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ainieli/UCAS_retina_seg

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执行顺序

  1. 确定数据集是DRIVE还是CHASEDB1,对不同文件的init_xxx()进行选择

  2. 设定数据划分(DRIVE 40张/CHASEDB1 28张分为训练集,验证集和测试集),并运行UNet_preprocess.py

  3. 在代码里面修改注释项来选择模型是UNet还是UNet++

  4. 在代码里面修改注释项来选择模型是否使用数据增强

  5. 运行代码UNet_train.py(合理修改训练参数,如epochs/weight decay/learning rate)

    ps:目前没有加上学习率调整schedule,可后续补上

  6. 运行代码UNet_predict.py,获取验证结果

    ps:目前的metrics只设置了Dice系数

PS

  1. 当前的验证集和测试集是从所有测试数据中划分得到的,最终写报告的时候的指标应该是所有测试图像的测试结果

  2. 目前的代码不够精简,读文件部分偷懒了沿用的以前的菜鸡代码_(:з」∠)_,导致出现了多个文件复制副本,且对文件名、路径名相当敏感;且继续偷懒使用global变量对某些值进行定义可能在不知名的地方出一些bug,欢迎修改(^o^)/~

  3. UNet++代码逻辑(训练与测试)是否通顺未进行测试,欢迎测试

  4. CHASEDB1测试逻辑是否通顺未进行测试,欢迎测试

  5. 测试前先修改pre_process里面的测试数据量。。

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homework for UCSA 2021 retina seg

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