Encoding des heures evenements (clampage, declampage)

[Karinehoo]

No description provided.

[armgilles]

Suite à une analyse préliminaire, il semble qu'un certains nombres de patients n’ait pas données pour Heure_declampage_cote1 ou Heure_declampage_cote2.

Questions ?

• Est-ce c'est normal si un patient n'a pas de données dans Heure_declampage_cote2 mais une heure indiquée dans Heure_declampage_cote1 (une seule transplantation ) ?

• Est-ce possible qu'un patient n'ait aucune heure de déclampage renseigné ?

Ci-dessous l'image des patients

@mleguenD4G @martindaniel4

[martindaniel4]

@armgilles Tu as combien de patients pour lesquels tu n'as pas de heure_declampage_cote2 ?

@julienfessler, @mleguenD4G - y a t il une variable qu'on peut utiliser pour savoir s'il s'agit d'une opération avec un seul poumon?

[armgilles]

@martindaniel4

• Sur les données statiques, j'ai 7 patient qui n'ont pas de heure_declampage_cote2

[ 47, 154, 242, 278, 358, 371, 381]

• Sur les données statique + dynamique (merge entre les deux), j'ai 5 patients :

[ 47, 358, 381, 371, 154]

À noter que certains patients n'ont pas de données dynamiques; 394 patients uniques dans les données dynamiques VS 410 patients uniques en données statiques

[martindaniel4]

Ah ouf c'est pas énorme. Tu n'as pas d'autres heures incohérentes?

Pour la différence entre nombre de patients static vs dynamiques, c'est attendu (cf comment de Morgan hier)

[armgilles]

Non pour l'instant j'ai que ça. Si je vois d'autres choses, je reviens par ici ;)

[armgilles]

@Max-Pol @martindaniel4

Est ce que ça vous va ce type de features pour savoir si on à déjà effectué un déclampage ?

• is_done_declampage_cote1 :

  • 0 - pas de declampage_cote1
  • 1 - declampage éffectué pour declampage_cote1

• is_done_declampage_cote2 :

  • 0 - pas de declampage_cote2
  • 1 - declampage éffectué pour declampage_cote2

Par exemple pour le patient n°1, son 1er declampage à eu lieu à 7h20

puis le second declampage à 9h08 :

Dites moi ce que vous en pensez ?

[martindaniel4]

Yes, ca me parait bien! @armgilles

détail pour le nom, est ce que c'est pas un peu plus simple declampage_cote2_done vs is_done_declampage_cote2 ?

[armgilles]

+1 pour le naming.

[martindaniel4]

Tu l'intégres ensuite dans get_dynamic de la classe Dataset? https://github.com/dataforgoodfr/batch_5_transplant/blob/master/transplant/data/dataset.py#L58

[armgilles]

Hum c'est une bonne question...

J'ai besoin des données statiques pour avoir les heures de declampage. Le problème c'est que ces données sont supprimé dans get_static à ce niveau. Je ne peux donc pas les obtenir dans get_dynamic.

• Idée 1 : revoir get_static & get_dynamic pour permettre de faire ce features engi
• idée 2 : faire une fonction indépendante qui sera call à la fin de get_dynamic pour les dateframes train& test par ici je pense et qui chargera les données statiques pour les merge.
• Autres idées ?

[martindaniel4]

@armgilles pourquoi tu ne récupères pas le df_static avec:

df_static = pd.read_csv(PATH_STATIC_CLEAN)

[armgilles]

J'ai trouvé des erreurs dans mon codes actuellement. Si la personne arrive tard dans la journée au bloc. La fonction actuelle mettra toujours 1 dans declampage_cote1_done & declampage_cote2_done

Exemple patient 245 :

La date du 1er déclampage est à 05h07 le 2016-02-03 (et non le 2016-02-02).

Le problème vient du faite que l'on uniquement dans les données statique l'heure du déclampage et non la date entière (année mois jours) alors que certaine opération sont sur 2 jours.

WIP

[armgilles]

Le problème lié au patient 245 est fix avec 3e31a76

Je recherche maintenant la date de début d'opération (données statiques) et la condition pour la création des Heure_declampage_coteest maintenant plus contraignante (ici).

Par contre, cela ouvre de nouveaux problèmes...

• Certains patients n'ont pas d'heure de début d'opération heure_arrivee_bloc
• Un patient (227) à une date d'opération supérieur au données dynamiques

Absence d'heure de début d'opération :

Dans les données statiques :

Mauvaise date de début d'opération :

le Patient 227 à un début de date d'opération le 2015-10-19 22:28:00 mais ses données dynamiques temporelles s'arrête le 2015-10-19 16:11:00 ce qui provoque une mauvaise création de données pour declampage_cote1_done & declampage_cote2_done

On va y arriver à force ! 👍

[mleguenD4G]

du retard ce soir je pourrais avoir les BIS mansuant pour samedi si cela allait pouvez vous me donner les numéros - je ne retrouve pas l'issue morgan Dr Morgan Le Guen Anesthésiste-Réanimateur Hôpital Foch, Suresnes DECT: + 33 1 46 25 29 98 tél: + 33 1 46 25 24 33 -----GILLES Armand <notifications@github.com> a écrit : ----- A : dataforgoodfr/batch_5_transplant <batch_5_transplant@noreply.github.com>De : GILLES Armand <notifications@github.com>Date : 10/01/2019 15:00Cc: mleguenD4G <m.leguen@hopital-foch.org>, Mention <mention@noreply.github.com>Objet : Re: [dataforgoodfr/batch_5_transplant] Encoding des heures evenements (clampage, declampage) (#56) @Max-Pol @martindaniel4 Est ce que ça vous va ce type de features pour savoir si on à déjà effectué un déclampage ? is_done_declampage_cote1 : 0 - pas de declampage_cote1 1 - declampage éffectué pour declampage_cote1 is_done_declampage_cote2 : 0 - pas de declampage_cote2 1 - declampage éffectué pour declampage_cote2 Par exemple pour le patient n°1, son 1er declampage à eu lieu à 7h20 puis le second declampage à 9h08 : Dites moi ce que vous en pensez ? —You are receiving this because you were mentioned.Reply to this email directly, view it on GitHub, or mute the thread.

[mleguenD4G]

pour répondre concernant les horaires déclampages

• patient 47, 154, 242, 278, 371, 381: 1 seul poumon --> la décision se prend donc de façon identique à partir du déclampage 1
• patient 371; horaire du déclampage 02:10
• patient 358: déclampage 1: 19:30 / déclampage 2: 21:40

[mleguenD4G]

pour les horaires de début:
dès qu'ils entrent ils sont en dynamique car on pose immédiatement des électrodes qui enregistrent la fréquence cardiaque…. en principe l'horaire de début de la base statique doit coincider à la minute près avec le début de la base dynamique