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bitcometz/simple_report_modules

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主要的作用是解析给定的html.txt 来生成html 默认目录层级为2级

可以根据例子中的asm.html.txt 来设置报告的内容 这样产品经理都可以设置好报告的内容,不需要修改程序, 运行程序即可得到相关的网页报告

通过最前面的标记不同的元素: T0:代表栏目的开始,一段文字(P0:),一个图片(F0), 图片设置长宽(F3),表格(S0),表格说明(S1), 需要左看齐的表格(RS0) 需要分页的表格: (LS0, LRS0) 需要超链接的: (H0,MH0) 多个图片:(MF0)

其中的一些例子:

T0:"Nanopore 测序简介"

P0:"Nanopore 测序即纳米孔测序,其原理是:纳米孔蛋白 作为生物传感器,插入由合成聚合物形成的膜中。此外,核酸分子会与马达蛋白(Motor Proted...................(一段的内容为一行,以双引号结束)"

##对于诺禾网页风格, 内嵌<h4></h4>可以完成三级标题

P0:"<h4>这里是三级标题</h4>"

F0:"static/image/p1.png","图 1 Nanopore 测序原理"

#F1:"路径", "图片名字", 根据原始图片大小来展示

F1:"data/pipeline.png","Figure 1.1 Pipeline of analysis"

#F3:"路径", "图片名字", "widthxheight"

F3:"data/Fig.1.2.png","Figure 1.2 Software versions","1000x1000"

P0:"对Nanopore 测序得到的原始数据采用软件NanoPlot 进行质控过滤异常值,我们对 下机得到的reads 统计结果见表1,质控后的reads 的统计结果见"

#P1 没有行距

P1:"2.1 可以设置X,Y轴的名字,图片的名字,小图例放置的位置(上下左右)。"

P1:"2.2 提供配色方案选择,提供形状方案选择(点图)。"

P1:"2.3 同一个图里面存在其他元素(样品的名字,或者韦恩图存在柱状图,Alpha分布图存在Pvalue值等),可以选择其显示或者不显示。"

P1:"2.4 图片是交互式的,鼠标放在其中一个元素可以显示其多种信息,或者放在某一块时候只显示这一块跟其他块的对应情况,其他的变灰不呈现(PCA中的置信椭圆,例如优势物种的circos图)。"

P1:"2.5 图片中样品或者分组的位置是可以挪动样品的选择小表格的来重新排序,例如注释展示的柱形图。"

P1:"2.6 图片旁边提供作图数据表格,提供svg,png,pdf下载格式。"

S0:"data/wtdbg.table1.xls","表1 Nanopore原始测序数据统计"

T0:"BUSCO 评估" S0:"data/busco.table1.xls","表4 BUSCO评估结果" S1:"(1)Species:XX 物种;","(2)D:Complete Duplicated BUSCOs; F:Fragmented BUSCOs; M:Missing BUSCOs; n:Total BUSCO groups searched.:"

#多个图片(MF0:"图片名字","图片1路径":"图片1样品名字","图片2路径":"图片2样品名字"...)

MF0:"Fig.6.1 heatmap of beta diversity distance for ASVs.","./data/pictures/01.ASVs/unweighted_unifrac_distance_matrix_qza/distance-matrix.tsv.png":"ASVs_unweighted_unifrac_distance_matrix_qza","./data/pictures/01.ASVs/weighted_unifrac_distance_matrix_qza/distance-matrix.tsv.png":"ASVs_weighted_unifrac_distance_matrix_qza","./data/pictures/01.ASVs/jaccard_distance_matrix_qza/distance-matrix.tsv.png":"ASVs_jaccard_distance_matrix_qza","./data/pictures/01.ASVs/bray_curtis_distance_matrix_qza/distance-matrix.tsv.png":"ASVs_bray_curtis_distance_matrix_qza"

#超链接

H0:"./data/hyperlinks/stats-dada2_qzv/index.html"," Data summaries"

#多个超链接 #多个链接(MH0:"图片名字:路径","图片名字:路径")

MH0:"ASVs_max_depth_6000:./data/hyperlinks/01.ASVs/max_depth_6000/alpha-rarefaction/index.html","ASVs_max_depth_8000:./data/hyperlinks/01.ASVs/max_depth_8000/alpha-rarefaction/index.html",

NOTE 相关的表动的图片和表格放在输出目录的data上,因为报告生成的时候需要载入这些图片表格

最终的结果会放在Reports文件夹下

例子路径如下: /ifs/TJPROJ3/GB_MICRO/USER/zhangjinbo/test/04.reports/00.illumin_denovo/00.V6.0/HW_out_3/Reports_X202SC19112444-Z01_2020-05-08

命令: /ifs/TJPROJ3/RAD/liji/00.public/software/anaconda2/bin/python2 /ifs/TJPROJ3/GB_MICRO/USER/zhangjinbo/auto_analysis/auto_html/report.py report.html.txt ./

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