Es una aplicación que permite la indexación centralizada de la metadata de los resultados de laboratorios, permitiendo ubicar el origen y flujo de los diversos análisis así como facilitar su visualización y comparación. Provee servicios REST para el registro de los datos, así como la consulta de atenciones por DOC_ID y/o nombre del paciente, la misma que es entregada en formato json.
Es un framework del estándar HL7 para una rápida integración de sistemas clínicos, para mayores referencias digirse a FIHR
Es un estándar internacional para clasificar las observaciones clínicas en medicina, para mayores referencias dirigirse a LOINC
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Núcleo
- Python 2.7 o superior
- MongoDB 3.0 o superior
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Librerías Python
- Tornado Web Server 4.5 o superior
- PyMongo 3.5 o superior
El motor de persistencia empleado para este micro servicio es MongoDB, por lo tanto las estructuras de datos son no relacionales. El diseño de la aplicación permite mejorar la estructura de datos cambiando simplemente el formato de entrada (revisar Formato JSON para Insert), la misma que es recibida por el indexador y enviada directamente al motor MongoDB (sin modificar su contenido). Adicionalmente, para proveer una búsqueda rápida de datos, el indexador define a su inicio los índices que debe emplear la base de datos, los mismos que son establecidos en config.json.
imaging_heading -> Directorio Raiz
server.py -> Servicio
requirements.txt -> Archivo dependencias Python
README.md -> Este documento (Guia uso / desarrollador)
config.json -> Archivo de configuración
static -> Directorio de archivos estáticos
templates -> Directorio de plantillas html según URL
tests -> Directorio con pruebas de la aplicación
get_data.py -> Prueba funcional de conexión con server
lab_v1.json -> Archivo json ejemplo con metadata de estudio basado en Fire
extras -> Directorio con archivos adicionales importantes
lis.service -> servicio listo para copiar en /etc/systemd/system
lis_routes.log -> Log generado automáticamente por el servicio, no es versionable
git clone https://alfonsodg@bitbucket.org/controlradiologico/lisrepo.git
virtualenv venv
source venv/bin/activate
pip install -r requirements.txt
python server.py
http://localhost:8888/** (cambiar el localhost por el ip correspondiente)
Se ha incluído un servicio en extras/lis.service
/etc/systemd/system/lis.service
[Unit]
Description = Imaging Service
After = network.target
[Service]
WorkingDirectory = /srv/lisrepo
ExecStart = /srv/lisrepo/server.py
[Install]
WantedBy = multi-user.target
Una vez creado el archivo activar el servicio de inmediato y al inicio
systemctl start lis.service
systemctl enable lis.service
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/api/v1/register
Inserta data json de atención (el formato ejemplo está contenido dentro de tests/lab_v1.json o revisar titulo Formato JSON para INSERT (POST))
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/api/v1/work_order/(CODIGO)
Busca y devuelve resultado por código de orden de laboratorio
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/api/v1/patient/(DOC_ID)
Busca y devuelve resultados por DOC_ID
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/api/v1/patient_alternate/(DOC_ID)
Busca y devuelve resultados por código BDUP o algún código definido en subject.reference_alternate del archivo json original
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/api/v1/provider/(DOC_ID)
Busca y devuelve resultados por DOC_ID de proveedor
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{'status':'Error'}
Error en los parámetros de consulta del webservice, revisar los mismos
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{'status': 'Ok'}
Dato recibido y guardado (solo para POST)
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[{ {metadata} }]
Conjunto (lista) de datos resultantes de la consulta y cuya estructura es igual al formato de insert json más {'_id':CODIGO UNICO}
Para poder llamar a las peticiones se requiere que en la cabecera se incluya X-Api-Key con la llave proporcionada por el área pertinente. Las llaves de seguridad deben ser escritas dentro del archivo config.json
{'X-Api-Key' : '5954032458e83fc75abf23afd1c01ce3'}
No olvidar que en la cabecera se debe agregar X-Api-Key con la llave correspondiente
- http://localhost:8888/api/v1/work_oder/1234
- http://localhost:8888/api/v1/patient/26267267-K
- http://localhost:8888/api/v1/patient_alternate/272827873AA
- http://localhost:8888/api/v1/provider/123456-1
curl -d "@lab_v1.json" -H "Content-Type: application/json" -H "X-Api-Key:5954032458e83fc75abf23afd1c01ce3" -X POST http://IP:8888/api/v1/result
Debido a la complejidad del mismo, el formato debe definirse en documento previo generado por las áreas competentes considerando FIHR como estándar de interoperabilidad. El documento desarrollado debe incluir los nomencladores respectivos para los analitos siguiendo LOINC. Ejemplo:
{
"resourceType": "Observation",
"id": "5284-lab",
"meta": {
"versionId": "1",
"lastUpdated": "2017-09-22T15:29:57.327+00:00"
},
"text": {
"status": "generated",
"div": "<div>2005-07-05: Creat SerPl-mCnc = 1 mg/dL</div>"
},
"status": "final",
"category": {
"coding": [
{
"system": "http://hl7.org/fhir/observation-category",
"code": "laboratory",
"display": "Laboratorio"
}
],
"text": "Laboratorio"
},
"code": {
"coding": [
{
"system": "http://loinc.org",
"code": "2160-0",
"display": "Creat SerPl-mCnc"
},
{
"system": "maestroDePrestaciones",
"id_kp": "5284",
"display": "CREATININA EN SANGRE"
}
],
"text": "Creat SerPl-mCnc"
},
"subject": {
"reference": "Patient/142552",
"reference_alternate": "3738883-5",
"name": ""
},
"effectiveDateTime": "2005-07-05",
"valueQuantity": {
"value": 1.0,
"unit": "mg/dL",
"system": "http://unitsofmeasure.org",
"observation": ""
},
"referenceRange": [
{
"low": {
"value": 0.2,
"unit": "mg/dL",
"system": "http://unitsofmeasure.org",
"code": "mg/dL"
},
"high": {
"value": 0.6,
"unit": "mg/dL",
"system": "http://unitsofmeasure.org",
"code": "mg/dL"
},
"meaning": {
"coding": [
{
"system": "http://hl7.org/fhir/referencerange-meaning",
"code": "normal",
"display": "Rango Normal"
}
],
"text": "Rango Normal"
}
}
],
"requestDetail": {
"requestNumber": "77783",
"requestDatetime": "2017-01-01 21:00:00",
"requestReferrer": "2627727-3",
"providerId": "11111-8"
},
"reportDetail": {
"reportNumber": "77783",
"areaLaboratory": "1",
"equipmentId": "23",
"processDatetime": "2017-01-01 22:00:00",
"validationDatetime": "2017-01-01 23:00:00",
"reportSigner": "15260200-6",
"providerId": "11111-8"
}
}
Es el mismo que para INSERT en un arreglo (lista) de los mismos más el campo: {'_id':NUMERO AUTOGENERADO} en cada atención
[
{RESULTADO 1},
{RESULTADO 2}.
...
]
Está contenido dentro del archivo config.json
{
"database": { -> Información BD mongo
"host": "IP o nombre del servidor",
"port": "Puerto",
"user": "Nombre de usuario",
"password": "Clave de usuario",
"name": "Nombre de las base de datos"
},
"indexes": { -> Indices a crear según estructura JSON)
"id": true,
"subject.reference": true,
"subject.reference_alternate": true,
"reportDetail.reportNumber": true,
"reportNumber.providerId": true
},
"application": { -> Puerto de la aplicación
"port": 8888
},
"keys": [ -> Llaves de autentificación
"5954032458e83fc75abf23afd1c01ce1",
"5954032458e83fc75abf23afd1c01ce2"
],
"log_file_base": "lisrepo.log" --> Nombre base de log para rotar
}
Este software es entregado bajo licencia GPL v3, excepto en las librerías que no sean compatibles con esta licencia. Revisar el archivo **gplv3.md ** para los detalles y alcances del mismo