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2017-1 소프트웨어 종합설계 Repository
김도영, 방창배, 황현서

Subject

생물학 논문에서의 MeSH term과 Association rule을 이용하여 질병과 관련된 gene들을 찾아냄.

Publication

Jeongwoo Kim, Changbae Bang, Hyeonseo Hwang, Doyoung Kim, Chihyun Park, Sanghyun Park, IMA: Identifying disease-related genes using MeSH terms and association rules, Journal of Biomedical Informatics, Volume 76, 2017, Pages 110-123

https://doi.org/10.1016/j.jbi.2017.11.009

Structure

preprocess

MeSH term을 HGNC API가 잘 읽을 수 있는 형태로 바꾸는 작업.

gene_db_server

구축한 Gene DB에 접근할 수 있는 server.

hgnc_client

HGNC API에 preprocess된 query를 보내는 client.

DB Cleaning

이전에 잘못 구현한 방식을 hotfix 형태로 수정하는 작업들.

mesh_family_processing

MeSH term 중에 Family를 나타내는 MeSH term을 알아내기 위한 작업

make_mesh_db

MeSH DB를 구축하기 위한 스크립트

weka

MeSH Term으로부터 알아낸 Gene을 대상으로 Association rule을 수행하는 스크립트

weka_analysis

Weka에서 나온 Association rule 결과를 gene relation으로 바꾸는 스크립트