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自动分割的问题 #7
Comments
我们使用的是他自带的模板。你这个结果确实感觉差距有点大。我想是不是这个参数do_preprocessing=True要设置为false?因为这个代码太久了,我也记不太清了。 |
好的,我在多尝试下。 我这个是用cpu跑出来的结果,你们当时用gpu了吗?感谢!Ma在 2023年6月14日,上午7:52,Qing Wu ***@***.***> 写道:
我们使用的是他自带的模板。你这个结果确实感觉差距有点大。我想是不是这个参数do_preprocessing=True要设置为false?因为这个代码太久了,我也记不太清了。
—Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe.You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>
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应该是用了GPU。但我记得分割速度确实不是特别快,应该是因为3D的问题。 |
大哥,我没弄出来,难受!能帮忙找下你们之前用的代码吗? |
我找找啊,因为时间实在太久了,而且这个代码也不是主要的代码。所以真不一定能找到了。 |
顺便你可以说下你现在是有啥问题吗? |
找不找到都太感谢了,太感谢了,目前最好的分割效果还是我上面那个图,我尝试了do_preprocessing=True改成False更不对,我在github问了ANTsPyNet的大佬,让我尝试用没去颅骨的数据试下,后来我tensorlfow环境出问题了就没测试成。我又尝试了其他的自动分割的方法,HighRes3DNet,我试了下在unprocessed 的HCP数据上还可以分割得感觉正常,但在processed的HCP数据上就分割不对,几乎就自动分割不出来。 |
师兄,能找到嘛?之前环境就突然不行了,现在咋装都不对,给我人装麻了 |
不好意思,我这几天在忙一个会议的返稿。所以最近没啥时间,如果你很急的话可以参考下这篇文章是怎样做分割的。他们也做了一样的分割评估:https://arxiv.org/pdf/2205.11346.pdf |
好,师兄,你最近先忙,有时间找就行,我也不着急,就是弄不出来难受。我在找找其他的分割的方法看看能不能用,感谢! |
你好,实在不好意思,又打扰你了,我最近重新装了Antspynet的GPU版本,也可以用了,我用没有skull-stripped的HCP 1200 data做出来好像是对的 但是,我将 |
把那个Antspy的库里面这个 预处理的几个选项修改下就可以
在 2023-11-08 11:49:28,"hongtao-gg" ***@***.***> 写道:
你好,我找到了解决方法,并尝试做出来了结果。太感谢之前你的回复了!
大佬 可以请教一下这个自动分割是怎么做到的吗
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You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>
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你好,这是我得到的 GT:996782的分割图。感觉跟你论文里的差距还挺大。
![自己的分割结果](https://private-user-images.githubusercontent.com/93995539/245631876-18a7c52a-8065-404f-9c4a-ae77dfa4d77a.png?jwt=eyJhbGciOiJIUzI1NiIsInR5cCI6IkpXVCJ9.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.sNSDsiF-VIITxauyeCsnPob_rPNruEEddXZHzRxfveM)
我用这段代码获取的 segmentation.nii.gz,
segmentation_dict = antspynet.utilities.deep_atropos(image, do_preprocessing=True)
分割网络推理时需要的模板图像用的是它自己下载的,
brainExtractionRobustT1.h5,croppedMni152.nii.gz,croppedMni152Priors.nii.gz , S_template3.nii.gz, sixTissueOctantBrainSegmentationWithPriors1.h5
, 这里这些模板图像需要更改吗?The text was updated successfully, but these errors were encountered: