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イントロダクション

1日目です。方針を説明したり、vg を使う準備をしたりします。

方針

  • ゲノムグラフを扱うツールはいくつかありますが、基本的にはvg コマンドの紹介とその出力を理解するために必要な知識の説明です。
  • 2019年11月の最新のバージョン(v.1.20.0)の vg は合わせて59個ものサブコマンド群から構成されています。すべては紹介できないので、経験上動かす頻度が高そうなサブコマンドを中心に紹介します。
  • ゲノムグラフ研究会のリポジトリにおいてありますが、ほぼワンオペです。時々、助っ人が登場します。
  • ゲノムグラフ研究会の資料の蓄積があるため、いい感じの資料がある場合はそこへのリンクを貼ってすませます。
  • 紹介する前のコマンドを断りなしに使うことがあるかもしれません。
  • Done is better than perfect.

ゲノムグラフとは？

などを参考にしてください。

vgをMacにインストールする

まずは、vgを手元で動かせるようにします。

Linuxだとビルド済みのstatic binaryが置いてあるので、それをダウンロードして実行権限をつければいいのですが、MacだとREADME.mdに

Note that static binaries cannot yet be built for Mac.

と書いてあるので、頑張ってビルドするところから始めます。(Dockerコンテナを動かすならビルドしなくてOK)

使用するデバイスに関する情報

パソコンのスペック

MacBook Pro (13-inch, 2017, Two Thunderbolt 3 ports)
プロセッサ 2.5 GHz Intel Core i7
メモリ 16 GB 2133 MHz LPDDR3

OS

macOS Mojave 10.14.6（18G103）

コンパイラ

$ clang -v
Apple LLVM version 10.0.1 (clang-1001.0.46.4)
Target: x86_64-apple-darwin18.7.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin

vgのビルド

まずはソースコードを取得する

wget https://github.com/vgteam/vg/releases/download/v1.20.0/vg-v1.20.0.tar.gz
tar xfvz vg-v1.20.0.tar.gz
cd vg-v1.20.0

続いて、お清めの時間

brew bundle
export PATH="/usr/local/opt/coreutils/libexec/gnubin:/usr/local/bin:$PATH"
brew link bison --force
export LIBTOOL=glibtool
export LIBTOOLIZE=glibtoolize
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH

ようやくビルド。そこそこ時間がかかります。

. ./source_me.sh
make -j 4

だいたい20分くらいで終了。ビルドが終わったら、動かしてみましょう。

./bin/vg
vg: variation graph tool, version not-from-git

usage: ./bin/vg <command> [options]

main mapping and calling pipeline:
  -- construct     graph construction
  -- index         index graphs or alignments for random access or mapping
  -- map           MEM-based read alignment
  -- augment       augment a graph from an alignment
  -- pack          convert alignments to a compact coverage index
  -- call          call or genotype VCF variants
  -- help          show all subcommands

For more commands, type `vg help`.
For technical support, please visit: https://www.biostars.org/t/vg/

うまくビルドできたようです。

今回は運良く一発で通りましたが、だいたいは◯◯というライブラリが足りない、bisonのバージョンが古いなどと怒られるので、その度に修正して、makeして、を繰り返します。

忍耐が求められます。。

今後

を使うので、手を動かしたい場合はあらかじめインストールしておいてください。

明日はファイルフォーマットの説明をします。

おまけ：エラー集

昔の記憶をたどったり、他の人にビルドしてもらって出てきたエラーをまとめます。

bisonのバージョンが古いと言われる

エラーの例↓

CMake Error at /usr/local/Cellar/cmake/3.15.5/share/cmake/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:137 (message):
  Could NOT find BISON: Found unsuitable version "2.3", but required is at
  least "3" (found /usr/bin/bison)
Call Stack (most recent call first):
  /usr/local/Cellar/cmake/3.15.5/share/cmake/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:376 (_FPHSA_FAILURE_MESSAGE)
  /usr/local/Cellar/cmake/3.15.5/share/cmake/Modules/FindBISON.cmake:296 (FIND_PACKAGE_HANDLE_STANDARD_ARGS)
  CMakeLists.txt:33 (FIND_PACKAGE)

解決策：vgteam/vg#1915

bisonにパスを通しましょう。

export PATH="/usr/local/opt/bison/bin:$PATH"

HomebrewでインストールしたC++ライブラリとコンパイラがバッティングする

clangを使いましょう。