Code repository for Obermayer et al. "Identification of transcriptional attributes associated with persistence of T-cells in allogeneic hematopoietic stem cell transplantation"

data access

• processed data is available from NCBI GEO under accession GSE222633
• pbmc_multimodal.h5seurat is available here
• MSigDB is available here

input data structure should looks like so (after stripping GSE222633_ prefixes from files):

data
├── bulk_TCR
│   └── DE07NGSUKBD128950_ct.tsv.gz 
├── cellranger
│   ├── D10postPBMC_filtered_contigs.csv 
│   ├── D10postPBMC_filtered_counts.h5 
│   ├── D10prePBMC_filtered_contigs.csv 
│   ├── D10prePBMC_filtered_counts.h5 
│   ├── ...
├── scDiffCom
├── seurat
│   └── pbmc_multimodal.h5seurat
├── tables
└── VDJdb
    ├── input
    ├── TRA
    └── TRB

Seurat processing

run R/processing.Rmd

scDiffCom

use R/scDiffCom.R to run scDiffCom

VDJdb

VDJmatch is available from here and should be run like so

Rscript R/prepare_vdjdb.R
bash scripts/run_vdjdb.sh

effectorness (=pseudotime) score

use R/pseudotime.Rmd

paper figures

all code for paper figures is in R/paper_figures.Rmd

session info

R version 4.0.3 (2020-10-10)

Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale: LC_CTYPE=en_US.UTF-8, LC_NUMERIC=C, LC_TIME=en_US.UTF-8, LC_COLLATE=en_US.UTF-8, LC_MONETARY=en_US.UTF-8, LC_MESSAGES=en_US.UTF-8, LC_PAPER=en_US.UTF-8, LC_NAME=C, LC_ADDRESS=C, LC_TELEPHONE=C, LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 and LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:

• grid
• parallel
• stats4
• stats
• graphics
• grDevices
• utils
• datasets
• methods
• base

other attached packages:

• pander(v.0.6.5)
• org.Hs.eg.db(v.3.12.0)
• scDiffCom(v.0.1.0)
• forcats(v.0.5.1)
• ggfortify(v.0.4.11)
• ggExtra(v.0.9)
• caret(v.6.0-90)
• lattice(v.0.20-41)
• randomForest(v.4.6-14)
• ggpubr(v.0.4.0)
• pheatmap(v.1.0.12)
• sctransform(v.0.3.3)
• DT(v.0.17)
• lme4(v.1.1-27.1)
• gtools(v.3.9.2)
• AnnotationDbi(v.1.52.0)
• RColorBrewer(v.1.1-2)
• Matrix(v.1.3-4)
• igraph(v.1.2.11)
• stringr(v.1.4.0)
• ggforce(v.0.3.2.9000)
• ggraph(v.2.0.5)
• tmod(v.0.46.2)
• Binarize(v.1.3)
• diptest(v.0.76-0)
• dendextend(v.1.15.1)
• ComplexHeatmap(v.2.6.2)
• DESeq2(v.1.30.1)
• SummarizedExperiment(v.1.20.0)
• Biobase(v.2.50.0)
• MatrixGenerics(v.1.2.1)
• matrixStats(v.0.61.0)
• GenomicRanges(v.1.42.0)
• GenomeInfoDb(v.1.26.7)
• IRanges(v.2.24.1)
• S4Vectors(v.0.28.1)
• BiocGenerics(v.0.36.1)
• plyr(v.1.8.6)
• ggalluvial(v.0.12.3)
• fitdistrplus(v.1.1-8)
• survival(v.3.2-7)
• MASS(v.7.3-53)
• cluster(v.2.1.0)
• tidyr(v.1.2.0)
• scRepertoire(v.1.1.2)
• dplyr(v.1.0.8)
• ggrepel(v.0.9.1)
• cowplot(v.1.1.1)
• ggplot2(v.3.3.5)
• SeuratDisk(v.0.0.0.9018)
• SeuratObject(v.4.0.4)
• Seurat(v.4.1.0)

loaded via a namespace (and not attached):

• SparseM(v.1.81)
• scattermore(v.0.8)
• ModelMetrics(v.1.2.2.2)
• evmix(v.2.12)
• bit64(v.4.0.5)
• knitr(v.1.31)
• irlba(v.2.3.5)
• DelayedArray(v.0.16.3)
• data.table(v.1.14.2)
• rpart(v.4.1-15)
• RCurl(v.1.98-1.3)
• doParallel(v.1.0.16)
• generics(v.0.1.2)
• RSQLite(v.2.2.6)
• RANN(v.2.6.1)
• VGAM(v.1.1-5)
• future(v.1.24.0)
• bit(v.4.0.4)
• lubridate(v.1.7.10)
• spatstat.data(v.2.1-2)
• httpuv(v.1.6.5)
• isoband(v.0.2.5)
• assertthat(v.0.2.1)
• viridis(v.0.5.1)
• gower(v.0.2.2)
• xfun(v.0.22)
• hms(v.1.0.0)
• plotwidgets(v.0.4)
• promises(v.1.2.0.1)
• fansi(v.1.0.3)
• readxl(v.1.3.1)
• caTools(v.1.18.2)
• DBI(v.1.1.1)
• geneplotter(v.1.68.0)
• htmlwidgets(v.1.5.4)
• powerTCR(v.1.10.3)
• spatstat.geom(v.2.3-2)
• purrr(v.0.3.4)
• ellipsis(v.0.3.2)
• backports(v.1.2.1)
• permute(v.0.9-5)
• annotate(v.1.68.0)
• deldir(v.1.0-6)
• vctrs(v.0.3.8)
• Cairo(v.1.5-12.2)
• ROCR(v.1.0-11)
• abind(v.1.4-5)
• cachem(v.1.0.6)
• withr(v.2.5.0)
• vegan(v.2.5-7)
• goftest(v.1.2-3)
• gsl(v.2.1-6)
• lazyeval(v.0.2.2)
• crayon(v.1.5.0)
• genefilter(v.1.72.1)
• hdf5r(v.1.3.3)
• labeling(v.0.4.2)
• recipes(v.0.1.17)
• pkgconfig(v.2.0.3)
• tweenr(v.1.0.2)
• nlme(v.3.1-151)
• nnet(v.7.3-14)
• rlang(v.1.0.2)
• globals(v.0.14.0)
• lifecycle(v.1.0.1)
• miniUI(v.0.1.1.1)
• cellranger(v.1.1.0)
• polyclip(v.1.10-0)
• lmtest(v.0.9-40)
• carData(v.3.0-4)
• boot(v.1.3-25)
• zoo(v.1.8-9)
• beeswarm(v.0.4.0)
• ggridges(v.0.5.3)
• GlobalOptions(v.0.1.2)
• png(v.0.1-7)
• viridisLite(v.0.4.0)
• rjson(v.0.2.20)
• bitops(v.1.0-7)
• pROC(v.1.18.0)
• KernSmooth(v.2.23-18)
• Biostrings(v.2.58.0)
• blob(v.1.2.1)
• shape(v.1.4.5)
• parallelly(v.1.30.0)
• spatstat.random(v.2.1-0)
• rstatix(v.0.7.0)
• ggsignif(v.0.6.2)
• scales(v.1.2.0)
• memoise(v.2.0.0)
• magrittr(v.2.0.2)
• ica(v.1.0-2)
• gplots(v.3.1.1)
• zlibbioc(v.1.36.0)
• compiler(v.4.0.3)
• clue(v.0.3-58)
• cli(v.3.2.0)
• XVector(v.0.30.0)
• listenv(v.0.8.0)
• patchwork(v.1.1.1)
• pbapply(v.1.5-0)
• mgcv(v.1.8-33)
• tidyselect(v.1.1.2)
• stringi(v.1.7.6)
• locfit(v.1.5-9.4)
• tools(v.4.0.3)
• future.apply(v.1.8.1)
• rio(v.0.5.27)
• circlize(v.0.4.12)
• rstudioapi(v.0.13)
• foreach(v.1.5.1)
• foreign(v.0.8-81)
• tagcloud(v.0.6)
• gridExtra(v.2.3)
• cubature(v.2.0.4.1)
• prodlim(v.2019.11.13)
• farver(v.2.1.0)
• Rtsne(v.0.15)
• digest(v.0.6.29)
• lava(v.1.6.10)
• shiny(v.1.7.1)
• Rcpp(v.1.0.8.3)
• car(v.3.0-11)
• broom(v.0.7.9)
• later(v.1.3.0)
• RcppAnnoy(v.0.0.19)
• httr(v.1.4.2)
• colorspace(v.2.0-3)
• XML(v.3.99-0.6)
• tensor(v.1.5)
• reticulate(v.1.24)
• splines(v.4.0.3)
• uwot(v.0.1.11)
• spatstat.utils(v.2.3-0)
• graphlayouts(v.0.7.1)
• plotly(v.4.10.0)
• xtable(v.1.8-4)
• jsonlite(v.1.8.0)
• nloptr(v.1.2.2.2)
• truncdist(v.1.0-2)
• tidygraph(v.1.2.0)
• timeDate(v.3043.102)
• ipred(v.0.9-12)
• R6(v.2.5.1)
• pillar(v.1.7.0)
• htmltools(v.0.5.2)
• mime(v.0.12)
• glue(v.1.6.2)
• fastmap(v.1.1.0)
• minqa(v.1.2.4)
• colorDF(v.0.1.4)
• BiocParallel(v.1.24.1)
• class(v.7.3-17)
• codetools(v.0.2-18)
• utf8(v.1.2.2)
• spatstat.sparse(v.2.1-0)
• tibble(v.3.1.6)
• evd(v.2.3-3)
• curl(v.4.3.2)
• leiden(v.0.3.9)
• zip(v.2.1.1)
• openxlsx(v.4.2.3)
• munsell(v.0.5.0)
• GetoptLong(v.1.0.5)
• GenomeInfoDbData(v.1.2.4)
• iterators(v.1.0.13)
• haven(v.2.4.3)
• reshape2(v.1.4.4)
• gtable(v.0.3.0)
• spatstat.core(v.2.4-0)