version 1.1-5

cran · Mar 24, 2014 · a5d6962 · a5d6962
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diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
@@ -1,6 +1,6 @@
 Package: polyapost
-Version: 1.1-2
-Date: 2012-03-20
+Version: 1.1-5
+Date: 2014-03-24
 Imports: boot
 Title: Simulating from the Polya posterior
 Author: Glen Meeden <glen@stat.umn.edu> and Radu Lazar
@@ -9,6 +9,7 @@ Maintainer: Glen Meeden <glen@stat.umn.edu>
 Description: Generate dependent samples from a non-full dimensional
         polytope via a Markov Chain sampler
 License: GPL (>= 2)
-Packaged: 2012-03-20 21:43:39 UTC; geyer
+Packaged: 2014-03-31 15:31:22 UTC; gmeeden
+NeedsCompilation: yes
 Repository: CRAN
-Date/Publication: 2012-03-21 07:59:39
+Date/Publication: 2014-03-31 19:12:35
diff --git a/MD5 b/MD5
@@ -1,4 +1,4 @@
-6dfb3163322449f6682c7b130ccabcd6 *DESCRIPTION
+25268d2f476215eb0fec68bbd8f1cd6c *DESCRIPTION
 c76df6367ec5ce07212d916fcc833e16 *NAMESPACE
 af205ca09fab4fe4f460b9c4348eb85d *R/checkconstr.R
 a24b9132c8639e5deaee307bc7fe9e23 *R/constrmat.R
@@ -14,11 +14,10 @@ a1a00e355ceb163ef53365bfca339836 *R/polyap.R
 2be02f772609a4f9913e4bf2a30c876d *R/probvect.R
 d2d0660f39acf21c1149c4945c4c8b48 *R/probvect1.R
 be39dcf61a777387307071ea97d954aa *R/wtpolyap.R
-102bd55bba8f8b4ea8c0e7c76a2ffb8d *inst/doc/Makefile
+30f2193ca2dbb76222b568e54fe03ba1 *build/vignette.rds
+6821e81a4d0275f699002ea4158cacca *inst/doc/pp1.R
 134ca7abd4d89854e6f9a5e4c4e57ff5 *inst/doc/pp1.Rnw
 60cf84f029be4a5325c1528e9e60e3ec *inst/doc/pp1.pdf
-806f3ce1d990b0032ff600dbc273a15c *inst/doc/pp1.tex
-4388f62ae698c61d4700c06f5e555ecc *inst/doc/ref.bib
 3b716132aa2bd8685f02914ffd67b2c1 *man/constrppmn.Rd
 bfe800f8e58196f92238b7c95ea743a1 *man/constrppprob.Rd
 5b6324e86f7901e956c84d1c78909919 *man/feasible.Rd
@@ -27,3 +26,5 @@ f3306aed9f43d4ce80ac07816b69a2ed *man/wtpolyap.Rd
 acc74c55459b9a9eeec62c095169c1cb *src/cwpolya.c
 d067003129a24718720d6524880cdf08 *src/means.c
 3210d9b6a13447a22754e5819e7cb2dc *src/probvect.c
+134ca7abd4d89854e6f9a5e4c4e57ff5 *vignettes/pp1.Rnw
+4388f62ae698c61d4700c06f5e555ecc *vignettes/ref.bib
diff --git a/build/vignette.rds b/build/vignette.rds
diff --git a/inst/doc/Makefile b/inst/doc/Makefile
diff --git a/inst/doc/pp1.R b/inst/doc/pp1.R
@@ -0,0 +1,148 @@
+### R code from vignette source 'pp1.Rnw'
+### Encoding: UTF-8
+
+###################################################
+### code chunk number 1: expp1
+###################################################
+set.seed(313)
+library(polyapost)
+ysamp<-c(0,1)
+K<-10-2
+polyap(ysamp,K)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 2: expp2
+###################################################
+y<-rgamma(500,5)
+mean(y)
+samp<-sample(1:500,25)
+ysamp<-y[samp]
+mean(ysamp)
+K<-500-25
+simmns<-rep(0,10)
+for(i in 1:10){simmns[i]<-mean(polyap(ysamp,K))}
+round(simmns,digits=2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 3: expp3
+###################################################
+x<-sort(rgamma(500,10))
+y<-rnorm(500,20 + 2*x,3)
+cor(x,y)
+mean(y)
+mnx<-mean(x)
+mnx
+
+
+###################################################
+### code chunk number 4: exp3.2
+###################################################
+samp<-sort(c(sample(1:250,8),sample(251:500,17)))
+ysamp<-y[samp]
+xsamp<-x[samp]
+mean(ysamp)
+mean(xsamp)
+A1<-rbind(rep(1,25),c(rep(1,8),rep(0,17)))
+b1<-c(1,0.5)
+A2<-rbind(xsamp,-diag(25))
+b2<-c(10.0,rep(0,25))
+A3<-matrix(xsamp,1,25)
+b3<-9.7
+
+
+###################################################
+### code chunk number 5: exp3.4
+###################################################
+eps<-0.001
+initsol<-feasible(A1,A2,A3,b1,b2,b3,eps)
+initsol[c(3,9,25)]
+
+
+###################################################
+### code chunk number 6: exp3.6
+###################################################
+burnin<-1
+reps<-200001
+out<-constrppmn(A1,A2,A3,b1,b2,b3,initsol,reps,ysamp,burnin)
+mean(out[[1]])
+
+
+###################################################
+### code chunk number 7: figstrat
+###################################################
+plot(out[[1]][seq(1,200001,by=200)])
+#plot(out[[1]])
+
+
+###################################################
+### code chunk number 8: exp3.7
+###################################################
+out[[2]] 
+out[[3]] 
+
+
+###################################################
+### code chunk number 9: exp3.8
+###################################################
+A1<-rbind(rep(1,25))
+A2<--diag(25)
+b1<-1
+b2<-rep(0,25)
+initsol<-rep(0.04,25)
+reps<-1000001
+out<-constrppmn(A1,A2,NULL,b1,b2,NULL,initsol,reps,ysamp,burnin)
+mean(out[[1]])
+subseq<-seq(1,1000001,by=1000)
+mean(out[[1]][subseq])
+sqrt(var(out[[1]][subseq]))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 10: figcprs
+###################################################
+plot(out[[1]][subseq])
+#plot(out[[1]])
+
+
+###################################################
+### code chunk number 11: exp3.9
+###################################################
+K<-500-25
+simmns<-rep(0,1000)
+for(i in 1:1000){
+       simmns[i]<-mean(polyap(ysamp,K))
+}
+mean(simmns)
+sqrt(var(simmns))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 12: fig:prs
+###################################################
+plot(simmns)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 13: exp4
+###################################################
+A1<-rbind(rep(1,6),1:6)
+A2<-rbind(c(2,5,7,1,10,8),diag(-1,6))
+A3<-matrix(c(1,1,1,0,0,0),1,6)
+b1<-c(1,3.5)
+b2<-c(6,rep(0,6))
+b3<-0.45
+initsol<-rep(1/6,6)
+out<-constrppprob(A1,A2,A3,b1,b2,b3,initsol,2000,5)
+round(out,digits=5)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 14: exp5
+###################################################
+ysamp<-c(1,2,3)
+wts<-c(1,2,3)
+wtpolyap(ysamp,wts,25)
+
+