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10ème école de bioinformatique AVIESAN - IFB - INSERM (EBAII 2021)

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Du 21-11-2021 au 26-11-2021 à la Station biologique de Roscoff

Web site

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Supports de cours

Linux

Cours Intervenants Supports
Introduction à Linux + arborescence Denis Puthier, Gildas Le Corguillé, Claire Toffano-Nioche pdf gslides
Qualités et alignement Denis Puthier, Gildas Le Corguillé, Claire Toffano-Nioche pdf gslides

(Re)découverte de R

Cours Intervenants Supports
Introduction à R Thomas Denecker, Jacques van Helden, Stevenn Volant [pdf]
Données [expression.txt] [annotation.csv]
Serveur RStudio IFB https://rstudio.cluster.france-bioinformatique.fr/
Serveur Jupyter IFB https://jupyterhub.cluster.france-bioinformatique.fr/

Exposés d'ouverture

Cours Intervenants Supports
Single-cell Bastien Job pdf gslides vidéo µfluidique La présentation sur YouTube (2021/01)
Long reads Claude Thermes pdf

Visualisation

Cours Intervenants Supports
Visualization of NGS Data using IGV (v2.4+) -- Documentation Olivier Quenez , Rachel Legendre, Bastien Job Intro Practical data

RNA-seq

Cours Intervenants Supports
Programme de l'atelier RNA-seq Program
Bioinformatics Emilie Drouineau pdf TP TP corrigé
General statistics Stevenn Volant pdf
Practice SARTools Stevenn Volant ZIP archive
Gene set analysis Thibault Dayris pdf R script
De novo assembly Erwan Corre pdf
Workflow Rachel Legendre, Emilie Drouineau pdf

Variants

Cours Intervenants Supports
Programme de l'atelier Variant Program
Introduction Elodie Girard pdf gslides
Processing Post-Alignement Odile Rogier pdf gslides
Variant calling Nadia Bessoltane pdf gslides
Filtrage et annotation Mathieu Charles pdf gslides
Variants structuraux Olivier Quenez pdf gslides
Applications sous R Elodie Girard html
Workflow et conclusion Odile Rogier pdf gslides

ChIP-seq

Support Lien
Partie théorique gslides
Partie pratique TD
Cours Intervenants
Programme de l'atelier ChIP-seq Program
Design expérimental, Contrôle qualité Stéphanie Le Gras
Alignement Stéphanie Le Gras
Contrôle qualité des alignements, visualisation Tao Ye
Peak-calling Tao Ye
Analyse des motifs Morgane Thomas-Chollier
Annotation des pics Elodie Darbo

Croisement et intégration des données

Cours Intervenants Supports
Croisement de données Bastien Job, Claire Toffano-Nioche, Matthias Zytnicki gslides soluce soluce_v2

Initiation Slurm

Cours Intervenants Supports
IFB Core Cluster - Introduction slides Thomas Denecker, Gildas Le Corguillé, Julien Seiler html