MKLでのエラー

[kokitsuyuzaki]

treefitがCRANから削除されているようです。
https://cloud.r-project.org/web/packages/treefit/index.html

原因は、test-treefit.Rでのcalculate_low_dimension_laplacian_eigenvectors()の出力が、ハードコードされた数値と異なるためだと思われます。
https://cran-archive.r-project.org/web/checks/2021/2021-03-29_check_results_treefit.html

おそらくBLASの実装がMKLかOpenBLASかで結果が変わっているのだと予想していますが、これら実装が違うと、固有ベクトルの符号が反転する場合があるのと、小数点以下何位かで値がずれてくるので、

treefit-r/tests/testthat/test-treefit.R

Lines 86 to 90 in 7ccd30e

	expect_equal(c(-0.44170765403093942281,
	-0.42532540417602071603,
	-0.39847023129619907333,
	-0.36180339887498919049),
	eigenvectors[1, ])

の部分は、例えば

  expect_equal(c(0.44170,
                 0.42532,
                 0.39847,
                 0.36180),
               abs(eigenvectors[1, ]))

treefit-r/tests/testthat/test-treefit.R

Lines 101 to 105 in 7ccd30e

	expect_equal(c(0.94948070,
	0.76344509,
	0.57019530,
	0.06708014),
	calculate_canonical_correlation(eigenvectors1, eigenvectors2))

の部分は、

  expect_equal(c(0.94948,
                 0.76344,
                 0.57019,
                 0.06708),
               calculate_canonical_correlation(eigenvectors1, eigenvectors2))

としてみてはいかがでしょうか。

[kou]

おぉ。。。
全然気づいていませんでした。。。
最後のcheckの日が2021-03-29ということはそのときから削除されていたということですよね。。。

その変更でよさそうな気がするのでpull requestにしてもらえますか！？

M1のMacでのCIも追加したいですが、GitHub Actionsではまだ使えないんですよねぇ。。。

[kokitsuyuzaki]

テスト部分だけを書き換えてPRしておきました。
R CMD CHECKや、バージョンの変更などはしてません。
特に問題なさそうであれば、CRANに再投稿をお願いします。
#2

[kou]

ありがとうございます！
R 4.1での確認とかもろもろやったらCRANに出しておきます！

[kou]

CRANにsubmitしました！
スムーズにいけば今週中にでも復活すると思います！
（機能追加はないのでCRANの環境でのテストが通りさえすればスムーズにいくはず。）

[kou]

復活しました！

https://cran.r-project.org/package=treefit