La Bioinformática Estructural se ocupa del estudio de la estructura molecular de proteínas y ácidos nucleicos con el fin de reconstruir su historia evolutiva e inferir sus posibles funciones. El objetivo de este material es ayudar a comprender las diferentes estrategias y algoritmos que se utilizan habitualmente con este fin. El curso no incluye la disección formal de la eficiencia de cada algoritmo; en cambio, se apoya en validaciones empíricas publicadas en la literatura para describir los puntos fuertes y débiles de las diferentes estrategias. Solamente conociendo cómo funcionan estos algoritmos podremos elegir los más apropiados para cada problema y evaluar de manera crítica los resultados obtenidos.
Tras un breve repaso de fundamentos bioquímicos, este material presenta algunos algoritmos básicos, en su mayoria heurísticos, plantea problemas y estrategias para resolverlos. A lo largo del curso encontraréis referencias a artículos que profundizan sobre aspectos particulares de cada tema, junto con ejemplos que a veces requieren de ciertos conocimientos de programación (en Perl y Python). Los enlaces al código fuente en el texto tienen un formato distinto: [fuente: prog3.1.py]
Este curso creció como material didáctico de la Licenciatura en Ciencias Genómicas-UNAM desde 2008 hasta 2019. En 2022 lo actualicé para añadir el capítulo de AlphaFold.
Agradezco a los alumnos por sus comentarios para mejorarlo, a M.Medina, J.Fernández-Recio y A.Pascual-García por participar en el proceso de revisión abierta por pares para Digital.CSIC en 2018, y a la Fundación ARAID por el apoyo.
Puedes descargar este material en formato PDF en Digital.CSIC y navegarlo en http://eead-csic-compbio.github.io/bioinformatica_estructural.
Este contenido se mantiene en el repositorio https://github.com/eead-csic-compbio/bioinformatica_estructural, que incluye código fuente dentro de la carpeta code.
Puedes citarlo como:
Contreras-Moreira B (2018) Algoritmos en bioinformática estructural. Edición 2022. doi:10.20350/digitalcsic/8544
@book{
Author = {Contreras-Moreira, Bruno},
Title = {Algoritmos en bioinform\'{a}tica estructural},
Publisher = {Digital.CSIC},
Edition = {2022},
Year = {2018},
url="https://doi.org/10.20350/digitalcsic/8544",
doi = "10.20350/digitalcsic/8544"
}
Si tuviese que recomendar un libro de texto como acompañamiento para este material sería posiblemente Structural Bioinformatics: An Algorithmic Approach.
En español, el compendio Bioinformática con Ñ tiene varios capítulos que pueden ser muy buen complemento para este material, varios de ellos citados en el texto.
En el blog de nuestro laboratorio también tratamos frecuentemente estos temas: https://bioinfoperl.blogspot.com/