install

set environment (do it once)

cp ~aspigaheat/.bash_profile ~/.bash_profile
source ~/.bash_profile

download structure

cd $SCRATCHDIR
git clone https://github.com/aymeric-spiga/dynamico-giant.git [optional different name]

install code

cd dynamico-giant
./install.sh
./install_ioipsl.sh

compile code

cd saturn
./compile_occigen.sh

prepare starts (brief run)

cd makestart
sbatch job_mpi
cd ..

check job

squeue

symbolic links startfi.nc and start_icosa.nc should link to something. if this is OK, then run DYNAMICO

sbatch job_mpi

---

---

problems

• kappa
• drag value
• preff
• correct in gfluxi
• saturn1d psurf
• saturn1d ichoice
• bad Ls for ending the 1D

sandbox

check_conserv = detailed dans run_icosa.def (vori fichiers log)

tested with rev 1711 of LMD models

important

• synchronize call to physics with XIOS outputs
• synchronize also for physics
• do not use a timestep with more than 3 digits after .
• enough procs for xios_server (1 per 25)
• set nprocs_for_run = 10 * nsplit_i * nsplit_j
• do not call physics and radtrans too often
• increase buffer (factor 4 --> 12)
• do not open output file before the end
• augmenter info_level ralentit
• faire tail -f icosa_lmdz.out | grep "0000:" ralentit
• gros effet de la fréquence de sortie (y compris en grille native)

semble-t-il le remapping explose la mémoire utilisée par XIOS --> utiliser plus que 1 serveur par 25 coeurs de run ?

il faut 100 serveurs pour 1200 sinon ça freeze testé en sortie grille native environ même temps de calcul que version non serveur voire un peu plus rapide (sauf fin XIOS beaucoup plus longue le temps de fermer tous les serveurs) -- autre probleme: il n ecrit pas bien le startfi.nc -- et en fait il ne clot jamais...

note

server-client is necessary for online remapping attached works only if interpolated nlat < nproc used (a strong requirement actually)

fix compilation problems

dans le .bash_profile

export PATH=$PATH:.:~millourheat/FCM_V1.2/bin
ulimit -s unlimited
# modules
module purge
module load intel/17.0
module load intelmpi/2017.0.098
module load hdf5/1.8.17
module load netcdf/4.4.0_fortran-4.4.2
module load ncview
module load nco
module load qt
module load python
module load mkl