LocalHERA

Local Highly Efficient Repeat Assembly

项目介绍

将HERA流程拆分，并使用R重写了本地运行流程脚本。

HERA项目源地址：https://github.com/liangclab/HERA

如果使用本流程请引用HERA原文：

Du, H., & Liang, C. (2019). Assembly of chromosome-scale contigs by efficiently resolving repetitive sequences with long reads. Nature communications, 10(1), 1-10.

本人邮箱：whzhang@webmail.hzau.edu.cn

本人QQ：97578011

本人的小疑问

• 没有光谱和Hi-C，CANU+HERA的结果可以拿来基于现有参考基因组去scaffolding吗？
• HERA的结果是否必须结合Bionano和Hi-C才有效？
• 本人才疏学浅，希望能交流共同提升，从结果来看，HERA非常让人欣喜！

使用方法

首先把我整理好的脚本克隆一波

git clone https://github.com/Weihankk/LocalHERA.git
cd LocalHERA
chmod 755 *

• 本项目仅对HERA源代码有一处改动： 把21-Daligner_New.pl的第100行注释掉了，不让其自动提交pbs脚本
• 本项目额外增加了共20个脚本，其中19个LocalHERA*.R, 1个Final_Formating.sh
• 注意查看这些R脚本中的bwa路径，修改成自己服务器对应的路径

克隆好之后，拿HERA自带的测试数据进行测试

vi LocalHERA_Parameters.R

• 请自行修改工作目录，以及数据、工具路径

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假设你修改好了，那就开始运行，开车！:car::taxi::articulated_lorry::police_car::minibus::truck::ambulance:

• 第1步：注意检查脚本中BWA路径，因为我服务器中的bwa版本比较新，HERA使用的是bwa-0.7.10，需要用到-e参数，BWA近几年的版本取消了这个参数，所以需要各位自行下载bwa-0.7.10版本。

Rscript LocalHERA_Run1.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第2步：在上一步中将某个文件拆分成了100个fasta，在这一步需要进行100次比对，由于用的是bwa去比对长序列，速度十分慢，即使给了多线程也依然提不起速度，计算资源占用达不到预期，因此可以根据自己计算资源酌情多提交些。

Rscript LocalHERA_Run2.R LocalHERA_Parameters.R 1 10   #提交第1-10个任务,
Rscript LocalHERA_Run2.R LocalHERA_Parameters.R 11 30   #提交第21-30个任务

………………

Rscript LocalHERA_Run2.R LocalHERA_Parameters.R 1 100   #也可以这样直接把100个任务全提交

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可，注意检查是否所有任务都运行结束了，个别任务运行速度极慢。

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• 第3步：

Rscript LocalHERA_Run3.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第4步：对一些文件建bwa索引。

Rscript LocalHERA_Run4.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可，注意检查是否所有任务都运行结束了，个别任务运行速度极慢。

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• 第5步：相互比对，此步骤极慢，巨慢，炒鸡慢。

Rscript LocalHERA_Run5.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可，注意检查是否所有任务都运行结束了，个别任务运行速度极慢。

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• 第6步：比对后的文件处理。

Rscript LocalHERA_Run6.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可，注意检查是否所有任务都运行结束了。

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• 第7步：依然是比对后的文件处理。

Rscript LocalHERA_Run7.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可，注意检查是否所有任务都运行结束了。

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• 第8步：

Rscript LocalHERA_Run8.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第9步： 开始Daligner步骤，此处我将集群任务提交分解成了本地循环提交，按步运行即可。

Rscript LocalHERA_Run9.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第10步： 依然是Daligner。

Rscript LocalHERA_Run10.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第11步： 还是Daligner。

Rscript LocalHERA_Run11.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第12步： 又是Daligner。

Rscript LocalHERA_Run12.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第13步：又又是Daligner，此步可以修改daligner的线程数，默认一次提交5个任务，每个任务8个线程，可以将线程数提高。

Rscript LocalHERA_Run13.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第14步： 又又又是Daligner。

Rscript LocalHERA_Run14.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第15步： 又又又又又是Daligner。

Rscript LocalHERA_Run15.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第16步： 又又又又又又是Daligner。

Rscript LocalHERA_Run16.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第17步： 最后一步Daligner。

Rscript LocalHERA_Run17.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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• 第18步： 结束。

Rscript LocalHERA_Run18.R LocalHERA_Parameters.R

• 其他无特殊交代，正常运行结束即可。

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