sivirep: Generación automatizada de reportes a partir de bases de datos de vigilancia epidemiológica

La versión actual de sivirep 0.0.9 proporciona funciones para la manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados en las bases de datos individualizadas de casos de SIVIGILA, que es el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.

Motivación

América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, SIVIGILA. Este sistema está regulado por el Instituto Nacional de Salud de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos.

Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de los informes epidemiológicos. Estas tareas pueden requerir una gran cantidad de trabajo manual debido a limitaciones en el entrenamiento para el análisis de datos, el tiempo que se requiere invertir, la tecnología y la calidad del acceso a internet en algunas regiones de Colombia.

El objetivo de sivirep es proporcionar un conjunto de herramientas para:

1. Descargar, preprocesar y preparar los datos de SIVIGILA para su posterior análisis.
2. Generar informes epidemiológicos automatizados adaptables al contexto.
3. Proporcionar retroalimentación sobre el sistema de vigilancia al proveedor de la fuente de datos.

sivirep esta desarrollado por la Pontificia Universidad Javeriana como parte de la iniciativa Epiverse.

Potenciales usuarios

• Profesionales de salud pública y de epidemiología de campo que utilizan la fuente de datos de SIVIGILA a nivel local.
• Estudiantes del área de la salud y epidemiología.
• Investigadores y analistas de datos a nivel nacional e internacional.

Versiones futuras

Las versiones futuras de sivirep podrían incluir:

• Interacción con otras fuentes de datos en Colombia.
• Otros sistemas de vigilancia epidemiológica en América Latina.

Contribuciones

Las contribuciones son bienvenidas via pull requests.

Los contribuyentes al paquete incluyen:

Autores: Geraldine Gómez-Millán y Zulma M. Cucunubá

Contribuyentes: Hugo Gruson, Juanita Romero-Garcés, Andrés Moreno, Miguel Gámez, Jennifer Méndez-Romero, Claudia Huguett-Aragón, Laura Gómez-Bermeo, Johan Calderón, Lady Flórez-Tapiero, Verónica Tangarife-Arredondo y Gerard Alarcon

Código de conducta

Por favor, ten en cuenta que el proyecto sivirep se publica con un Código de Conducta para Contribuyentes. Al contribuir a este proyecto, aceptas cumplir con sus términos.

Instalación

Puedes instalar la versión de desarrollo de sivirep desde GitHub con el siguiente comando:

install.packages("pak")
pak::pak("epiverse-trace/sivirep")

Inicio rápido

Puedes iniciar importando el paquete después de finalizada su instalación con el siguiente comando:

library(sivirep)

Puedes revisar las enfermedades y los años disponibles para su descarga de forma libre utilizando:

lista_eventos <- list_events()
knitr::kable(lista_eventos)

	enfermedad	aa
1	Accidente Ofídico	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
2	Agresiones Por Animales Potencialmente Transmisores De Rabia	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
3	Anomalías Congénitas	2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
4	Bajo Peso Al Nacer	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
5	Cáncer De La Mama Y Cuello Uterino	2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021
6	Cáncer Infantil	2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
7	Chagas	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
8	Chikunguya	2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
9	Dengue	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
10	Dengue Grave	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
11	Esi - Irag (Vigilancia Centinela)	2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
12	Evento Adverso Grave Posterior A La Vacunación	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
13	Exposición A Flúor	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019
14	Fiebre Amarilla	2007, 2008, 2009, 2013, 2016, 2018
15	Fiebre Tifoidea Y Paratifoidea	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
16	Hepatitis A	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
17	Hepatitis B, C Y Coinfección Hepatitis B Y Delta	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
18	Hepatitis C	2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
19	Hipotiroidismo Congénito	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
20	Infección Respiratoria Aguda Grave Irag Inusitada	2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
67	Intento De Suicidio
21	Intoxicación Por Gases	2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
22	Intoxicación Por Medicamentos	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
23	Intoxicación Por Metales Pesados	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
24	Intoxicación Por Metanol	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
25	Intoxicación Por Otras Sustancias Químicas	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
26	Intoxicación Por Plaguicidas	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
27	Intoxicación Por Solventes	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
28	Intoxicación Por Sustancias Psicoactivas	2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
29	Leishmaniasis Cutánea	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
30	Leishmaniasis Mucosa	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
31	Leishmaniasis Visceral	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
32	Lepra	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
33	Leptospirosis	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
34	Lesiones Por Pólvora Y Explosivos	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014
35	Leucemia Aguda Pediátrica Linfoide	2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
36	Leucemia Aguda Pediátrica Mieloide	2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
66	Malaria
37	Malaria Asociada (Formas Mixtas)	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
38	Malaria Complicada	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
39	Malaria Falciparum	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
40	Malaria Vivax	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
41	Meningitis Bacteriana Y Enfermedad Meningocócica	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
42	Meningitis Meningocócica	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
43	Meningitis Por Haemophilus Influenzae	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
44	Meningitis Por Neumococo	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
45	Meningitis Tuberculosa	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
46	Morbilidad Por Eda	2013, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
47	Morbilidad Por Ira	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
48	Mortalidad Materna	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
49	Mortalidad Perinatal Y Neonatal Tardía	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
50	Mortalidad Por Dengue	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
51	Mortalidad Por Desnutrición	2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
52	Mortalidad Por Eda 0-4 Años	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
53	Mortalidad Por Ira	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
54	Parotiditis	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
55	Rabia Humana	2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2015, 2016, 2017, 2020
56	Sarampión	2011, 2012, 2013, 2015, 2018, 2019, 2020
57	Tétanos Accidental	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
58	Tétanos Neonatal	2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
59	Tos Ferina	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
60	Tracoma	2017, 2018, 2019, 2022
61	Tuberculosis Extra Pulmonar	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
62	Tuberculosis Farmacorresistente	2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
63	Tuberculosis Pulmonar	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
64	Varicela Individual	2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
65	Vigilancia En Salud Pública De La Violencia De Género E Intrafamiliar	2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
68	Zika

Reporte automatizado

Actualmente, sivirep provee una plantilla de reporte llamada Reporte Básico {sivirep}, la cual recibe los siguientes parámetros de entrada: el nombre de la enfermedad, el año, el nombre de departamento (opcional) y nombre del municipio (opcional) para descargar los datos de la fuente de SIVIGILA.

Para hacer uso de la plantilla del reporte puedes seguir los siguientes pasos:

El reporte que obtendrás al utilizar la plantilla de sivirep es este:

Si deseas generar el reporte en formato PDF debes instalar LateX. Puedes instalarlo siguiendo las instrucciones que se encuentran en R Markdown Cookbook.