotometricInterpretation  1H @278928  MINISBLACK\n",
      "FillOrder: TiffTag 266 FillOrder  1H @278928  MSB2LSB\n",
      "StripOffsets: TiffTag 273 StripOffsets  1I @278928  (16558,)\n",
      "Orientation: TiffTag 274 Orientation  1H @278928  TOPLEFT\n",
      "SamplesPerPixel: TiffTag 277 SamplesPerPixel  1H @278928  1\n",
      "RowsPerStrip: TiffTag 278 RowsPerStrip  1H @278928  512\n",
      "StripByteCounts: TiffTag 279 StripByteCounts  1I @278928  (262144,)\n",
      "XResolution: TiffTag 282 XResolution  2I @278924  (1073741824, 1073741824)\n",
      "YResolution: TiffTag 283 YResolution  2I @278932  (1073741824, 1073741824)\n",
      "PlanarConfiguration: TiffTag 284 PlanarConfiguration  1H @278948  CONTIG\n",
      "ResolutionUnit: TiffTag 296 ResolutionUnit  1H @278948  NONE\n",
      "Software: TiffTag 305 Software  29s @278940  National Instruments IMAQ\n",
      "ImageID: TiffTag 32781 ImageID  16550B @8  00 00 00 02 00 00 00 0a 00 00 00 08 41 6e 61 \n",
      "ImageDescription: TiffTag 270 ImageDescription  47s @278969  BoundingBox 0 26.102362 0 52.307087 \n"
     ]
    }
   ],
   "source": [
    "for t in tags:\n",
    "    print(f\"{t}: {tags[t]}\")"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    " Turns out that the __str__() of the tag doesn't show us the value of the tag, but a shortened summary of all fields "
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 13,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "'TiffTag 32781 ImageID  16550B @8  00 00 00 02 00 00 00 0a 00 00 00 08 41 6e 61 '"
      ]
     },
     "execution_count": 13,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "tags['ImageID'].__str__()"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "Need to look at the `.value` attribute instead:"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 17,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "32781"
      ]
     },
     "execution_count": 17,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "tags['ImageID'].code"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 18,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "b'\\x00\\x00\\x00\\x02\\x00\\x00\\x00\\n\\x00\\x00\\x00\\x08Analysis\\x00\\x00\\x00\\tCCDBinROI\\x00\\x00\\x00\\x07Channel\\x00\\x00\\x00\\rImagePosition\\x00\\x00\\x00\\tImgNumber\\x00\\x00\\x00\\x0cMaxMinCounts\\x00\\x00\\x00\\x0fPixValuePerVolt\\x00\\x00\\x00\\x1cScaledPixValuePerAbsPixValue\\x00\\x00\\x00\\x08Settings\\x00\\x00\\x00\\x07Version\\x00\\x00\\x00\\x90\\x7f\\xff\\xff\\xff\\xff\\xff\\xff\\xff\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00@H\\x1a\\x8f@\\x00\\x00\\x00@F\\xbd\\xd4@\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x008\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x03\\x01\\x00\\x00\\x03\\x81\\x00\\x00\\x05\\x00\\x00\\x00\\x04\\x80@\\x88\\x08\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00@\\x8c\\x08\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00@\\x94\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00@\\x92\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x05PMT G\\x00\\x00\\x00P\\xbc\\x9b\\xf0\\xb7g*\\x07\\xa4\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00@9\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00@A\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\xbc.\\x911\\xab\\xf0\\xb7g\\xbf\\x81\\x14OB\\xd2\\xaa\\xc5@\\x04\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00@\\x0c\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x010\\x00\\x00\\x00\\x0b1953 60 0 0\\x00\\x00\\x00\\x081.000000\\x00\\x00\\x00\\x081.000000\\x00\\x00>h\\x00\\x00\\x00w\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00M\\x00\\xf1\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x1dHHMI - Waveform Type enum.ctl\\x00\\'@\\x16\\x00\\x02\\x06Linear\\nSinusoidal\\x00\\x08Waveform\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14 Waveform : Waveform\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x05\\x00\\x11@\\n\\x00\\x0bOffset (um)\\x00\\x15@\\n\\x00\\x0fPixel Size (um)\\x00\\r@\\x06\\x00\\x06Pixels\\x00\\x00>\\x00\\xf1\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01#HHMI - Pixel Parameters cluster.ctl\\x00\\x12@P\\x00\\x03\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x02\\x01X\\x00\\x0e@@\\x00\\x01\\xff\\xff\\xff\\xff\\x00\\x03\\x01X\\x00\\x01\\x00\\x04\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00?\\xb9\\x99\\x99\\x99\\x99\\x99\\x9a\\x00\\xc9\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\r Waveform : X\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x05\\x00\\x11@\\n\\x00\\x0bOffset (um)\\x00\\x15@\\n\\x00\\x0fPixel Size (um)\\x00\\r@\\x06\\x00\\x06Pixels\\x00\\x00D\\x00\\xf1\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01#HHMI - Pixel Parameters cluster.ctl\\x00\\x18@P\\x00\\x03\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x02\\x06Xwvfrm\\x00\\x00\\x0e@@\\x00\\x01\\xff\\xff\\xff\\xff\\x00\\x03\\x01Z\\x00\\x01\\x00\\x04\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\xbf\\xb1\\x11\\x11\\x11\\x11\\x11\\x11\\x00L\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\r Waveform : Z\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x12@!\\rBidirectional\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x19 Waveform : Bidirectional\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x15@\\x06\\x00\\x0fGalvo Freq (Hz)\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x1b Waveform : Galvo Freq (Hz)\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x15@\\x06\\x00\\x0fUpdates / Pixel\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x1b Waveform : Updates / Pixel\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x1b@\\n\\x00\\x15Sine Overshoot Factor\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00! Waveform : Sine Overshoot Factor\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00!@\\x06\\x00\\x1aSlow axis Return Time (ms)\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00& Waveform : Slow axis Return Time (ms)\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x11@\\n\\x00\\nPixel / ms\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00@\\'t]\\xc5\\t\\xbe\\x13\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x16 Waveform : Pixel / ms\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x1f@\\n\\x00\\x19Fractional Smoothing Time\\x00\\x01\\x00\\x00?\\xa9\\x99\\x99\\x99\\x99\\x99\\x9a\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00% Waveform : Fractional Smoothing Time\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x1d@\\n\\x00\\x17Fractional Flyback Time\\x00\\x01\\x00\\x00?\\xb9\\x99\\x99\\x99\\x99\\x99\\x9a\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00# Waveform : Fractional Flyback Time\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x15@\\n\\x00\\x0fXZ Pos lag (us)\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x1b Waveform : XZ Pos lag 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Right\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\r@\\x07\\x00\\x06Bottom\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x04\\x80\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x1e Cam Settings : L ROI : Bottom\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0b@\\x07\\x00\\x04Left\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x1c Cam Settings : R ROI : Left\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\t@\\x07\\x00\\x03Top\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x03\\x81\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x1b Cam Settings : R ROI : Top\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0b@\\x07\\x00\\x05Right\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x05\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x1d Cam Settings : R ROI : Right\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\r@\\x07\\x00\\x06Bottom\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x04\\x80\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x1e Cam Settings : R ROI : Bottom\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0b@\\x07\\x00\\x04Left\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x03\\x01\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x1e Cam Settings : FOV ROI : Left\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\t@\\x07\\x00\\x03Top\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x03\\x81\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x1d Cam Settings : FOV ROI : Top\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0b@\\x07\\x00\\x05Right\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x05\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x1f Cam Settings : FOV ROI : Right\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\r@\\x07\\x00\\x06Bottom\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x04\\x80\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00  Cam Settings : FOV ROI : Bottom\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0f@\\x03\\x00\\t# of Imgs\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00Y\\x10\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x19 Cam Settings : # of Imgs\\x00\\x00\\x00\\x00\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x06\\x00\\x0b@\\n\\x00\\x04Left\\x00\\x00\\t@\\n\\x00\\x03Top\\x00\\x0b@\\n\\x00\\x05Right\\x00\\r@\\n\\x00\\x06Bottom\\x00\\x00K\\x00\\xf1\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01(L-T-R-B DBL cluster -system numerics.ctl\\x00\\x1a@P\\x00\\x04\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x02\\x00\\x03\\x06Pixels\\x00\\x00\\x14@@\\x00\\x01\\xff\\xff\\xff\\xff\\x00\\x04\\x07subROIs\\x00\\x01\\x00\\x05\\x00\\x00\\x00\\x01@\\x88\\x08\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00@\\x8c\\x08\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00@\\x94\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00@\\x92\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x04Name\\x14\\x00\\x80\\x00\\x00\\x00\\x00\\x01\\x00\\x0e@0\\xff\\xff\\xff\\xff\\x05Label\\x00\\x01\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x17 Cam Settings : subROIs\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x00\\x009v 4.02893.0012 Built on : 3/21/2016 12:20:26 PM, rev 2893'"
      ]
     },
     "execution_count": 18,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "tags['ImageID'].value"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 16,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "512"
      ]
     },
     "execution_count": 16,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "lls.pages.pages[0].imagelength"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 17,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "256"
      ]
     },
     "execution_count": 17,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "lls.pages.pages[0].imagewidth"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 18,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "1"
      ]
     },
     "execution_count": 18,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "lls.pages.pages[0].imagedepth"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 21,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "(76, 512, 256)"
      ]
     },
     "execution_count": 21,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "lls.asarray().shape"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "# ImageJ metadata\n",
    "\n",
    "The information below was posted to Chris Gohlke on this thread\n",
    "https://forum.image.sc/t/python-copy-all-metadata-from-one-multipage-tif-to-another/26597/8\n",
    "\n",
    "I'm copying it here for my own reference.\n",
    "\n",
    "\n",
    "Quote:\n",
    "Reading selected metadata from an existing file and creating an ImageJ hyperstack compatible file from scratch using that metadata is possible with tifffile but some knowledge of the undocumented ImageJ hyperstack format is required.\n",
    "\n",
    "For example, using the confocal-series.tif file from the Fiji samples:"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 1,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "ename": "ImportError",
     "evalue": "cannot import name 'imwrite'",
     "output_type": "error",
     "traceback": [
      "\u001b[1;31m--------------------------------------------------------------------------\u001b[0m",
      "\u001b[1;31mImportError\u001b[0m                              Traceback (most recent call last)",
      "\u001b[1;32m<ipython-input-1-9b3b3b1d0fcd>\u001b[0m in \u001b[0;36m<module>\u001b[1;34m\u001b[0m\n\u001b[1;32m----> 1\u001b[1;33m \u001b[1;32mfrom\u001b[0m \u001b[0mtifffile\u001b[0m \u001b[1;32mimport\u001b[0m \u001b[0mTiffFile\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0mimwrite\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[0;32m      2\u001b[0m \u001b[1;32mfrom\u001b[0m \u001b[0mtifffile\u001b[0m\u001b[1;33m.\u001b[0m\u001b[0mtifffile\u001b[0m \u001b[1;32mimport\u001b[0m \u001b[0mimagej_description_metadata\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0mtranspose_axes\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m      3\u001b[0m \u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m      4\u001b[0m \u001b[1;32mwith\u001b[0m \u001b[0mTiffFile\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[1;34m'confocal-series.tif'\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m \u001b[1;32mas\u001b[0m \u001b[0mtif\u001b[0m\u001b[1;33m:\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m      5\u001b[0m     \u001b[1;32massert\u001b[0m \u001b[0mtif\u001b[0m\u001b[1;33m.\u001b[0m\u001b[0mis_imagej\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n",
      "\u001b[1;31mImportError\u001b[0m: cannot import name 'imwrite'"
     ]
    }
   ],
   "source": [
    "from tifffile import TiffFile, imwrite\n",
    "from tifffile.tifffile import imagej_description_metadata, transpose_axes\n",
    "\n",
    "with TiffFile('confocal-series.tif') as tif:\n",
    "    assert tif.is_imagej\n",
    "    # print detailed information about the file\n",
    "    print(tif.__str__(detail=2))\n",
    "    # get image resolution from TIFF tags\n",
    "    tags = tif.pages[0].tags\n",
    "    x_resolution = tags['XResolution'].value\n",
    "    y_resolution = tags['YResolution'].value\n",
    "    resolution_unit = tags['ResolutionUnit'].value\n",
    "    # parse ImageJ metadata from the ImageDescription tag\n",
    "    ij_description = tags['ImageDescription'].value\n",
    "    ij_description_metadata = imagej_description_metadata(ij_description)\n",
    "    # get ImageJ app metadata\n",
    "    ij_metadata = tags['IJMetadata'].value\n",
    "    # read the whole image stack and get the axes order\n",
    "    series = tif.series[0]\n",
    "    ij_hyperstack = series.asarray()\n",
    "    ij_hyperstack_axes = series.axes\n",
    "\n",
    "# process ij_hyperstack array; make sure not to change the array type or shape\n",
    "..."
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    " Beware that tifffile writes little-endian TIFF files by default while ImageJ writes big-endian.\n",
    " \n",
    "      \n",
    "\n",
    "It is possible to create a TIFF file of individual 2D images, but that will not create an ImageJ hyperstack compatible file:"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "with tifffile.TiffWriter('file.tiff') as tif:\n",
    "    for image in image_stack:\n",
    "       tif.save(image, contiguous=False, **other_parameters)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "markdown",
   "metadata": {},
   "source": [
    "# tif file from save individual file during NIS Elements Scan Large Area"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 3,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "tile  = tifffile.TiffFile(\"/home/hilsenst/Desktop/tile_x001_y007.tif\")"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 4,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "tile.epics_metadata"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 5,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "tile.imagej_metadata"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 6,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "tile.metaseries_metadata"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 7,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "[<tifffile.tifffile.TiffPageSeries at 0x7fe3d4933a50>]"
      ]
     },
     "execution_count": 7,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "tile.series"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 13,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "tags = tile.pages.pages[0].tags"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 14,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
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    "## Tif file from NIS Elements. Results of Job script exported with `export nd2 to tif`\n"
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      "TiffTag 256 ImageWidth @8494326 SHORT @8494334 2044\n",
      "TiffTag 257 ImageLength @8494338 SHORT @8494346 2060\n",
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      "TiffTag 270 ImageDescription @8494398 ASCII[5064] @8567372 <?xml version=\"1.0\" \n",
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      "TiffTag 65332 @8494578 BYTE[5252] @8562120 02 00 00 00 0c 00 00 00 41 00 70 00 \n",
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       "[None,\n",
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    "[print(t) for t in tags]"
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       "'<?xml version=\"1.0\" encoding=\"UTF-8\"?>\\r\\n<OME xmlns=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2015-01\" xmlns:xsi=\"http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance\" xsi:schemaLocation=\"http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2015-01 http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2015-01/ome.xsd\">\\r\\n   <Experimenter ID=\"Experimenter:0\" Institution=\"\" LastName=\"\"/>\\r\\n   <Instrument ID=\"Instrument:0\">\\r\\n      <!--this instrument tag is add because of backward compatibility with NIS elements 4.30-->\\r\\n      <LightSource ID=\"LightSource:0\">\\r\\n         <Laser/>\\r\\n      </LightSource>\\r\\n      <Objective CalibratedMagnification=\"1.000000\" ID=\"Objective:0\" LensNA=\"0.450000\" NominalMagnification=\"1\"/>\\r\\n   </Instrument>\\r\\n   <Instrument ID=\"Instrument:1\">\\r\\n      <Microscope Model=\"Ti Microscope\"/>\\r\\n      <Detector ID=\"Detector:0\"/>\\r\\n      <Objective Correction=\"PlanApo\" ID=\"Objective:1\" LensNA=\"0.450000\" Model=\"Plan Apo ? 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       "odict_keys(['OME'])"
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    "import xmltodict\n",
    "nd2tiff_dict = xmltodict.parse(nd2totiff.ome_metadata)\n",
    "nd2tiff_dict.keys()"
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       "OrderedDict([('@DimensionOrder', 'XYCZT'),\n",
       "             ('@ID', 'Pixels:0'),\n",
       "             ('@PhysicalSizeX', '0.644888'),\n",
       "             ('@PhysicalSizeY', '0.644888'),\n",
       "             ('@SizeC', '1'),\n",
       "             ('@SizeT', '1'),\n",
       "             ('@SizeX', '2044'),\n",
       "             ('@SizeY', '2060'),\n",
       "             ('@SizeZ', '1'),\n",
       "             ('@Type', 'uint16'),\n",
       "             ('Channel',\n",
       "              OrderedDict([('@AcquisitionMode', 'WideField'),\n",
       "                           ('@Color', '16777215'),\n",
       "                           ('@EmissionWavelength', '525'),\n",
       "                           ('@ID', 'Channel:0'),\n",
       "                           ('@Name', 'Mono'),\n",
       "                           ('@PinholeSize', '-1.000000'),\n",
       "                           ('DetectorSettings',\n",
       "                            OrderedDict([('@Binning', '1x1'),\n",
       "                                         ('@ID', 'Detector:0')]))])),\n",
       "             ('TiffData', None),\n",
       "             ('Plane',\n",
       "              OrderedDict([('@DeltaT', '25400.320313'),\n",
       "                           ('@ExposureTime', '40.000000'),\n",
       "                           ('@PositionX', '22475.347656'),\n",
       "                           ('@PositionY', '3288.442383'),\n",
       "                           ('@PositionZ', '1671.724976'),\n",
       "                           ('@TheC', '0'),\n",
       "                           ('@TheT', '0'),\n",
       "                           ('@TheZ', '0')]))])"
      ]
     },
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   "source": [
    "nd2tiff_dict['OME']['Image']['Pixels']"
   ]
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  }
 ],
 "metadata": {
  "kernelspec": {
   "display_name": "Python 3",
   "language": "python",
   "name": "python3"
  },
  "language_info": {
   "codemirror_mode": {
    "name": "ipython",
    "version": 3
   },
   "file_extension": ".py",
   "mimetype": "text/x-python",
   "name": "python",
   "nbconvert_exporter": "python",
   "pygments_lexer": "ipython3",
   "version": "3.7.9"
  }
 },
 "nbformat": 4,
 "nbformat_minor": 2
}