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Curated databases for the plants occurred in China

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helixcn/plantlist_data

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《中国植物名录数据库》数据的来源与校对要点

数据说明

本说明主要是介绍 plantlist程序包的 cnplants 数据的来源与使用注意事项。原始数据以xlsx格式保存,可在 https://github.com/helixcn/plantlist_data 下载。

该数据库整合了多个数据库,相应数据内容归原作者所有,在使用时请引用相应的文献。

下面是数据库的结构:2017-11-10的版本,共包含12个列,51751行。

各列分别为:

  1. SPECIES_CN 物种中文名: 主要参考《中国植物志》物种名录 http://frps.eflora.cn/

  2. SPECIES 物种学名: 主要参考 《中国植物志》物种名录 http://frps.eflora.cn/

  3. SPECIES_FULL 带命名人的学名: 主要参考 《中国植物志》物种名录 http://frps.eflora.cn/

  4. GENUS 属: 属名是从学名中提取的

  5. GENUS_CN: 中文属名: 被子植物主要参考刘冰等2015的论文, 其余类群均参考多识百科网站http://duocet.ibiodiversity.net/

  6. FAMILY_APGIII科名:

    a.被子植物参照APGIII 分类系统http://www.theplantlist.org/1.1/browse/-/-/

    b.裸子植物参照 Christenhusz et al, 2011a;

    c.蕨类植物参考 Christenhusz et al, 2011b;

    d.苔藓植物参考 The Plant List 网站 http://www.theplantlist.org/1.1/browse/-/-/

  7. FAMILY_CN 中文科名:被子植物主要参考刘冰等2015的论文, 其余类群均参考多识百科网站http://duocet.ibiodiversity.net/

  8. GROUP 所属类群:即苔藓、蕨类、裸子植物、被子植物

  9. IUCN_CHINA 中国物种IUCN红色名录的濒危等级: 主要参考 《中国生物多样性红色名录——高等植物卷 》

  10. ENDEMIC_TO_CHINA 是否为中国特有种: 主要参考《中国生物多样性红色名录——高等植物卷 》

  11. PROVINTIAL_DISTRIBUTION 省级分布: 主要参考(中国数字植物标本馆 CVH植物名称及分布数据库 34056条记录版本, 该数据现已不能访问)

  12. ALTITUDE 海拔分布范围: 主要参考(中国数字植物标本馆 CVH植物名称及分布数据库 34056条记录版本, 该数据现已不能访问)

不同数据库在处理过程中,分别使用中文名或者学名合并,不过一些物种学名中有拼写错误,中文名有错别字,还有部分种是同物异名或者同名异物,因此,在使用时应该十分小心。用CTPL2函数基于此数据生成的物种名录,应该严格校对, 风险应自行承担。

我们正在邀请志愿者对本数据进行进一步校对,如果您对校对该数据库有兴趣,请联系 jinlongzhang01@gmail.com, 我会考虑把您作为程序包的共同作者。

校对要点:

  1. 如果学名是重复的,则Excel会用红色自动标注。如果学名出现重复,最主要的原因是不同数据库的中文名不一致,这是由于在准备本表格的过程中,各条目主要是按照学名匹配的。例如 IUCN_CHINA和ENDEMIC_TO_CHINA 两列主要来源于《中国物种红色名录》,而该名录中物种的中文名错误较多,所以一般情况下这条应该删除。该条对应的IUCN_CHINA, ENDEMIC_TO_CHINA的状态(例如 无危(LC),以及是否中国特有) 应该移动到学名相同的另一条的对应位置。注意:删除一条记录时,必须整条删除,可以在最左侧点击行号,全选一行后,按DEL键删除整行内容,切勿使用鼠标右键>删除单元格,因为后者容易导致串行,损坏整个数据库。

  2. 物种中文名的错别字,需要一并检查。对于出现的繁体字、异体字应该替换成简体字,并尽量遵从《中国植物志》的写法。学名以及命名人缩写应该尽量与《中国植物志》http://frps.eflora.cn/ 为准。改正后,如果中文名有重复,只能保留最常用的一条中文名。

  3. 对于没有完整学名的物种(即SPECIES_FULL 为空), 要在《中国植物志》 http://frps.eflora.cn/ 先查询完整的学名。

  4. 黄色高亮部分为需要商议后采取措施的。需要逐条改正。如果是中文科名,则应该从GENUS一列删除。

  5. GROUP, IUCN_CHINA, ENDEMIC_TO_CHINA, PROVINTIAL_DISTRIBUTION, ALTITUDE 等几项, 如果没有数据,不必再补充。

参考文献:

  • 多识团队. (2016至今). 多识植物百科. http://doucet.ibiodiversity.net/.

  • 刘冰, 叶建飞, 刘夙, 汪远, 杨永, 赖阳均, 曾刚,林秦文. (2015). 中国被子植物科属概览: 依据 APG III 系统. 生物多样性, 23(2), 225-231.

  • 中华人民共和国生态环境部、中国科学院公告 (2013) 《中国生物多样性红色名录-高等植物卷》http://www.mee.gov.cn/gkml/hbb/bgg/201309/t20130912_260061.htm

  • Christenhusz, M., Zhang, X. C., and Schneider, H. (2011a). A linear sequence of extant families and genera of lycophytes and ferns. Phytotaxa. 19:7-54

  • Christenhusz, M., Reveal, J., Farjon, A., Gardner, M. F., Mill, R. R., and Chase, M. W. (2011b). A new classification and linear sequence of extant gymnosperms. Phytotaxa. 19:55-70

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