GitHub - hermanzhaozzzz/snakepipes_RNA-seq

https://github.com/hermanzhaozzzz/snakepipes_fastqc-multiqc 先跑质控流程，主要是看看需不需要trim 5‘ 端的不稳定序列和3'端质量不够高的reads
跑mapping流程，如果是star mapping，就用这个流程即可
执行Snakefile进行 cutadapt、Star mapping、bam sort等处理
后续1，可以选择GATK SNP calling和差异表达分析
后续2，差异表达基因
- 可以使用Snakefile.fc.deseq2.py计算差异表达基因的featureCounts
- 并且使用format_all.featureCounts.form.ipynb整理表格数据
- 最后使用DESeq2_plots.ipynb绘图

Name		Name	Last commit message	Last commit date
Latest commit History 13 Commits
__back		__back
.gitignore		.gitignore
README.md		README.md
conda_env.yml		conda_env.yml
step.01.GetFileName.ipynb		step.01.GetFileName.ipynb
step.02_run_mapping_and_feature_count.py		step.02_run_mapping_and_feature_count.py
step.03_prepare_for_step.04.ipynb		step.03_prepare_for_step.04.ipynb
step.04_RNA-seq_analysis.ipynb		step.04_RNA-seq_analysis.ipynb

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