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implement online cnmf and register_multisession #332

Merged
merged 3 commits into from
Apr 12, 2024

Conversation

ReiHashimoto
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@ReiHashimoto ReiHashimoto commented Apr 11, 2024

メモリ消費が大きい場合の対策として、以下の実装を追加

  • cnmf online
    • 通常のcnmfのオプションとして実装
    • use_onlineパラメータで切り替え
    • online版のパラメータはadvancedに格納
  • 分割した画像それぞれでcnmfを実行し、結果をregister multisessionで統合
    • 画像の分割は画像サイズ(GB)を端数切り上げした値で行う
      • 例:) 3.8GBの場合4ファイルに分割
    • 1GB未満のファイルの場合、強制的に2分割する(register_multisessionでは2つ以上のsessionがないとエラーとなるため)
    • 分割されたファイルの内、何割のファイルで共通して検出されたかによってregister_multisessionの結果をフィルタリングする
      • reg_file_rateで割合を0.0 ~ 1.0の値で設定
      • フィルタリングの結果ROI数が0の場合は後続の計算等ができないため、Exceptionとしている

ToDo

  • reg_file_rateの情報をNWBに保存

(追記)

  • Fluorescenceのcomments欄に以下の形式でreg_file_rateの情報を記載する形で対応

Screenshot 2024-04-11 at 13 54 02

@ReiHashimoto ReiHashimoto marked this pull request as ready for review April 11, 2024 04:56
@ReiHashimoto ReiHashimoto merged commit 1986a6e into develop-main Apr 12, 2024
5 checks passed
@ReiHashimoto ReiHashimoto deleted the feature/caiman-memory-usage branch April 12, 2024 01:42
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