Projeto OO - Refatoração
Refatore as classes utilizadas de seu projeto para que as mesmas trabalhem com namespaces.
Verifique se dentro de seu projeto há a necessidade de se trabalhar com classes abstratas.
Não se esqueça de criar a estrutura de diretórios, nome de arquivos e classes seguindo a PSR-0 (www.php-fig.org).
Faça a implementação do autoload para que você não precise mais trabalhar com require/include para a chamada de suas classes.
Deixe todo o fonte de sua aplicação no mesmo nível que o DocumentRoot do servidor web. Deixe a pasta que está visível para web (seu DocumentRoot) apenas com o index.php e os demais assets(css, javascript e imagens).