vg-advent-calendar-2019

ゲノムグラフを扱うコマンドラインツール vg を紹介するアドベントカレンダーの記事を管理するリポジトリです。

読み方

2019年12月25日以降に訪れた人向けに読み方の提案です。

いずれにしてもビルドで躓くと思います。そのような情報はすごく価値があるので、IssuesなりPRなりでお知らせください。

ゲノムグラフ or vg を使ってやりたいことがある

• イントロを読む
• 索引でやりたいことを見つけて、そこに飛んでコマンドを動かしてみる
• 適宜フォーマット1、フォーマット2、vg view、vgでわからないことを調べるためにを参照してフォローする

やりたいことは特にないけど興味がある

• イントロを読む
• vgパイプラインを動かしてみる
  • vg construct
  • vg index
  • vg map
  • vg augment
  • vg pack
  • vg call
• 適宜フォーマット1、フォーマット2、vg viewを参照する

データ構造に興味がある

• フォーマット1のVGとGFAの項目を読む
• vg snarlsで参照している論文に飛ぶ
• ソースコードを読んで、vg snarlsの加筆・修正のPRを出す

アラインメントとかインデックスのアルゴリズムに興味がある

以下のページで参照している論文や資料に飛ぶ。もしくはソースコードを読む。

• vg index
• vg map
• vg prune
• vg msga