自动分割的问题 #7
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我们使用的是他自带的模板。你这个结果确实感觉差距有点大。我想是不是这个参数do_preprocessing=True要设置为false？因为这个代码太久了，我也记不太清了。 |
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好的，我在多尝试下。 我这个是用cpu跑出来的结果，你们当时用gpu了吗？感谢！Ma在 2023年6月14日，上午7:52，Qing Wu ***@***.***> 写道：
我们使用的是他自带的模板。你这个结果确实感觉差距有点大。我想是不是这个参数do_preprocessing=True要设置为false？因为这个代码太久了，我也记不太清了。
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应该是用了GPU。但我记得分割速度确实不是特别快，应该是因为3D的问题。 |
大哥，我没弄出来，难受！能帮忙找下你们之前用的代码吗？ |
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我找找啊，因为时间实在太久了，而且这个代码也不是主要的代码。所以真不一定能找到了。 |
顺便你可以说下你现在是有啥问题吗？ |
找不找到都太感谢了，太感谢了，目前最好的分割效果还是我上面那个图，我尝试了do_preprocessing=True改成False更不对，我在github问了ANTsPyNet的大佬，让我尝试用没去颅骨的数据试下，后来我tensorlfow环境出问题了就没测试成。我又尝试了其他的自动分割的方法，HighRes3DNet，我试了下在unprocessed 的HCP数据上还可以分割得感觉正常，但在processed的HCP数据上就分割不对，几乎就自动分割不出来。 |
师兄，能找到嘛？之前环境就突然不行了，现在咋装都不对，给我人装麻了 |
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不好意思，我这几天在忙一个会议的返稿。所以最近没啥时间，如果你很急的话可以参考下这篇文章是怎样做分割的。他们也做了一样的分割评估：https://arxiv.org/pdf/2205.11346.pdf |
好，师兄，你最近先忙，有时间找就行，我也不着急，就是弄不出来难受。我在找找其他的分割的方法看看能不能用，感谢！ |
你好，实在不好意思，又打扰你了，我最近重新装了Antspynet的GPU版本，也可以用了，我用没有skull-stripped的HCP 1200 data做出来好像是对的 但是，我将
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你好，我找到了解决方法，并尝试做出来了结果。太感谢之前你的回复了！ |
恭喜你哦！祝你一切顺利 |
太感谢你了，同样祝你一切顺利！ |
大佬 可以请教一下这个自动分割是怎么做到的吗 |
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把那个Antspy的库里面这个 预处理的几个选项修改下就可以
在 2023-11-08 11:49:28，"hongtao-gg" ***@***.***> 写道：
你好，我找到了解决方法，并尝试做出来了结果。太感谢之前你的回复了！
大佬 可以请教一下这个自动分割是怎么做到的吗
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你好，这是我得到的 GT：996782的分割图。感觉跟你论文里的差距还挺大。
我用这段代码获取的 segmentation.nii.gz，
segmentation_dict = antspynet.utilities.deep_atropos(image, do_preprocessing=True)分割网络推理时需要的模板图像用的是它自己下载的，
brainExtractionRobustT1.h5，croppedMni152.nii.gz，croppedMni152Priors.nii.gz ， S_template3.nii.gz， sixTissueOctantBrainSegmentationWithPriors1.h5， 这里这些模板图像需要更改吗？The text was updated successfully, but these errors were encountered: