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ImportError on Ubuntu 18.04 #2213

Closed
cpiscos opened this issue Jul 4, 2018 · 32 comments
Closed

ImportError on Ubuntu 18.04 #2213

cpiscos opened this issue Jul 4, 2018 · 32 comments

Comments

@cpiscos
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cpiscos commented Jul 4, 2018

I installed pyarrow from conda-forge and I'm getting this error on import:

>>> import pyarrow
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/chris/miniconda3/envs/ai/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/__init__.py", line 47, in <module>
    from pyarrow.lib import cpu_count, set_cpu_count
ImportError: /home/chris/miniconda3/envs/ai/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/../../../libparquet.so.1: undefined symbol: _ZNK5boost16re_detail_10650131cpp_regex_traits_implementationIcE9transformEPKcS4_
@kszucs
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Member

kszucs commented Jul 4, 2018

@xhochy
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Member

xhochy commented Jul 4, 2018

This should be fixed now, please try to reinstall arrow-cpp, parquet-cpp and pyarrow from conda-forge.

@cpiscos
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Author

cpiscos commented Jul 4, 2018

Can confirmed it's fixed. Thank you!

@xhochy xhochy closed this as completed Jul 4, 2018
@sephib
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sephib commented Sep 5, 2018

Hi,
I'm still having the same problem.
I'm working on dask_yarn and need to read hdfs files. I have installed arrow-cpp 0.10.0 and parquet-cpp 1.5.0.pre, but when I try to import pyarrow I get the following error:

> ---------------------------------------------------------------------------
> ImportError                               Traceback (most recent call last)
> <ipython-input-2-852643f3aad4> in <module>()
> ----> 1 import pyarrow as pa
> 
> ~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/__init__.py in <module>()
>      58 
>      59 
> ---> 60 from pyarrow.lib import cpu_count, set_cpu_count
>      61 from pyarrow.lib import (null, bool_,
>      62                          int8, int16, int32, int64,
> 
> ImportError: /home/fcuser/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/../../../libparquet.so.1: undefined symbol: _ZN5boost13match_resultsIN9__gnu_cxx17__normal_iteratorIPKcSsEESaINS_9sub_matchIS5_EEEE12maybe_assignERKS9_
> 

I reinstalled the the packages put I'm still getting the same error
conda install --offline -f arrow-cpp-0.10.0-py36h70250a7_0.tar.bz2 parquet-cpp-1.5.0.pre-h83d4a3d_0.tar.bz2

Any suggestions?

@xhochy
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Member

xhochy commented Sep 5, 2018

@sephib As in the comment above, it seems that you have installed boost from defaults but pyarrow from conda-forge. Please either install all these packages from defaults or all from conda-forge. Due to one not yet having done the compiler migration, they're incompatible.

@sephib
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sephib commented Sep 6, 2018

Hi,
Thank you very much for your reply and solution
I updated all the packages to be from conda-forge and it workes now.
Thx

@rstuckey
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This is really frustrating. I'm getting the same error as @cpiscos , but cannot reinstall libboost from conda-forge (does it even exist on that channel?).

(testenv) $ conda install --channel conda-forge boost boost-cpp libboost pyarrow
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /opt/anaconda3/envs/testenv

  added / updated specs: 
    - boost
    - boost-cpp
    - libboost
    - pyarrow


The following NEW packages will be INSTALLED:

    arrow-cpp: 0.11.0-py36hccec0d8_0 conda-forge
    boost:     1.67.0-py36h3e44d54_0 conda-forge
    boost-cpp: 1.67.0-h3a22d5f_0     conda-forge
    libboost:  1.67.0-h46d08c1_4     defaults   
    pyarrow:   0.11.0-py36hfc679d8_0 conda-forge

Installing all but libboost results in the following error:

(testenv) $ python
Python 3.6.6 | packaged by conda-forge | (default, Oct 12 2018, 14:08:43) 
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pyarrow
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/opt/anaconda3/envs/testenv/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/__init__.py", line 54, in <module>
    from pyarrow.lib import cpu_count, set_cpu_count
ImportError: libboost_system.so.1.67.0: cannot open shared object file: No such file or directory
>>> 

Any advice would be appreciated.

@wesm
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Member

wesm commented Oct 19, 2018

Can you remove libboost? Having that and boost-cpp is going to cause you these problems

@rstuckey
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Hi @wesm, I tried that, but got the error above regarding libboost_system.so.1.67.0 in my test environment. Based on the error, I was under the mistaken impression that libboost was required. What did work was using the --override-channels flag, as well as omitting libboost, to restrict the channels to conda-forge (despite not having defaults in my .condarc). Thanks for your help :)

@rstuckey
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Argh. No, I spoke too soon: I still can't create the full environment (minus libboost) without getting the error. Here's the complete log:

$ /opt/anaconda3/bin/conda create --name testenv --channel bokeh --channel conda-forge \
--channel ioam --no-default-packages --override-channels python=3.6 arrow-cpp basemap \
basemap-data-hires beautifulsoup4 bitarray blaze bokeh boost bzip2 cairo cartopy cython \
dask datashader distributed fastparquet findspark flask geopy geos geoviews graphviz \
h5py hdf5 hdfs3 holoviews impyla ipython ipykernel ipywidgets jupyter jupyterhub lmfit \
matplotlib nbconvert netcdf4 nltk nose notebook numba numexpr numpy openpyxl pandas \
pathos pep8 pillow pip proj4 protobuf pyarrow pymc3 pyproj pyqt pyspark pytables pytest \
python-snappy pyyaml qt requests scikit-image scikit-learn scipy seaborn setuptools six \
sphinx spyder sqlalchemy sqlalchemy-utils statsmodels sudospawner sympy thriftpy tornado \
tqdm widgetsnbextension xarray zeromq
Solving environment: - done

## Package Plan ##

  environment location: /opt/anaconda3/envs/testenv

  added / updated specs: 
    - arrow-cpp
    - basemap
    - basemap-data-hires
    - beautifulsoup4
    - bitarray
    - blaze
    - bokeh
    - boost
    - bzip2
    - cairo
    - cartopy
    - cython
    - dask
    - datashader
    - distributed
    - fastparquet
    - findspark
    - flask
    - geopy
    - geos
    - geoviews
    - graphviz
    - h5py
    - hdf5
    - hdfs3
    - holoviews
    - impyla
    - ipykernel
    - ipython
    - ipywidgets
    - jupyter
    - jupyterhub
    - lmfit
    - matplotlib
    - nbconvert
    - netcdf4
    - nltk
    - nose
    - notebook
    - numba
    - numexpr
    - numpy
    - openpyxl
    - pandas
    - pathos
    - pep8
    - pillow
    - pip
    - proj4
    - protobuf
    - pyarrow
    - pymc3
    - pyproj
    - pyqt
    - pyspark
    - pytables
    - pytest
    - python-snappy
    - python=3.6
    - pyyaml
    - qt
    - requests
    - scikit-image
    - scikit-learn
    - scipy
    - seaborn
    - setuptools
    - six
    - sphinx
    - spyder
    - sqlalchemy
    - sqlalchemy-utils
    - statsmodels
    - sudospawner
    - sympy
    - thriftpy
    - tornado
    - tqdm
    - widgetsnbextension
    - xarray
    - zeromq


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    flask-1.0.2                |             py_2          66 KB  conda-forge
    pylint-2.1.1               |           py36_0         794 KB  conda-forge
    libgpg-error-1.32          |       hfc679d8_0         241 KB  conda-forge
    futures-compat-1.0         |            py3_0          313 B  conda-forge
    wrapt-1.10.11              |   py36h470a237_1          74 KB  conda-forge
    secretstorage-3.1.0        |        py36_1001          22 KB  conda-forge
    jsonschema-2.6.0           |        py36_1002          62 KB  conda-forge
    param-1.8.1                |             py_0          55 KB  conda-forge
    blas-1.1                   |         openblas           1 KB  conda-forge
    libssh2-1.8.0              |       h5b517e9_2         240 KB  conda-forge
    readline-7.0               |       haf1bffa_1         381 KB  conda-forge
    cloudpickle-0.6.1          |             py_0          16 KB  conda-forge
    geographiclib-1.49         |             py_0          32 KB  conda-forge
    h5py-2.8.0                 |   py36h7eb728f_3         3.7 MB  conda-forge
    flask-cors-3.0.6           |             py_0          13 KB  conda-forge
    pox-0.2.3                  |             py_1          18 KB  conda-forge
    beautifulsoup4-4.6.3       |        py36_1000         141 KB  conda-forge
    tk-8.6.8                   |       ha92aebf_0         3.1 MB  conda-forge
    bzip2-1.0.6                |       h470a237_2         310 KB  conda-forge
    jupyter_client-5.2.3       |             py_1          59 KB  conda-forge
    requests-2.19.1            |        py36_1001          95 KB  conda-forge
    numexpr-2.6.8              |   py36hf8a1672_0         424 KB  conda-forge
    statsmodels-0.9.0          |   py36h7eb728f_0        15.5 MB  conda-forge
    nltk-3.2.4                 |           py36_0         2.0 MB  conda-forge
    docutils-0.14              |        py36_1001         693 KB  conda-forge
    pillow-5.3.0               |   py36hc736899_0        1018 KB  conda-forge
    pymc3-3.5                  |           py36_0         1.3 MB  conda-forge
    tqdm-4.26.0                |             py_0          36 KB  conda-forge
    libstdcxx-ng-7.2.0         |       hdf63c60_3         2.5 MB  conda-forge
    blosc-1.14.4               |       hfc679d8_0         653 KB  conda-forge
    libtool-2.4.6              |       h470a237_2         517 KB  conda-forge
    libhdfs3-2.3               |                3         8.6 MB  conda-forge
    send2trash-1.5.0           |             py_0          12 KB  conda-forge
    xorg-libxt-1.1.5           |       h470a237_2         352 KB  conda-forge
    configurable-http-proxy-3.1.0|          node8_1         247 KB  conda-forge
    numpy-1.15.2               |py36_blas_openblashd3ea46f_1         9.3 MB  conda-forge
    simplegeneric-0.8.1        |             py_1           7 KB  conda-forge
    prometheus_client-0.4.2    |             py_0          32 KB  conda-forge
    fastcache-1.0.2            |   py36h470a237_1          48 KB  conda-forge
    pyzmq-17.1.2               |   py36hae99301_1         1.0 MB  conda-forge
    wcwidth-0.1.7              |             py_1          17 KB  conda-forge
    traitlets-4.3.2            |        py36_1000         131 KB  conda-forge
    ipywidgets-7.4.2           |             py_0          92 KB  conda-forge
    ipykernel-5.1.0            |     pyh24bf2e0_0          77 KB  conda-forge
    alabaster-0.7.12           |             py_0          15 KB  conda-forge
    libffi-3.2.1               |       hfc679d8_5          51 KB  conda-forge
    proj4-4.9.3                |       h470a237_8         3.2 MB  conda-forge
    lmfit-0.9.11               |     pyh24bf2e0_1          65 KB  conda-forge
    wheel-0.32.1               |           py36_0          34 KB  conda-forge
    python-dateutil-2.7.3      |             py_0         202 KB  conda-forge
    olefile-0.46               |             py_0          31 KB  conda-forge
    scipy-1.1.0                |py36_blas_openblash7943236_201        40.3 MB  conda-forge
    packaging-18.0             |             py_0          19 KB  conda-forge
    click-7.0                  |             py_0          61 KB  conda-forge
    dask-core-0.19.4           |             py_0         505 KB  conda-forge
    hdf5-1.10.2                |       hc401514_2         4.8 MB  conda-forge
    boost-1.66.0               |           py36_1         317 KB  conda-forge
    blaze-0.11.3               |           py36_0         603 KB  conda-forge
    xorg-libxpm-3.5.12         |       h470a237_2          56 KB  conda-forge
    defusedxml-0.5.0           |             py_1          20 KB  conda-forge
    asn1crypto-0.24.0          |        py36_1003         154 KB  conda-forge
    pywavelets-1.0.1           |   py36h7eb728f_0         6.1 MB  conda-forge
    matplotlib-base-3.0.0      |   py36hc039c98_2         9.4 MB  conda-forge
    cartopy-0.16.0             |   py36h81b52dc_2         2.3 MB  conda-forge
    libxml2-2.9.8              |       h422b904_5         1.8 MB  conda-forge
    python-3.6.6               |       h5001a0f_3        20.5 MB  conda-forge
    gmpy2-2.0.8                |   py36hb705a9b_2         624 KB  conda-forge
    patsy-0.5.0                |             py_1         184 KB  conda-forge
    more-itertools-4.3.0       |        py36_1000          83 KB  conda-forge
    ncurses-6.1                |       hfc679d8_1         1.2 MB  conda-forge
    distributed-1.23.3         |        py36_1000         812 KB  conda-forge
    libiconv-1.15              |       h470a237_3         2.0 MB  conda-forge
    xorg-libxdmcp-1.1.2        |       h470a237_7          17 KB  conda-forge
    sphinxcontrib-websupport-1.1.0|             py_1          20 KB  conda-forge
    entrypoints-0.2.3          |        py36_1002           9 KB  conda-forge
    pygpu-0.7.6                |   py36h7eb728f_0         1.4 MB  conda-forge
    pyspark-2.3.1              |        py36_1001       202.0 MB  conda-forge
    mpmath-1.0.0               |             py_1         430 KB  conda-forge
    partd-0.3.9                |             py_0          16 KB  conda-forge
    datashape-0.5.4            |           py36_0          98 KB  conda-forge
    setuptools-40.4.3          |           py36_0         554 KB  conda-forge
    libgcc-7.2.0               |       h69d50b8_2         304 KB  conda-forge
    pyparsing-2.2.2            |             py_0          51 KB  conda-forge
    tblib-1.3.2                |             py_1          11 KB  conda-forge
    pyproj-1.9.5.1             |   py36h508ed2a_5         134 KB  conda-forge
    pandoc-1.19.2              |                0        17.8 MB  conda-forge
    pyct-0.4.5                 |             py_0           2 KB  conda-forge
    notebook-5.7.0             |        py36_1000         7.3 MB  conda-forge
    hdfs3-0.3.0                |           py36_0          38 KB  conda-forge
    toolz-0.9.0                |             py_1          42 KB  conda-forge
    xorg-xextproto-7.3.0       |       h470a237_2          26 KB  conda-forge
    terminado-0.8.1            |        py36_1001          23 KB  conda-forge
    idna-2.7                   |        py36_1002         131 KB  conda-forge
    multiprocess-0.70.6.1      |        py36_1000         163 KB  conda-forge
    xorg-libice-1.0.9          |       h470a237_4          55 KB  conda-forge
    qtconsole-4.4.2            |             py_1          80 KB  conda-forge
    fontconfig-2.13.1          |       h65d0f4c_0         320 KB  conda-forge
    netcdf4-1.4.1              |   py36h62672b6_0         2.0 MB  conda-forge
    pyflakes-2.0.0             |             py_0          41 KB  conda-forge
    qt-5.6.2                   |       hf70d934_9        44.3 MB  conda-forge
    networkx-2.2               |             py_1         1.1 MB  conda-forge
    basemap-data-hires-1.2.0   |                0       105.4 MB  conda-forge
    expat-2.2.5                |       hfc679d8_2         144 KB  conda-forge
    libntlm-1.4                |       h470a237_1          31 KB  conda-forge
    libprotobuf-3.5.2          |       hd28b015_1         4.5 MB  conda-forge
    openpyxl-2.5.8             |             py_0         151 KB  conda-forge
    cycler-0.10.0              |             py_1           8 KB  conda-forge
    xarray-0.10.9              |           py36_0         775 KB  conda-forge
    cryptography-2.3.1         |   py36hdffb7b8_0         960 KB  conda-forge
    jdcal-1.4                  |             py_1           8 KB  conda-forge
    alembic-0.9.9              |             py_0         104 KB  conda-forge
    atomicwrites-1.2.1         |             py_0           9 KB  conda-forge
    llvmlite-0.25.0            |   py36hd28b015_1        10.3 MB  conda-forge
    pyyaml-3.13                |   py36h470a237_1         460 KB  conda-forge
    cffi-1.11.5                |   py36h5e8e0c9_1         404 KB  conda-forge
    decorator-4.3.0            |             py_0          10 KB  conda-forge
    snappy-1.1.7               |       hfc679d8_2          35 KB  conda-forge
    pathos-0.2.1               |             py_2          40 KB  conda-forge
    mpfr-4.0.1                 |       h16a7912_0         602 KB  conda-forge
    pyepsg-0.3.2               |             py_1           9 KB  conda-forge
    pip-18.1                   |        py36_1000         1.8 MB  conda-forge
    scikit-learn-0.20.0        |py36_blas_openblasha84fab4_201        13.6 MB  conda-forge
    gettext-0.19.8.1           |       h5e8e0c9_1         3.5 MB  conda-forge
    zlib-1.2.11                |       h470a237_3          93 KB  conda-forge
    libtiff-4.0.9              |       he6b73bb_2         521 KB  conda-forge
    mccabe-0.6.1               |             py_1           8 KB  conda-forge
    xorg-libsm-1.2.3           |       h8c8a85c_0          24 KB  conda-forge
    parquet-cpp-1.4.0          |       h83d4a3d_1         1.3 MB  conda-forge
    pcre-8.41                  |       hfc679d8_3         243 KB  conda-forge
    glib-2.56.2                |       h464dc38_0         4.9 MB  conda-forge
    mistune-0.8.4              |   py36h470a237_0          53 KB  conda-forge
    ppft-1.6.4.7.1             |        py36_1000          35 KB  conda-forge
    basemap-1.2.0              |   py36h50ae964_0        15.4 MB  conda-forge
    sphinx-1.8.1               |        py36_1000         1.9 MB  conda-forge
    gmp-6.1.2                  |       hfc679d8_0         676 KB  conda-forge
    pysocks-1.6.8              |        py36_1002          22 KB  conda-forge
    ipython-7.0.1              |py36h24bf2e0_1000         1.1 MB  conda-forge
    sortedcontainers-2.0.5     |             py_0          24 KB  conda-forge
    heapdict-1.0.0             |        py36_1000           7 KB  conda-forge
    urllib3-1.23               |        py36_1001         152 KB  conda-forge
    numpydoc-0.8.0             |             py_1          21 KB  conda-forge
    bottleneck-1.2.1           |   py36h7eb728f_1         309 KB  conda-forge
    lzo-2.10                   |       h470a237_0         224 KB  conda-forge
    boost-cpp-1.66.0           |                1        18.8 MB  conda-forge
    libxslt-1.1.32             |       h88dbc4e_2         511 KB  conda-forge
    python-editor-1.0.3        |             py_0           8 KB  conda-forge
    typed-ast-1.1.0            |           py36_0         737 KB  conda-forge
    asteval-0.9.13             |     pyh24bf2e0_0          18 KB  conda-forge
    xorg-kbproto-1.0.7         |       h470a237_2          25 KB  conda-forge
    jedi-0.13.1                |        py36_1000         228 KB  conda-forge
    prompt_toolkit-2.0.6       |             py_0         218 KB  conda-forge
    protobuf-3.5.2             |   py36hd28b015_0         1.4 MB  conda-forge
    geos-3.6.2                 |       hfc679d8_3         3.2 MB  conda-forge
    qtawesome-0.5.1            |     pyh8a2030e_1         563 KB  conda-forge
    pep8-1.7.1                 |             py_0          30 KB  conda-forge
    mako-1.0.7                 |             py_1          57 KB  conda-forge
    theano-1.0.3               |           py36_0         3.7 MB  conda-forge
    libgcrypt-1.8.3            |       hfc679d8_0         577 KB  conda-forge
    msgpack-python-0.5.6       |   py36h2d50403_3         306 KB  conda-forge
    yaml-0.1.7                 |       h470a237_1          77 KB  conda-forge
    rope-0.10.7                |             py_1         113 KB  conda-forge
    cytoolz-0.9.0.1            |   py36h470a237_1         1.3 MB  conda-forge
    nose-1.3.7                 |        py36_1002         214 KB  conda-forge
    lazy-object-proxy-1.3.1    |   py36h470a237_0          56 KB  conda-forge
    spyder-kernels-0.2.6       |             py_1          37 KB  conda-forge
    attrs-18.2.0               |             py_0          30 KB  conda-forge
    dask-0.19.4                |             py_0           3 KB  conda-forge
    jeepney-0.4                |             py_0          19 KB  conda-forge
    kiwisolver-1.0.1           |   py36h2d50403_2         924 KB  conda-forge
    ca-certificates-2018.10.15 |       ha4d7672_0         135 KB  conda-forge
    odo-0.5.1                  |             py_1          86 KB  conda-forge
    scikit-image-0.14.1        |   py36hfc679d8_0        35.7 MB  conda-forge
    jinja2-2.10                |             py_1          89 KB  conda-forge
    geoviews-1.5.0             |             py_0         345 KB  conda-forge
    openblas-0.2.20            |                8        17.0 MB  conda-forge
    pixman-0.34.0              |       h470a237_3         1.2 MB  conda-forge
    libuuid-2.32.1             |       h470a237_2          24 KB  conda-forge
    openssl-1.0.2p             |       h470a237_1         3.1 MB  conda-forge
    lxml-4.2.5                 |   py36hc9114bc_0         6.0 MB  conda-forge
    pycparser-2.19             |             py_0          87 KB  conda-forge
    nbconvert-5.4.0            |                1         324 KB  conda-forge
    pandas-0.23.4              |   py36hf8a1672_0        27.8 MB  conda-forge
    cryptography-vectors-2.3.1 |        py36_1000        30.5 MB  conda-forge
    keyring-15.1.0             |           py36_0          44 KB  conda-forge
    pandocfilters-1.4.2        |             py_1           9 KB  conda-forge
    locket-0.2.0               |             py_2           6 KB  conda-forge
    markupsafe-1.0             |   py36h470a237_1          33 KB  conda-forge
    jupyter_core-4.4.0         |             py_0          44 KB  conda-forge
    hdf4-4.2.13                |       h951d187_2         970 KB  conda-forge
    holoviews-1.10.7           |             py_0         3.0 MB  conda-forge
    thriftpy-0.3.9             |   py36h470a237_1         604 KB  conda-forge
    ply-3.11                   |             py_1          44 KB  conda-forge
    gst-plugins-base-1.12.5    |       hde13a9d_0         2.7 MB  conda-forge
    astroid-2.0.3              |           py36_0         247 KB  conda-forge
    imageio-2.3.0              |             py_1         3.1 MB  conda-forge
    cftime-1.0.1               |   py36h7eb728f_1         1.0 MB  conda-forge
    pango-1.40.14              |       he752989_2         527 KB  conda-forge
    pyqt-5.6.0                 |   py36h8210e8a_7         5.4 MB  conda-forge
    freetype-2.9.1             |       h6debe1e_4         800 KB  conda-forge
    pygments-2.2.0             |             py_1         622 KB  conda-forge
    spyder-3.3.1               |           py36_3         2.5 MB  conda-forge
    ipython_genutils-0.2.0     |             py_1          21 KB  conda-forge
    zict-0.1.3                 |             py_0          10 KB  conda-forge
    fastparquet-0.1.6          |           py36_0         285 KB  conda-forge
    thrift-0.11.0              |   py36hfc679d8_1         310 KB  conda-forge
    pluggy-0.8.0               |             py_0          17 KB  conda-forge
    isort-4.3.4                |        py36_1000          58 KB  conda-forge
    matplotlib-3.0.0           |                2           5 KB  conda-forge
    et_xmlfile-1.0.1           |           py36_0          19 KB  conda-forge
    libnetcdf-4.6.1            |       he6cff42_8         1.2 MB  conda-forge
    numba-0.40.0               |   py36hf8a1672_0         3.2 MB  conda-forge
    seaborn-0.9.0              |             py_0         159 KB  conda-forge
    xorg-libxau-1.0.8          |       h470a237_6          12 KB  conda-forge
    python-snappy-0.5.3        |   py36h00d4201_0          40 KB  conda-forge
    snowballstemmer-1.2.1      |             py_1          32 KB  conda-forge
    bleach-3.0.2               |             py_0         125 KB  conda-forge
    py-1.7.0                   |             py_0          65 KB  conda-forge
    icu-58.2                   |       hfc679d8_0        22.8 MB  conda-forge
    shapely-1.6.4              |   py36h164cb2d_1         749 KB  conda-forge
    libgcc-ng-7.2.0            |       hdf63c60_3         6.1 MB  conda-forge
    krb5-1.14.6                |                0         4.0 MB  conda-forge
    pytest-3.9.1               |        py36_1000         333 KB  conda-forge
    pyopenssl-18.0.0           |        py36_1000          80 KB  conda-forge
    libxcb-1.13                |       h470a237_2         393 KB  conda-forge
    werkzeug-0.14.1            |             py_0         249 KB  conda-forge
    pyviz_comms-0.6.0          |             py_0          11 KB  conda-forge
    xorg-libx11-1.6.6          |       h470a237_0         890 KB  conda-forge
    jupyter_console-6.0.0      |             py_0          19 KB  conda-forge
    jupyterhub-0.8.1           |           py36_0         1.6 MB  conda-forge
    sip-4.18.1                 |   py36hfc679d8_0         266 KB  conda-forge
    webencodings-0.5.1         |             py_1          12 KB  conda-forge
    ptyprocess-0.6.0           |        py36_1000          22 KB  conda-forge
    nodejs-8.10.0              |                0        14.9 MB  conda-forge
    tornado-5.1.1              |   py36h470a237_0         669 KB  conda-forge
    multipledispatch-0.6.0     |             py_0          12 KB  conda-forge
    bokeh-0.13.0               |     pyhed0053b_0         5.8 MB  bokeh
    libgpuarray-0.7.6          |       h470a237_3         240 KB  conda-forge
    pyarrow-0.9.0              |   py36hfc679d8_2         1.2 MB  conda-forge
    impyla-0.14.1              |           py36_0          88 KB  conda-forge
    datashader-0.6.8           |             py_0        10.8 MB  conda-forge
    libgfortran-3.0.0          |                1         281 KB  conda-forge
    cython-0.29                |   py36hfc679d8_0         4.9 MB  conda-forge
    py4j-0.10.7                |             py_1         177 KB  conda-forge
    sympy-1.3                  |        py36_1000         9.4 MB  conda-forge
    pycodestyle-2.4.0          |             py_1          34 KB  conda-forge
    xz-5.2.4                   |       h470a237_1         328 KB  conda-forge
    sqlite-3.25.2              |       hb1c47c0_0         1.6 MB  conda-forge
    arrow-cpp-0.9.0            |   py36h1ae9da6_7         4.2 MB  conda-forge
    harfbuzz-1.9.0             |       h04dbb29_1         1.1 MB  conda-forge
    pexpect-4.6.0              |        py36_1000          75 KB  conda-forge
    xorg-renderproto-0.11.1    |       h470a237_2           8 KB  conda-forge
    sqlalchemy-1.2.12          |   py36h470a237_0         1.6 MB  conda-forge
    dbus-1.13.0                |       h3a4f0e9_0         560 KB  conda-forge
    babel-2.6.0                |             py_1         5.6 MB  conda-forge
    testpath-0.4.2             |        py36_1000          91 KB  conda-forge
    xorg-libxext-1.3.3         |       h470a237_4          45 KB  conda-forge
    h5netcdf-0.6.2             |             py_0          15 KB  conda-forge
    widgetsnbextension-3.4.2   |        py36_1000         1.7 MB  conda-forge
    cairo-1.14.12              |       h276e583_5         1.3 MB  conda-forge
    qtpy-1.5.1                 |     pyh8a2030e_0          28 KB  conda-forge
    pyct-core-0.4.5            |             py_0          11 KB  conda-forge
    pytables-3.4.4             |   py36h4f72b40_1         8.3 MB  conda-forge
    pyshp-1.2.12               |             py_0          22 KB  conda-forge
    pamela-0.3.0               |          py_1001           8 KB  conda-forge
    owslib-0.17.0              |             py_0         117 KB  conda-forge
    bitarray-0.8.3             |   py36h470a237_0         113 KB  conda-forge
    parso-0.3.1                |             py_0          59 KB  conda-forge
    libpng-1.6.35              |       ha92aebf_2         305 KB  conda-forge
    pickleshare-0.7.5          |        py36_1000          12 KB  conda-forge
    graphviz-2.38.0            |       h08bfae6_9         9.7 MB  conda-forge
    sqlalchemy-utils-0.32.12   |           py36_0         104 KB  conda-forge
    jpeg-9c                    |       h470a237_1         229 KB  conda-forge
    imagesize-1.1.0            |             py_0           6 KB  conda-forge
    joblib-0.12.5              |             py_0         176 KB  conda-forge
    jupyter-1.0.0              |             py_1           6 KB  conda-forge
    colorcet-1.0.0             |             py_0         109 KB  conda-forge
    curl-7.61.0                |       h93b3f91_2         859 KB  conda-forge
    gstreamer-1.12.5           |       h5856ed1_0         2.1 MB  conda-forge
    libgsasl-1.8.0             |       h769c1d9_3         125 KB  conda-forge
    itsdangerous-0.24          |             py_2          12 KB  conda-forge
    chardet-3.0.4              |        py36_1003         190 KB  conda-forge
    psutil-5.4.7               |   py36h470a237_1         333 KB  conda-forge
    uncertainties-3.0.2        |        py36_1001         117 KB  conda-forge
    pytz-2018.5                |             py_0         193 KB  conda-forge
    sudospawner-0.5.2          |           py36_0          13 KB  conda-forge
    libsodium-1.0.16           |       h470a237_1         536 KB  conda-forge
    xorg-libxrender-0.9.10     |       h470a237_2          28 KB  conda-forge
    nbformat-4.4.0             |             py_1          91 KB  conda-forge
    dill-0.2.8.2               |        py36_1000         111 KB  conda-forge
    mpc-1.1.0                  |       hb705a9b_6         125 KB  conda-forge
    findspark-1.3.0            |             py_1           6 KB  conda-forge
    python-oauth2-1.0.1        |           py36_0          86 KB  conda-forge
    geopy-1.17.0               |             py_0          49 KB  conda-forge
    certifi-2018.10.15         |        py36_1000         138 KB  conda-forge
    six-1.11.0                 |        py36_1001          21 KB  conda-forge
    zeromq-4.2.5               |       hfc679d8_6         939 KB  conda-forge
    backcall-0.1.0             |             py_0          13 KB  conda-forge
    graphite2-1.3.12           |       hfc679d8_1         104 KB  conda-forge
    xorg-xproto-7.0.31         |       h470a237_7          72 KB  conda-forge
    pthread-stubs-0.4          |       h470a237_1           5 KB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       909.4 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

    alabaster:                0.7.12-py_0                           conda-forge
    alembic:                  0.9.9-py_0                            conda-forge
    arrow-cpp:                0.9.0-py36h1ae9da6_7                  conda-forge
    asn1crypto:               0.24.0-py36_1003                      conda-forge
    asteval:                  0.9.13-pyh24bf2e0_0                   conda-forge
    astroid:                  2.0.3-py36_0                          conda-forge
    atomicwrites:             1.2.1-py_0                            conda-forge
    attrs:                    18.2.0-py_0                           conda-forge
    babel:                    2.6.0-py_1                            conda-forge
    backcall:                 0.1.0-py_0                            conda-forge
    basemap:                  1.2.0-py36h50ae964_0                  conda-forge
    basemap-data-hires:       1.2.0-0                               conda-forge
    beautifulsoup4:           4.6.3-py36_1000                       conda-forge
    bitarray:                 0.8.3-py36h470a237_0                  conda-forge
    blas:                     1.1-openblas                          conda-forge
    blaze:                    0.11.3-py36_0                         conda-forge
    bleach:                   3.0.2-py_0                            conda-forge
    blosc:                    1.14.4-hfc679d8_0                     conda-forge
    bokeh:                    0.13.0-pyhed0053b_0                   bokeh      
    boost:                    1.66.0-py36_1                         conda-forge
    boost-cpp:                1.66.0-1                              conda-forge
    bottleneck:               1.2.1-py36h7eb728f_1                  conda-forge
    bzip2:                    1.0.6-h470a237_2                      conda-forge
    ca-certificates:          2018.10.15-ha4d7672_0                 conda-forge
    cairo:                    1.14.12-h276e583_5                    conda-forge
    cartopy:                  0.16.0-py36h81b52dc_2                 conda-forge
    certifi:                  2018.10.15-py36_1000                  conda-forge
    cffi:                     1.11.5-py36h5e8e0c9_1                 conda-forge
    cftime:                   1.0.1-py36h7eb728f_1                  conda-forge
    chardet:                  3.0.4-py36_1003                       conda-forge
    click:                    7.0-py_0                              conda-forge
    cloudpickle:              0.6.1-py_0                            conda-forge
    colorcet:                 1.0.0-py_0                            conda-forge
    configurable-http-proxy:  3.1.0-node8_1                         conda-forge
    cryptography:             2.3.1-py36hdffb7b8_0                  conda-forge
    cryptography-vectors:     2.3.1-py36_1000                       conda-forge
    curl:                     7.61.0-h93b3f91_2                     conda-forge
    cycler:                   0.10.0-py_1                           conda-forge
    cython:                   0.29-py36hfc679d8_0                   conda-forge
    cytoolz:                  0.9.0.1-py36h470a237_1                conda-forge
    dask:                     0.19.4-py_0                           conda-forge
    dask-core:                0.19.4-py_0                           conda-forge
    datashader:               0.6.8-py_0                            conda-forge
    datashape:                0.5.4-py36_0                          conda-forge
    dbus:                     1.13.0-h3a4f0e9_0                     conda-forge
    decorator:                4.3.0-py_0                            conda-forge
    defusedxml:               0.5.0-py_1                            conda-forge
    dill:                     0.2.8.2-py36_1000                     conda-forge
    distributed:              1.23.3-py36_1000                      conda-forge
    docutils:                 0.14-py36_1001                        conda-forge
    entrypoints:              0.2.3-py36_1002                       conda-forge
    et_xmlfile:               1.0.1-py36_0                          conda-forge
    expat:                    2.2.5-hfc679d8_2                      conda-forge
    fastcache:                1.0.2-py36h470a237_1                  conda-forge
    fastparquet:              0.1.6-py36_0                          conda-forge
    findspark:                1.3.0-py_1                            conda-forge
    flask:                    1.0.2-py_2                            conda-forge
    flask-cors:               3.0.6-py_0                            conda-forge
    fontconfig:               2.13.1-h65d0f4c_0                     conda-forge
    freetype:                 2.9.1-h6debe1e_4                      conda-forge
    futures-compat:           1.0-py3_0                             conda-forge
    geographiclib:            1.49-py_0                             conda-forge
    geopy:                    1.17.0-py_0                           conda-forge
    geos:                     3.6.2-hfc679d8_3                      conda-forge
    geoviews:                 1.5.0-py_0                            conda-forge
    gettext:                  0.19.8.1-h5e8e0c9_1                   conda-forge
    glib:                     2.56.2-h464dc38_0                     conda-forge
    gmp:                      6.1.2-hfc679d8_0                      conda-forge
    gmpy2:                    2.0.8-py36hb705a9b_2                  conda-forge
    graphite2:                1.3.12-hfc679d8_1                     conda-forge
    graphviz:                 2.38.0-h08bfae6_9                     conda-forge
    gst-plugins-base:         1.12.5-hde13a9d_0                     conda-forge
    gstreamer:                1.12.5-h5856ed1_0                     conda-forge
    h5netcdf:                 0.6.2-py_0                            conda-forge
    h5py:                     2.8.0-py36h7eb728f_3                  conda-forge
    harfbuzz:                 1.9.0-h04dbb29_1                      conda-forge
    hdf4:                     4.2.13-h951d187_2                     conda-forge
    hdf5:                     1.10.2-hc401514_2                     conda-forge
    hdfs3:                    0.3.0-py36_0                          conda-forge
    heapdict:                 1.0.0-py36_1000                       conda-forge
    holoviews:                1.10.7-py_0                           conda-forge
    icu:                      58.2-hfc679d8_0                       conda-forge
    idna:                     2.7-py36_1002                         conda-forge
    imageio:                  2.3.0-py_1                            conda-forge
    imagesize:                1.1.0-py_0                            conda-forge
    impyla:                   0.14.1-py36_0                         conda-forge
    ipykernel:                5.1.0-pyh24bf2e0_0                    conda-forge
    ipython:                  7.0.1-py36h24bf2e0_1000               conda-forge
    ipython_genutils:         0.2.0-py_1                            conda-forge
    ipywidgets:               7.4.2-py_0                            conda-forge
    isort:                    4.3.4-py36_1000                       conda-forge
    itsdangerous:             0.24-py_2                             conda-forge
    jdcal:                    1.4-py_1                              conda-forge
    jedi:                     0.13.1-py36_1000                      conda-forge
    jeepney:                  0.4-py_0                              conda-forge
    jinja2:                   2.10-py_1                             conda-forge
    joblib:                   0.12.5-py_0                           conda-forge
    jpeg:                     9c-h470a237_1                         conda-forge
    jsonschema:               2.6.0-py36_1002                       conda-forge
    jupyter:                  1.0.0-py_1                            conda-forge
    jupyter_client:           5.2.3-py_1                            conda-forge
    jupyter_console:          6.0.0-py_0                            conda-forge
    jupyter_core:             4.4.0-py_0                            conda-forge
    jupyterhub:               0.8.1-py36_0                          conda-forge
    keyring:                  15.1.0-py36_0                         conda-forge
    kiwisolver:               1.0.1-py36h2d50403_2                  conda-forge
    krb5:                     1.14.6-0                              conda-forge
    lazy-object-proxy:        1.3.1-py36h470a237_0                  conda-forge
    libffi:                   3.2.1-hfc679d8_5                      conda-forge
    libgcc:                   7.2.0-h69d50b8_2                      conda-forge
    libgcc-ng:                7.2.0-hdf63c60_3                      conda-forge
    libgcrypt:                1.8.3-hfc679d8_0                      conda-forge
    libgfortran:              3.0.0-1                               conda-forge
    libgpg-error:             1.32-hfc679d8_0                       conda-forge
    libgpuarray:              0.7.6-h470a237_3                      conda-forge
    libgsasl:                 1.8.0-h769c1d9_3                      conda-forge
    libhdfs3:                 2.3-3                                 conda-forge
    libiconv:                 1.15-h470a237_3                       conda-forge
    libnetcdf:                4.6.1-he6cff42_8                      conda-forge
    libntlm:                  1.4-h470a237_1                        conda-forge
    libpng:                   1.6.35-ha92aebf_2                     conda-forge
    libprotobuf:              3.5.2-hd28b015_1                      conda-forge
    libsodium:                1.0.16-h470a237_1                     conda-forge
    libssh2:                  1.8.0-h5b517e9_2                      conda-forge
    libstdcxx-ng:             7.2.0-hdf63c60_3                      conda-forge
    libtiff:                  4.0.9-he6b73bb_2                      conda-forge
    libtool:                  2.4.6-h470a237_2                      conda-forge
    libuuid:                  2.32.1-h470a237_2                     conda-forge
    libxcb:                   1.13-h470a237_2                       conda-forge
    libxml2:                  2.9.8-h422b904_5                      conda-forge
    libxslt:                  1.1.32-h88dbc4e_2                     conda-forge
    llvmlite:                 0.25.0-py36hd28b015_1                 conda-forge
    lmfit:                    0.9.11-pyh24bf2e0_1                   conda-forge
    locket:                   0.2.0-py_2                            conda-forge
    lxml:                     4.2.5-py36hc9114bc_0                  conda-forge
    lzo:                      2.10-h470a237_0                       conda-forge
    mako:                     1.0.7-py_1                            conda-forge
    markupsafe:               1.0-py36h470a237_1                    conda-forge
    matplotlib:               3.0.0-2                               conda-forge
    matplotlib-base:          3.0.0-py36hc039c98_2                  conda-forge
    mccabe:                   0.6.1-py_1                            conda-forge
    mistune:                  0.8.4-py36h470a237_0                  conda-forge
    more-itertools:           4.3.0-py36_1000                       conda-forge
    mpc:                      1.1.0-hb705a9b_6                      conda-forge
    mpfr:                     4.0.1-h16a7912_0                      conda-forge
    mpmath:                   1.0.0-py_1                            conda-forge
    msgpack-python:           0.5.6-py36h2d50403_3                  conda-forge
    multipledispatch:         0.6.0-py_0                            conda-forge
    multiprocess:             0.70.6.1-py36_1000                    conda-forge
    nbconvert:                5.4.0-1                               conda-forge
    nbformat:                 4.4.0-py_1                            conda-forge
    ncurses:                  6.1-hfc679d8_1                        conda-forge
    netcdf4:                  1.4.1-py36h62672b6_0                  conda-forge
    networkx:                 2.2-py_1                              conda-forge
    nltk:                     3.2.4-py36_0                          conda-forge
    nodejs:                   8.10.0-0                              conda-forge
    nose:                     1.3.7-py36_1002                       conda-forge
    notebook:                 5.7.0-py36_1000                       conda-forge
    numba:                    0.40.0-py36hf8a1672_0                 conda-forge
    numexpr:                  2.6.8-py36hf8a1672_0                  conda-forge
    numpy:                    1.15.2-py36_blas_openblashd3ea46f_1   conda-forge [blas_openblas]
    numpydoc:                 0.8.0-py_1                            conda-forge
    odo:                      0.5.1-py_1                            conda-forge
    olefile:                  0.46-py_0                             conda-forge
    openblas:                 0.2.20-8                              conda-forge
    openpyxl:                 2.5.8-py_0                            conda-forge
    openssl:                  1.0.2p-h470a237_1                     conda-forge
    owslib:                   0.17.0-py_0                           conda-forge
    packaging:                18.0-py_0                             conda-forge
    pamela:                   0.3.0-py_1001                         conda-forge
    pandas:                   0.23.4-py36hf8a1672_0                 conda-forge
    pandoc:                   1.19.2-0                              conda-forge
    pandocfilters:            1.4.2-py_1                            conda-forge
    pango:                    1.40.14-he752989_2                    conda-forge
    param:                    1.8.1-py_0                            conda-forge
    parquet-cpp:              1.4.0-h83d4a3d_1                      conda-forge
    parso:                    0.3.1-py_0                            conda-forge
    partd:                    0.3.9-py_0                            conda-forge
    pathos:                   0.2.1-py_2                            conda-forge
    patsy:                    0.5.0-py_1                            conda-forge
    pcre:                     8.41-hfc679d8_3                       conda-forge
    pep8:                     1.7.1-py_0                            conda-forge
    pexpect:                  4.6.0-py36_1000                       conda-forge
    pickleshare:              0.7.5-py36_1000                       conda-forge
    pillow:                   5.3.0-py36hc736899_0                  conda-forge
    pip:                      18.1-py36_1000                        conda-forge
    pixman:                   0.34.0-h470a237_3                     conda-forge
    pluggy:                   0.8.0-py_0                            conda-forge
    ply:                      3.11-py_1                             conda-forge
    pox:                      0.2.3-py_1                            conda-forge
    ppft:                     1.6.4.7.1-py36_1000                   conda-forge
    proj4:                    4.9.3-h470a237_8                      conda-forge
    prometheus_client:        0.4.2-py_0                            conda-forge
    prompt_toolkit:           2.0.6-py_0                            conda-forge
    protobuf:                 3.5.2-py36hd28b015_0                  conda-forge
    psutil:                   5.4.7-py36h470a237_1                  conda-forge
    pthread-stubs:            0.4-h470a237_1                        conda-forge
    ptyprocess:               0.6.0-py36_1000                       conda-forge
    py:                       1.7.0-py_0                            conda-forge
    py4j:                     0.10.7-py_1                           conda-forge
    pyarrow:                  0.9.0-py36hfc679d8_2                  conda-forge
    pycodestyle:              2.4.0-py_1                            conda-forge
    pycparser:                2.19-py_0                             conda-forge
    pyct:                     0.4.5-py_0                            conda-forge
    pyct-core:                0.4.5-py_0                            conda-forge
    pyepsg:                   0.3.2-py_1                            conda-forge
    pyflakes:                 2.0.0-py_0                            conda-forge
    pygments:                 2.2.0-py_1                            conda-forge
    pygpu:                    0.7.6-py36h7eb728f_0                  conda-forge
    pylint:                   2.1.1-py36_0                          conda-forge
    pymc3:                    3.5-py36_0                            conda-forge
    pyopenssl:                18.0.0-py36_1000                      conda-forge
    pyparsing:                2.2.2-py_0                            conda-forge
    pyproj:                   1.9.5.1-py36h508ed2a_5                conda-forge
    pyqt:                     5.6.0-py36h8210e8a_7                  conda-forge
    pyshp:                    1.2.12-py_0                           conda-forge
    pysocks:                  1.6.8-py36_1002                       conda-forge
    pyspark:                  2.3.1-py36_1001                       conda-forge
    pytables:                 3.4.4-py36h4f72b40_1                  conda-forge
    pytest:                   3.9.1-py36_1000                       conda-forge
    python:                   3.6.6-h5001a0f_3                      conda-forge
    python-dateutil:          2.7.3-py_0                            conda-forge
    python-editor:            1.0.3-py_0                            conda-forge
    python-oauth2:            1.0.1-py36_0                          conda-forge
    python-snappy:            0.5.3-py36h00d4201_0                  conda-forge
    pytz:                     2018.5-py_0                           conda-forge
    pyviz_comms:              0.6.0-py_0                            conda-forge
    pywavelets:               1.0.1-py36h7eb728f_0                  conda-forge
    pyyaml:                   3.13-py36h470a237_1                   conda-forge
    pyzmq:                    17.1.2-py36hae99301_1                 conda-forge
    qt:                       5.6.2-hf70d934_9                      conda-forge
    qtawesome:                0.5.1-pyh8a2030e_1                    conda-forge
    qtconsole:                4.4.2-py_1                            conda-forge
    qtpy:                     1.5.1-pyh8a2030e_0                    conda-forge
    readline:                 7.0-haf1bffa_1                        conda-forge
    requests:                 2.19.1-py36_1001                      conda-forge
    rope:                     0.10.7-py_1                           conda-forge
    scikit-image:             0.14.1-py36hfc679d8_0                 conda-forge
    scikit-learn:             0.20.0-py36_blas_openblasha84fab4_201 conda-forge [blas_openblas]
    scipy:                    1.1.0-py36_blas_openblash7943236_201  conda-forge [blas_openblas]
    seaborn:                  0.9.0-py_0                            conda-forge
    secretstorage:            3.1.0-py36_1001                       conda-forge
    send2trash:               1.5.0-py_0                            conda-forge
    setuptools:               40.4.3-py36_0                         conda-forge
    shapely:                  1.6.4-py36h164cb2d_1                  conda-forge
    simplegeneric:            0.8.1-py_1                            conda-forge
    sip:                      4.18.1-py36hfc679d8_0                 conda-forge
    six:                      1.11.0-py36_1001                      conda-forge
    snappy:                   1.1.7-hfc679d8_2                      conda-forge
    snowballstemmer:          1.2.1-py_1                            conda-forge
    sortedcontainers:         2.0.5-py_0                            conda-forge
    sphinx:                   1.8.1-py36_1000                       conda-forge
    sphinxcontrib-websupport: 1.1.0-py_1                            conda-forge
    spyder:                   3.3.1-py36_3                          conda-forge
    spyder-kernels:           0.2.6-py_1                            conda-forge
    sqlalchemy:               1.2.12-py36h470a237_0                 conda-forge
    sqlalchemy-utils:         0.32.12-py36_0                        conda-forge
    sqlite:                   3.25.2-hb1c47c0_0                     conda-forge
    statsmodels:              0.9.0-py36h7eb728f_0                  conda-forge
    sudospawner:              0.5.2-py36_0                          conda-forge
    sympy:                    1.3-py36_1000                         conda-forge
    tblib:                    1.3.2-py_1                            conda-forge
    terminado:                0.8.1-py36_1001                       conda-forge
    testpath:                 0.4.2-py36_1000                       conda-forge
    theano:                   1.0.3-py36_0                          conda-forge
    thrift:                   0.11.0-py36hfc679d8_1                 conda-forge
    thriftpy:                 0.3.9-py36h470a237_1                  conda-forge
    tk:                       8.6.8-ha92aebf_0                      conda-forge
    toolz:                    0.9.0-py_1                            conda-forge
    tornado:                  5.1.1-py36h470a237_0                  conda-forge
    tqdm:                     4.26.0-py_0                           conda-forge
    traitlets:                4.3.2-py36_1000                       conda-forge
    typed-ast:                1.1.0-py36_0                          conda-forge
    uncertainties:            3.0.2-py36_1001                       conda-forge
    urllib3:                  1.23-py36_1001                        conda-forge
    wcwidth:                  0.1.7-py_1                            conda-forge
    webencodings:             0.5.1-py_1                            conda-forge
    werkzeug:                 0.14.1-py_0                           conda-forge
    wheel:                    0.32.1-py36_0                         conda-forge
    widgetsnbextension:       3.4.2-py36_1000                       conda-forge
    wrapt:                    1.10.11-py36h470a237_1                conda-forge
    xarray:                   0.10.9-py36_0                         conda-forge
    xorg-kbproto:             1.0.7-h470a237_2                      conda-forge
    xorg-libice:              1.0.9-h470a237_4                      conda-forge
    xorg-libsm:               1.2.3-h8c8a85c_0                      conda-forge
    xorg-libx11:              1.6.6-h470a237_0                      conda-forge
    xorg-libxau:              1.0.8-h470a237_6                      conda-forge
    xorg-libxdmcp:            1.1.2-h470a237_7                      conda-forge
    xorg-libxext:             1.3.3-h470a237_4                      conda-forge
    xorg-libxpm:              3.5.12-h470a237_2                     conda-forge
    xorg-libxrender:          0.9.10-h470a237_2                     conda-forge
    xorg-libxt:               1.1.5-h470a237_2                      conda-forge
    xorg-renderproto:         0.11.1-h470a237_2                     conda-forge
    xorg-xextproto:           7.3.0-h470a237_2                      conda-forge
    xorg-xproto:              7.0.31-h470a237_7                     conda-forge
    xz:                       5.2.4-h470a237_1                      conda-forge
    yaml:                     0.1.7-h470a237_1                      conda-forge
    zeromq:                   4.2.5-hfc679d8_6                      conda-forge
    zict:                     0.1.3-py_0                            conda-forge
    zlib:                     1.2.11-h470a237_3                     conda-forge

Proceed ([y]/n)? 


Downloading and Extracting Packages
flask-1.0.2          | 66 KB     | ######################################################### | 100% 
pylint-2.1.1         | 794 KB    | ######################################################### | 100% 
libgpg-error-1.32    | 241 KB    | ######################################################### | 100% 
futures-compat-1.0   | 313 B     | ######################################################### | 100% 
wrapt-1.10.11        | 74 KB     | ######################################################### | 100% 
secretstorage-3.1.0  | 22 KB     | ######################################################### | 100% 
jsonschema-2.6.0     | 62 KB     | ######################################################### | 100% 
param-1.8.1          | 55 KB     | ######################################################### | 100% 
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libgcc-ng-7.2.0      | 6.1 MB    | ######################################################### | 100% 
krb5-1.14.6          | 4.0 MB    | ######################################################### | 100% 
pytest-3.9.1         | 333 KB    | ######################################################### | 100% 
pyopenssl-18.0.0     | 80 KB     | ######################################################### | 100% 
libxcb-1.13          | 393 KB    | ######################################################### | 100% 
werkzeug-0.14.1      | 249 KB    | ######################################################### | 100% 
pyviz_comms-0.6.0    | 11 KB     | ######################################################### | 100% 
xorg-libx11-1.6.6    | 890 KB    | ######################################################### | 100% 
jupyter_console-6.0. | 19 KB     | ######################################################### | 100% 
jupyterhub-0.8.1     | 1.6 MB    | ######################################################### | 100% 
sip-4.18.1           | 266 KB    | ######################################################### | 100% 
webencodings-0.5.1   | 12 KB     | ######################################################### | 100% 
ptyprocess-0.6.0     | 22 KB     | ######################################################### | 100% 
nodejs-8.10.0        | 14.9 MB   | ######################################################### | 100% 
tornado-5.1.1        | 669 KB    | ######################################################### | 100% 
multipledispatch-0.6 | 12 KB     | ######################################################### | 100% 
bokeh-0.13.0         | 5.8 MB    | ######################################################### | 100% 
libgpuarray-0.7.6    | 240 KB    | ######################################################### | 100% 
pyarrow-0.9.0        | 1.2 MB    | ######################################################### | 100% 
impyla-0.14.1        | 88 KB     | ######################################################### | 100% 
datashader-0.6.8     | 10.8 MB   | ######################################################### | 100% 
libgfortran-3.0.0    | 281 KB    | ######################################################### | 100% 
cython-0.29          | 4.9 MB    | ######################################################### | 100% 
py4j-0.10.7          | 177 KB    | ######################################################### | 100% 
sympy-1.3            | 9.4 MB    | ######################################################### | 100% 
pycodestyle-2.4.0    | 34 KB     | ######################################################### | 100% 
xz-5.2.4             | 328 KB    | ######################################################### | 100% 
sqlite-3.25.2        | 1.6 MB    | ######################################################### | 100% 
arrow-cpp-0.9.0      | 4.2 MB    | ######################################################### | 100% 
harfbuzz-1.9.0       | 1.1 MB    | ######################################################### | 100% 
pexpect-4.6.0        | 75 KB     | ######################################################### | 100% 
xorg-renderproto-0.1 | 8 KB      | ######################################################### | 100% 
sqlalchemy-1.2.12    | 1.6 MB    | ######################################################### | 100% 
dbus-1.13.0          | 560 KB    | ######################################################### | 100% 
babel-2.6.0          | 5.6 MB    | ######################################################### | 100% 
testpath-0.4.2       | 91 KB     | ######################################################### | 100% 
xorg-libxext-1.3.3   | 45 KB     | ######################################################### | 100% 
h5netcdf-0.6.2       | 15 KB     | ######################################################### | 100% 
widgetsnbextension-3 | 1.7 MB    | ######################################################### | 100% 
cairo-1.14.12        | 1.3 MB    | ######################################################### | 100% 
qtpy-1.5.1           | 28 KB     | ######################################################### | 100% 
pyct-core-0.4.5      | 11 KB     | ######################################################### | 100% 
pytables-3.4.4       | 8.3 MB    | ######################################################### | 100% 
pyshp-1.2.12         | 22 KB     | ######################################################### | 100% 
pamela-0.3.0         | 8 KB      | ######################################################### | 100% 
owslib-0.17.0        | 117 KB    | ######################################################### | 100% 
bitarray-0.8.3       | 113 KB    | ######################################################### | 100% 
parso-0.3.1          | 59 KB     | ######################################################### | 100% 
libpng-1.6.35        | 305 KB    | ######################################################### | 100% 
pickleshare-0.7.5    | 12 KB     | ######################################################### | 100% 
graphviz-2.38.0      | 9.7 MB    | ######################################################### | 100% 
sqlalchemy-utils-0.3 | 104 KB    | ######################################################### | 100% 
jpeg-9c              | 229 KB    | ######################################################### | 100% 
imagesize-1.1.0      | 6 KB      | ######################################################### | 100% 
joblib-0.12.5        | 176 KB    | ######################################################### | 100% 
jupyter-1.0.0        | 6 KB      | ######################################################### | 100% 
colorcet-1.0.0       | 109 KB    | ######################################################### | 100% 
curl-7.61.0          | 859 KB    | ######################################################### | 100% 
gstreamer-1.12.5     | 2.1 MB    | ######################################################### | 100% 
libgsasl-1.8.0       | 125 KB    | ######################################################### | 100% 
itsdangerous-0.24    | 12 KB     | ######################################################### | 100% 
chardet-3.0.4        | 190 KB    | ######################################################### | 100% 
psutil-5.4.7         | 333 KB    | ######################################################### | 100% 
uncertainties-3.0.2  | 117 KB    | ######################################################### | 100% 
pytz-2018.5          | 193 KB    | ######################################################### | 100% 
sudospawner-0.5.2    | 13 KB     | ######################################################### | 100% 
libsodium-1.0.16     | 536 KB    | ######################################################### | 100% 
xorg-libxrender-0.9. | 28 KB     | ######################################################### | 100% 
nbformat-4.4.0       | 91 KB     | ######################################################### | 100% 
dill-0.2.8.2         | 111 KB    | ######################################################### | 100% 
mpc-1.1.0            | 125 KB    | ######################################################### | 100% 
findspark-1.3.0      | 6 KB      | ######################################################### | 100% 
python-oauth2-1.0.1  | 86 KB     | ######################################################### | 100% 
geopy-1.17.0         | 49 KB     | ######################################################### | 100% 
certifi-2018.10.15   | 138 KB    | ######################################################### | 100% 
six-1.11.0           | 21 KB     | ######################################################### | 100% 
zeromq-4.2.5         | 939 KB    | ######################################################### | 100% 
backcall-0.1.0       | 13 KB     | ######################################################### | 100% 
graphite2-1.3.12     | 104 KB    | ######################################################### | 100% 
xorg-xproto-7.0.31   | 72 KB     | ######################################################### | 100% 
pthread-stubs-0.4    | 5 KB      | ######################################################### | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: \ Enabling notebook extension jupyter-js-widgets/extension...
      - Validating: OK

done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate testenv
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

$ source /opt/anaconda3/bin/activate testenv
(testenv) $ python
Python 3.6.6 | packaged by conda-forge | (default, Oct 12 2018, 14:08:43) 
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pyarrow
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/opt/anaconda3/envs/testenv/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/__init__.py", line 47, in <module>
    from pyarrow.lib import cpu_count, set_cpu_count
ImportError: libboost_regex.so.1.65.1: cannot open shared object file: No such file or directory
>>> 

Thanks again.

@wesm
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Member

wesm commented Oct 22, 2018

If you conda remove libboost what happens?

@wesm
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Member

wesm commented Oct 22, 2018

Ah I see you don't have libboost at all

This is problematic

pyarrow:                  0.9.0-py36hfc679d8_2                  conda-forge

What happens when you install pyarrow 0.11.0?

@rstuckey
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rstuckey commented Oct 22, 2018

Yep, I think that's it. Looks like libhdfs3 was restricting boost:

(testenv) $ /opt/anaconda3/bin/conda install --channel conda-forge --override-channels pyarrow=0.11.0
Solving environment: failed

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
  - libhdfs3 -> boost-cpp=1.64
  - pyarrow=0.11.0 -> arrow-cpp=0.11.0 -> boost-cpp[version='>=1.67.0,<1.67.1.0a0']
  - pyarrow=0.11.0 -> arrow-cpp=0.11.0 -> numpy[version='>=1.14,<2.0a0']
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package.

(testenv) $ /opt/anaconda3/bin/conda uninstall hdfs3
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /opt/anaconda3/envs/testenv

  removed specs: 
    - hdfs3

The following packages will be REMOVED:

    hdfs3: 0.3.0-py36_0 conda-forge

Proceed ([y]/n)? 

Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(testenv) $ /opt/anaconda3/bin/conda install --channel conda-forge --override-channels pyarrow=0.11.0
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /opt/anaconda3/envs/testenv

  added / updated specs: 
    - pyarrow=0.11.0


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    boost-cpp-1.67.0           |       h3a22d5f_0        19.7 MB  conda-forge
    boost-1.67.0               |   py36h3e44d54_0         316 KB  conda-forge
    pyarrow-0.11.0             |   py36hfc679d8_0         2.0 MB  conda-forge
    parquet-cpp-1.2.0.pre      |                0         1.6 MB  conda-forge
    arrow-cpp-0.11.0           |   py36hccec0d8_0         6.1 MB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        29.7 MB

The following packages will be REMOVED:

    libhdfs3:    2.3-3                conda-forge

The following packages will be UPDATED:

    arrow-cpp:   0.9.0-py36h1ae9da6_7 conda-forge --> 0.11.0-py36hccec0d8_0 conda-forge
    boost:       1.66.0-py36_1        conda-forge --> 1.67.0-py36h3e44d54_0 conda-forge
    boost-cpp:   1.66.0-1             conda-forge --> 1.67.0-h3a22d5f_0     conda-forge
    pyarrow:     0.9.0-py36hfc679d8_2 conda-forge --> 0.11.0-py36hfc679d8_0 conda-forge

The following packages will be DOWNGRADED:

    parquet-cpp: 1.4.0-h83d4a3d_1     conda-forge --> 1.2.0.pre-0           conda-forge

Proceed ([y]/n)? 


Downloading and Extracting Packages
boost-cpp-1.67.0     | 19.7 MB   | ######################################################### | 100% 
boost-1.67.0         | 316 KB    | ######################################################### | 100% 
pyarrow-0.11.0       | 2.0 MB    | ######################################################### | 100% 
parquet-cpp-1.2.0.pr | 1.6 MB    | ######################################################### | 100% 
arrow-cpp-0.11.0     | 6.1 MB    | ######################################################### | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(testenv) $ python
Python 3.6.6 | packaged by conda-forge | (default, Oct 12 2018, 14:08:43) 
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pyarrow
>>> 

Thanks again!

@wesm
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wesm commented Oct 22, 2018

Thanks -- feel free to open an issue on conda-forge/libhdfs3-feedstock about bringing the project up to date with the latest package stack

@kszucs the parquet-cpp version installed here looks weird, do you know what is going on?

@xhochy
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xhochy commented Oct 27, 2018

@wesm This parquet-cpp version is one with a more open arrow-cpp pinning. Newer parquet-cpp version pin arrow-cpp more exactly. The correct behaviour would be to uninstall parquet-cpp.

@wesm
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Member

wesm commented Oct 27, 2018

I think the correct option here is to pin the parquet-cpp metapackage in https://github.com/conda-forge/pyarrow-feedstock/blob/master/recipe/meta.yaml#L33. This will cause other versions to be uninstalled I think

@xhochy
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Member

xhochy commented Oct 27, 2018

That would make parquet-cpp a dependency again, do we want this?

@wesm
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Member

wesm commented Oct 27, 2018

It's an empty metapackage, I thought that was the idea anyway

@wesm
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Member

wesm commented Oct 27, 2018

I added here in the PR for 0.11.1 conda-forge/pyarrow-feedstock@74c3fba

@kszucs
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Member

kszucs commented Oct 27, 2018

I don't know why parquet-cpp gets installed, it's not a dependency arrow-cpp or pyarrow since 0.11

@kszucs
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kszucs commented Oct 27, 2018

The safest choice for now is indeed to pin parquet-cpp in pyarrow. However We should ask a forge developer about correctly handling this scenario.

@kszucs
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kszucs commented Oct 27, 2018

Conda now updates correctly:

$ conda update pyarrow

Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /Users/krisz/.conda/envs/test

  added / updated specs:
    - pyarrow


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    pyarrow-0.11.1             |   py36hfc679d8_0         1.9 MB  conda-forge
    parquet-cpp-1.5.1          |                1           3 KB  conda-forge
    arrow-cpp-0.11.1           |   py36h3bd774a_0         4.9 MB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:         6.7 MB

The following packages will be UPDATED:

    arrow-cpp:   0.10.0-py36h70250a7_0 conda-forge --> 0.11.1-py36h3bd774a_0 conda-forge
    boost-cpp:   1.67.0-h3a22d5f_0     conda-forge --> 1.68.0-h3a22d5f_0     conda-forge
    parquet-cpp: 1.5.0.pre-h83d4a3d_0  conda-forge --> 1.5.1-1               conda-forge
    pyarrow:     0.10.0-py36hfc679d8_0 conda-forge --> 0.11.1-py36hfc679d8_0 conda-forge

@wesm
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wesm commented Oct 28, 2018

That's great, thanks @kszucs!

@eromoe
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eromoe commented Jan 16, 2019

I have a script to install dependencies on aws emr and run a python script.

From yesterday, it went wrong :

  File "/mnt/var/lib/hadoop/steps/s-2VZYAZEE3LM6C/sales-forecast/mlc/sources/client/base.py", line 49, in read
    x = pd.read_parquet(path, columns=columns)
  File "/home/hadoop/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parquet.py", line 287, in read_parquet
    impl = get_engine(engine)
  File "/home/hadoop/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parquet.py", line 29, in get_engine
    raise ImportError("Unable to find a usable engine; "
ImportError: Unable to find a usable engine; tried using: 'pyarrow', 'fastparquet'.
pyarrow or fastparquet is required for parquet support
Command exiting with ret '1'

I didn't change the script , install command

conda install -y -c conda-forge pyarrow

I also tried to import in python shell :

>>> import pyarrow
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/hadoop/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/__init__.py", line 54, in <module>
    from pyarrow.lib import cpu_count, set_cpu_count
ImportError: /home/hadoop/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pyarrow/lib.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: _ZNK5arrow5Field8ToStringB5cxx11Ev

conda update pyarrow solved it.
But I am confusing why It was fine in serveral days ago ? pyarrow's version is still 0.11.1 .

@xhochy
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xhochy commented Jan 16, 2019

@eromoe Yesterday conda-forge switched their packages to new compilers. It might be worthwhile for you just to recreate your conda environments when you see such errors in the next days. That should more easily fix your problems.

@eromoe
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eromoe commented Jan 16, 2019

@xhochy Thank you for telling me this news .

I always created conda by

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/miniconda3

I think the problem is the python version of Miniconda3-4.5.4 is 3.6.4 .
conda install -y -c conda-forge pyarrow didn't change this.
conda update pyarrow updated python to 3.6.8 , so solved.

@jacksonloper
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jacksonloper commented Mar 29, 2019

I think this is still broken-ish. The following dockerfile results in a pyarrow installation that is broken with the _ZNK5arrow5Field8ToStringB5cxx11Ev problem:

FROM jupyter/datascience-notebook
RUN conda install -y -c conda-forge -c pytorch opencv tensorflow graphviz tqdm keras numba numpy tqdm pythreejs feather-format ffmpeg 

This is with the latest pull of jupyter/dockerscience-notebook, i.e. jupyter/datascience-notebook@sha256:2f7865853e27982ed98c314054ee62e10e1bea3b0e3bb6fafc9b7f68e9e887be

The workaround is presumably this:

FROM jupyter/datascience-notebook
RUN conda install -y -c conda-forge -c pytorch opencv tensorflow graphviz tqdm keras numba numpy tqdm pythreejs feather-format ffmpeg 
conda install arrow-cpp=0.12.* -c conda-forge

which then results in a working version of pyarrow. Package management is confusing :).

@wesm
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wesm commented Mar 29, 2019

@jacksonloper can we discuss this issue somewhere else, like on the ASF JIRA? I'm not sure where the problem is but we should identify the root cause and open an issue in the upstream project (e.g. if one of these other projects is causing the issue) or fix our packaging stuff otherwise

@jacksonloper
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Not a member of ASF JIRA. But I also probably won't be much help. Just letting you know its still broken :). Happy to create a more barebones broken-case, from a vanilla ubuntu docker or something if you want.

@wesm
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Member

wesm commented Mar 29, 2019

Can you create an account on https://issues.apache.org/jira and open a JIRA issue?

@wesm
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wesm commented Mar 29, 2019

It looks like this is https://issues.apache.org/jira/browse/ARROW-4809. I'll copy-paste your repro there

@jacksonloper
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Awesome thanks

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