PyRosetta Basic中文教程,讲解Rosetta的基本原理以及在PyRosetta中的应用实例。
@文档贡献者:
- 吴炜坤 @晶泰人工智能研发中心
- 黄健 @晶泰人工智能研发中心
- 张博文 @晶泰人工智能研发中心
- 槐喆 @晶泰人工智能研发中心 实习生
@校对:
- 王天元 @晶泰人工智能研发中心
- 郭宁 @晶泰人工智能研发中心
- 张晨虹 @晶泰人工智能研发中心
@外援支持:
- 刘源 博士后 北京大学王初课题组
0.0 Installation
0.1 Python_Basic
0.2 Utils
负责人:@吴炜坤 进度: 100%
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1.1 Pose IO
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1.2 PymolMover
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1.3 Pose & PDBinfo
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1.4 Atom & Residue
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1.6 Pose Operation
负责人: @黄健 进度: 60%
Constraint的API总结: https://zhuanlan.zhihu.com/p/58897635
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2.0 Atom Model
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2.2 Constraints
负责人:@张博文 进度: 33%
Foldtree的概念: https://zhuanlan.zhihu.com/p/59863638
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3.0 FoldTree与顺序性
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3.1 Docking Tree & Jumps
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3.2 MoveMap
负责人:@吴炜坤 进度: 100%
负责人:@槐喆 进度: 50% 。校对:@吴炜坤
负责人:@吴炜坤 进度: 50%
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6.2 TaskOperation、TaskFactory与PackTask(Rotamer自由度控制)
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6.3 NCAA(调色板)
负责人:@槐喆 @黄健 进度: 30%
SimpleMetric的API总结 https://zhuanlan.zhihu.com/p/58383955
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7.0 SimpleMetric
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????
负责人: @黄健 @张博文 进度: 0%
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8.0 Filters的逻辑
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8.1 Filters的API
负责人:@黄健 进度: 0%
xmlObject的API总结: https://zhuanlan.zhihu.com/p/58381573
官网资料:
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9.0 RosettaScript
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9.1 XmlObject
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9.2 自定义Mover
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9.3 PyRosetta的多进程化
中文开源计划的地址: https://github.com/guyujun/chinese-pyrosetta
PyRosetta Notebook开源地址: https://github.com/RosettaCommons/PyRosetta.notebooks
PyRosetta API查询: https://graylab.jhpytu.edu/PyRosetta.documentation/search.html?q=cdr
Rosetta中文知乎: https://www.zhihu.com/column/rosettastudy