Skip to content

Commit

Permalink
FreeSurfer: Added more anatomical labels
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@ftadel
ftadel committed Oct 13, 2020
1 parent 3170e1b commit 3a1a1e1
Showing 1 changed file with 157 additions and 0 deletions.
157 changes: 157 additions & 0 deletions toolbox/gui/panel_scout.m
View file
Expand Up @@ -5254,6 +5254,7 @@ function SaveScouts(varargin)
3, 'Cortex L'; ...
4, 'Ventricle lat L'; ...
5, 'Ventricle inf-lat L'; ...
6, 'Cerebellum ext L'; ...
7, 'Cerebellum white L'; ...
8, 'Cerebellum L'; ...
9, 'Thalamus L'; ...
Expand All @@ -5266,16 +5267,33 @@ function SaveScouts(varargin)
16, 'Brainstem'; ...
17, 'Hippocampus L'; ...
18, 'Amygdala L'; ...
19, 'Insula L'; ...
20, 'Operculum L'; ...
21, 'Line-1'; ...
22, 'Line-2'; ...
23, 'Line-3'; ...
24, 'CSF'; ...
25, 'Lesion L'; ...
26, 'Accumbens L'; ...
27, 'Substancia-Nigra L'; ...
28, 'VentralDC L'; ...
29, 'Undetermined L'; ...
30, 'Vessel L'; ...
31, 'Choroid-plexus L'; ...
32, 'F3orb L'; ...
33, 'lOg L'; ...
34, 'aOg L'; ...
35, 'mOg L'; ...
36, 'pOg L'; ...
37, 'Stellate L'; ...
38, 'Porg L'; ...
39, 'Aorg L'; ...
40, 'Cortex ext R'; ...
41, 'White R'; ...
42, 'Cortex R'; ...
43, 'Ventricle lat R'; ...
44, 'Ventricle inf-lat R'; ...
45, 'Cerebellum ext R'; ...
46, 'Cerebellum white R'; ...
47, 'Cerebellum R'; ...
48, 'Thalamus R'; ...
Expand All @@ -5285,18 +5303,157 @@ function SaveScouts(varargin)
52, 'Pallidum R'; ...
53, 'Hippocampus R'; ...
54, 'Amygdala R'; ...
55, 'Insula R'; ...
56, 'Operculum R'; ...
57, 'Lesion R'; ...
58, 'Accumbens R'; ...
59, 'Substancia-Nigra R'; ...
60, 'VentralDC R'; ...
61, 'Undetermined R'; ...
62, 'Vessel R'; ...
63, 'Choroid-plexus R'; ...
64, 'F3orb R'; ...
65, 'lOg R'; ...
66, 'aOg R'; ...
67, 'mOg R'; ...
68, 'pOg R'; ...
69, 'Stellate R'; ...
70, 'Porg R'; ...
71, 'Aorg R'; ...
72, '5th-Ventricle'; ...
73, 'Interior L'; ...
74, 'Interior R'; ...
77, 'WM-hypointensities'; ...
78, 'WM-hypointensities L'; ...
79, 'WM-hypointensities R'; ...
80, 'non-WM-hypointensities'; ...
81, 'non-WM-hypointensities L'; ...
82, 'non-WM-hypointensities R'; ...
83, 'F1 L'; ...
84, 'F1 R'; ...
85, 'Optic-Chiasm'; ...
96, 'Amygdala ant L'; ...
97, 'Amygdala ant R'; ...
98, 'Dura'; ...
100, 'WM-abnormal L'; ...
101, 'Caudate-abnormal L'; ...
102, 'Putamen-abnormal L'; ...
103, 'Accumbens-abnormal L'; ...
104, 'Pallidum-abnormal L'; ...
105, 'Amygdala-abnormal L'; ...
106, 'Hippocampus-abnormal L'; ...
107, 'Thalamus-abnormal L'; ...
108, 'VDC-intensity-abnormality L'; ...
109, 'WM-abnormal R'; ...
110, 'Caudate-abnormal R'; ...
111, 'Putamen-abnormal R'; ...
112, 'Accumbens-abnormal R'; ...
113, 'Pallidum-abnormal R'; ...
114, 'Amygdala-abnormal R'; ...
115, 'Hippocampus-abnormal R'; ...
116, 'Thalamus-abnormal R'; ...
117, 'VDC-abnormal R'; ...
118, 'Epidermis'; ...
119, 'Conn-Tissue'; ...
120, 'SC-Fat-Muscle'; ...
121, 'Cranium'; ...
122, 'CSF-SA'; ...
123, 'Muscle'; ...
124, 'Ear'; ...
125, 'Adipose'; ...
126, 'Spinal-Cord'; ...
127, 'Soft-Tissue'; ...
128, 'Nerve'; ...
129, 'Bone'; ...
130, 'Air'; ...
131, 'Orbital-Fat'; ...
132, 'Tongue'; ...
133, 'Nasal-Structures'; ...
134, 'Globe'; ...
135, 'Teeth'; ...
136, 'Caudate-Putamen L'; ...
137, 'Caudate-Putamen R'; ...
138, 'Claustrum L'; ...
139, 'Claustrum R'; ...
140, 'Cornea'; ...
142, 'Diploe'; ...
143, 'Vitreous-Humor'; ...
144, 'Lens'; ...
145, 'Aqueous-Humor'; ...
146, 'Outer-Table'; ...
147, 'Inner-Table'; ...
148, 'Periosteum'; ...
149, 'Endosteum'; ...
150, 'R-C-S'; ...
151, 'Iris'; ...
152, 'SC-Adipose-Muscle'; ...
153, 'SC-Tissue'; ...
154, 'Orbital-Adipose'; ...
155, 'IntCapsule-Ant L'; ...
156, 'IntCapsule-Ant R'; ...
157, 'IntCapsule-Pos L'; ...
158, 'IntCapsule-Pos R'; ...
... % These labels are for babies/children
159, 'Cerebral-WM-unmyelinated L'; ...
160, 'Cerebral-WM-unmyelinated R'; ...
161, 'Cerebral-WM-myelinated L'; ...
162, 'Cerebral-WM-myelinated R'; ...
163, 'Subcortical-Gray-Matter L'; ...
164, 'Subcortical-Gray-Matter R'; ...
165, 'Skull'; ...
166, 'Posterior-fossa'; ...
167, 'Scalp'; ...
168, 'Hematoma'; ...
169, 'Basal-Ganglia L'; ...
176, 'Basal-Ganglia R'; ...
... % Label names and colors for Brainstem consituents
170, 'Brainstem'; ...
171, 'DCG'; ...
172, 'Vermis'; ...
173, 'Midbrain'; ...
174, 'Pons'; ...
175, 'Medulla'; ...
177, 'Vermis-White-Matter'; ...
178, 'SCP'; ...
179, 'Floculus'; ...
180, 'Cortical-Dysplasia L'; ...
181, 'Cortical-Dysplasia R'; ...
182, 'CblumNodulus'; ...
193, 'Hippocampal_fissure L'; ...
194, 'CADG-head L'; ...
195, 'Subiculum L'; ...
196, 'Fimbria L'; ...
197, 'Hippocampal_fissure R'; ...
198, 'CADG-head R'; ...
199, 'Subiculum R'; ...
200, 'Fimbria R'; ...
201, 'Alveus'; ...
202, 'Perforant_pathway'; ...
203, 'Parasubiculum'; ...
204, 'Presubiculum'; ...
205, 'Subiculum'; ...
206, 'CA1'; ...
207, 'CA2'; ...
208, 'CA3'; ...
209, 'CA4'; ...
210, 'GC-DG'; ...
211, 'HATA'; ...
212, 'Fimbria'; ...
213, 'Lateral_ventricle'; ...
214, 'Molecular_layer_HP'; ...
215, 'Hippocampal_fissure'; ...
216, 'Entorhinal_cortex'; ...
217, 'Molecular_layer_subiculum'; ...
218, 'Amygdala'; ...
219, 'Cerebral_White_Matter'; ...
220, 'Cerebral_Cortex'; ...
221, 'Inf_Lat_Vent'; ...
222, 'Perirhinal'; ...
223, 'Cerebral_White_Matter_Edge'; ...
224, 'Background'; ...
225, 'Ectorhinal'; ...
226, 'HP_tail'; ...
250, 'Fornix'; ...
251, 'CC_Posterior'; ...
252, 'CC_Mid_Posterior'; ...
253, 'CC_Central'; ...
Expand Down

0 comments on commit 3a1a1e1

Please sign in to comment.