When pasting Extended SMILES structure with stereochemistry there are two &1 centers instead of an ABS and an &1

[Zhirnoff]

Steps to Reproduce

1. Open Ketcher
2. Paste structure C[C@@H]1[C@H](C)C(C2O[C@](F)(C)[C@]2(C)C)CN1 |&1:1,a:2,o1:7,10,r|
3. Look at structure
   Note: If you delete 'r' from pasting file it is pasting correct with one &1 centers and an ABS

Expected behavior
There are one &1 centers and an ABS

Actual behavior
There are two &1 centers

Indigo/Bingo version
Version 1.10.0-rc.6.0-g43355840b-wasm32-wasm-clang-13.0.0

#184720789

[AlexanderSavelyev]

by extended smiles specification the r flag
The Absolute label, also known as the MDL "Chiral flag", is the default configuration and is not marked in the CXSMILES string. The absence of the Absolute label is denoted by "r"; this corresponds to the relative configuration in the MDL Original Stereochemical Representation

so the current behavior is correct only for the case if the center is not defined
Another question is for the "ignore-no-chiral-flag" is True then there should be ABS flag for unspecified center
so the issue should be for the option

indigo.setOption("ignore-no-chiral-flag", True)

[Wadym]

after implementing 'r' and 'ignore_no_chiral_flag' serialize_check.py test fails.
Differences in test outputs:

[Wadym]

Added dif file for discussion
serialize_check.py.diff.txt
`- C1(C(C/C=C%91/[11CH]%92[10CH3])C@@HC@@H14N[C@H]1C(C@(C)O)PC1C2C3C45C67C(C89CC%10%11C%128C8%13C%14%15C%16C%108C(CCC8%16CCC8%14CC8CCC%10%14CC%16CC%17C%18C%19%20C%21%22C%23C%24C%13(C%12%23C96C%217C6%19C43C(CC2)CC(C%186)CC%17)C2%15C8C%102C%22%24C%20%14%16)C%11)C5C1)C.C*(C).[:2]%92[15CH]%92%93.[:1]%92.[:5]%93.C(=[C@]=CC)C(C=[C@@]=CC)=[C@]=C(C)O.C(=[C@]=C(O)C)(C)S.C(=[C@@]=C(O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(C(C(C(C(CN)N)C)C1C=CC=NC=1)C)N)(C)S.C12C=C3N+C.[O+]1(C=CC=C1)C.C1C=COBC=1.C1CCC=CC=CC=CC=CC=CC=CC=1.S1C(C#CC)NCC#C1.[W+5].[W-5].C(=C=C(O)C)(C)S.[Ag].[3HH].[Ar].[Xe].[Mn].[Zn].[Cu].B.[Kr].[Pd].[Rn].[Pt].[Cd].[HH].[LiH].[NaH].[KH].[RbH].[CsH].[Sc].[Y].[La].[Ce].[Tb].[Th].[Bk].[2HH].[Be].[Mg].[Ca].[Sr].[Ba].[Ti].[Zr].[Hf].[Pr].[Dy].[Pa].[Cf].[He].[Ne].[AlH3].[GaH3].[InH3].[TlH].[V].[Nb].[Ta].[Nd].[Ho].[U].[Es].[FrH].C.[SiH4].[GeH4].[SnH2].[PbH2].[Cr].[Mo].[W].[Pm].[Er].[Np].[Fm].[Ra].N.P.[AsH3].[SbH3].[BiH3].[Fe].[Tc].[Re].[Sm].[Tm].[Pu].[Md].[Ac].O.S.[SeH2].[TeH2].[PoH2].[Ni].[Ru].[Os].[Eu].[Yb].[Am].[No].[Rf].F.Cl.Br.I.[AtH].[Co].[Rh].[Ir].[Gd].[Lu].[Cm].[Lr].[Hg].[Au].[*:1]%91 |c:316,320,324,t:318,322,326,w:1,o1:7,21,o2:26,&1:27,36,38,r,^4:32,^1:33,^3:34,$;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;SDF;;SDF;_R2;;_R1;_R5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;_AP1$,ha:1,2,19,22,23,24,29,31,36,37,39,hb:6,7,18,20,23,25,35,36,300,325,Sg:n:110,109,111:n:eu|

• C1(C(C/C=C%91/[11CH]%92[10CH3])C@@HC@@H14N[C@H]1C(C@(C)O)PC1C2C3C45C67C(C89CC%10%11C%128C8%13C%14%15C%16C%108C(CCC8%16CCC8%14CC8CCC%10%14CC%16CC%17C%18C%19%20C%21%22C%23C%24C%13(C%12%23C96C%217C6%19C43C(CC2)CC(C%186)CC%17)C2%15C8C%102C%22%24C%20%14%16)C%11)C5C1)C.C*(C).[:2]%92[15CH]%92%93.[:1]%92.[:5]%93.C(=[C@]=CC)C(C=[C@@]=CC)=[C@]=C(C)O.C(=[C@]=C(O)C)(C)S.C(=[C@@]=C(O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(C(C(C(C(CN)N)C)C1C=CC=NC=1)C)N)(C)S.C12C=C3N+C.[O+]1(C=CC=C1)C.C1C=COBC=1.C1CCC=CC=CC=CC=CC=CC=CC=1.S1C(C#CC)NCC#C1.[W+5].[W-5].C(=C=C(O)C)(C)S.[Ag].[3HH].[Ar].[Xe].[Mn].[Zn].[Cu].B.[Kr].[Pd].[Rn].[Pt].[Cd].[HH].[LiH].[NaH].[KH].[RbH].[CsH].[Sc].[Y].[La].[Ce].[Tb].[Th].[Bk].[2HH].[Be].[Mg].[Ca].[Sr].[Ba].[Ti].[Zr].[Hf].[Pr].[Dy].[Pa].[Cf].[He].[Ne].[AlH3].[GaH3].[InH3].[TlH].[V].[Nb].[Ta].[Nd].[Ho].[U].[Es].[FrH].C.[SiH4].[GeH4].[SnH2].[PbH2].[Cr].[Mo].[W].[Pm].[Er].[Np].[Fm].[Ra].N.P.[AsH3].[SbH3].[BiH3].[Fe].[Tc].[Re].[Sm].[Tm].[Pu].[Md].[Ac].O.S.[SeH2].[TeH2].[PoH2].[Ni].[Ru].[Os].[Eu].[Yb].[Am].[No].[Rf].F.Cl.Br.I.[AtH].[Co].[Rh].[Ir].[Gd].[Lu].[Cm].[Lr].[Hg].[Au].[*:1]%91 |c:316,320,324,t:318,322,326,w:1,o1:7,21,o2:26,a:27,36,&1:38,r,^4:32,^1:33,^3:34,$;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;SDF;;SDF;_R2;;_R1;_R5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;_AP1$,ha:1,2,19,22,23,24,29,31,36,37,39,hb:6,7,18,20,23,25,35,36,300,325,Sg:n:110,109,111:n:eu|

• C1(C(C/C=C%91/[11CH]%92[10CH3])C@@HC@@H14N[C@H]1C(C@(C)O)PC1C2C3C45C67C(C89CC%10%11C%128C8%13C%14%15C%16C%108C(CCC8%16CCC8%14CC8CCC%10%14CC%16CC%17C%18C%19%20C%21%22C%23C%24C%13(C%12%23C96C%217C6%19C43C(CC2)CC(C%186)CC%17)C2%15C8C%102C%22%24C%20%14%16)C%11)C5C1)C.C*(C).[:2]%92[15CH]%92%93.[:1]%92.[:5]%93.C(=[C@]=CC)C(C=[C@@]=CC)=[C@]=C(C)O.C(=[C@]=C(O)C)(C)S.C(=[C@@]=C(O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(C(C(C(C(CN)N)C)c1ccc[n]c1)C)N)(C)S.c12cc3n+C.[o+]1(cccc1)C.c1cco[bH]c1.C1CCC=CC=CC=CC=CC=CC=CC=1.S1C(C#CC)NCC#C1.[W+5].[W-5].C(=C=C(O)C)(C)S.[Ag].[3HH].[Ar].[Xe].[Mn].[Zn].[Cu].B.[Kr].[Pd].[Rn].[Pt].[Cd].[HH].[LiH].[NaH].[KH].[RbH].[CsH].[Sc].[Y].[La].[Ce].[Tb].[Th].[Bk].[2HH].[Be].[Mg].[Ca].[Sr].[Ba].[Ti].[Zr].[Hf].[Pr].[Dy].[Pa].[Cf].[He].[Ne].[AlH3].[GaH3].[InH3].[TlH].[V].[Nb].[Ta].[Nd].[Ho].[U].[Es].[FrH].C.[SiH4].[GeH4].[SnH2].[PbH2].[Cr].[Mo].[W].[Pm].[Er].[Np].[Fm].[Ra].N.P.[AsH3].[SbH3].[BiH3].[Fe].[Tc].[Re].[Sm].[Tm].[Pu].[Md].[Ac].O.S.[SeH2].[TeH2].[PoH2].[Ni].[Ru].[Os].[Eu].[Yb].[Am].[No].[Rf].F.Cl.Br.I.[AtH].[Co].[Rh].[Ir].[Gd].[Lu].[Cm].[Lr].[Hg].[Au].[*:1]%91 |c:316,320,324,t:318,322,326,w:1,o1:7,21,o2:26,&1:27,36,38,r,^4:32,^1:33,^3:34,$;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;SDF;;SDF;_R2;;_R1;_R5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;_AP1$,ha:1,2,19,22,23,24,29,31,36,37,39,hb:6,7,18,20,23,25,35,36,300,325,Sg:n:110,109,111:n:eu|

• C1(C(C/C=C%91/[11CH]%92[10CH3])C@@HC@@H14N[C@H]1C(C@(C)O)PC1C2C3C45C67C(C89CC%10%11C%128C8%13C%14%15C%16C%108C(CCC8%16CCC8%14CC8CCC%10%14CC%16CC%17C%18C%19%20C%21%22C%23C%24C%13(C%12%23C96C%217C6%19C43C(CC2)CC(C%186)CC%17)C2%15C8C%102C%22%24C%20%14%16)C%11)C5C1)C.C*(C).[:2]%92[15CH]%92%93.[:1]%92.[:5]%93.C(=[C@]=CC)C(C=[C@@]=CC)=[C@]=C(C)O.C(=[C@]=C(O)C)(C)S.C(=[C@@]=C(O)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(C(C(C(C(CN)N)C)c1ccc[n]c1)C)N)(C)S.c12cc3n+C.[o+]1(cccc1)C.c1cco[bH]c1.C1CCC=CC=CC=CC=CC=CC=CC=1.S1C(C#CC)NCC#C1.[W+5].[W-5].C(=C=C(O)C)(C)S.[Ag].[3HH].[Ar].[Xe].[Mn].[Zn].[Cu].B.[Kr].[Pd].[Rn].[Pt].[Cd].[HH].[LiH].[NaH].[KH].[RbH].[CsH].[Sc].[Y].[La].[Ce].[Tb].[Th].[Bk].[2HH].[Be].[Mg].[Ca].[Sr].[Ba].[Ti].[Zr].[Hf].[Pr].[Dy].[Pa].[Cf].[He].[Ne].[AlH3].[GaH3].[InH3].[TlH].[V].[Nb].[Ta].[Nd].[Ho].[U].[Es].[FrH].C.[SiH4].[GeH4].[SnH2].[PbH2].[Cr].[Mo].[W].[Pm].[Er].[Np].[Fm].[Ra].N.P.[AsH3].[SbH3].[BiH3].[Fe].[Tc].[Re].[Sm].[Tm].[Pu].[Md].[Ac].O.S.[SeH2].[TeH2].[PoH2].[Ni].[Ru].[Os].[Eu].[Yb].[Am].[No].[Rf].F.Cl.Br.I.[AtH].[Co].[Rh].[Ir].[Gd].[Lu].[Cm].[Lr].[Hg].[Au].[*:1]%91 |c:316,320,324,t:318,322,326,w:1,o1:7,21,o2:26,a:27,36,&1:38,r,^4:32,^1:33,^3:34,$;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;SDF;;SDF;_R2;;_R1;_R5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;_AP1$,ha:1,2,19,22,23,24,29,31,36,37,39,hb:6,7,18,20,23,25,35,36,300,325,Sg:n:110,109,111:n:eu|