SAFEP_tutorial
This repository contains all the files needed to calculate the binding free energy of phenol to lysozyme following the SAFEP Tutorial. Available here: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.12.09.519809v1
Related tools can be found in the SAFEP repository: https://github.com/BranniganLab/safep
Structure of supplementary files:
├── Binding_Tutorial.pdf
├── common
│ ├── CHARMM36m_FF
│ │ ├── par_all36_carb.prm
│ │ ├── par_all36_cgenff.prm
│ │ ├── par_all36_lipid.prm
│ │ ├── par_all36_na.prm
│ │ ├── par_all36_prot.prm
│ │ ├── toppar_all36_lipid_cationpi_wyf.str
│ │ └── toppar_water_ions_namd.str
│ ├── common_config.namd
│ ├── fep.tcl
│ ├── protein_tilt.colvars
│ ├── structures
│ │ ├── phenol_gas_phase.pdb
│ │ ├── phenol_gas_phase.psf
│ │ ├── phenol_lysozyme.pdb
│ │ ├── phenol_lysozyme.psf
│ │ ├── phenol_water.pdb
│ │ └── phenol_water.psf
│ ├── TI.tcl
│ └── TI_template.colvars
├── file_structure.txt
├── README.md
├── SAFEP_Tutorial_Notebook.ipynb
├── stepA_create_DBC
│ ├── inputs
│ │ ├── unbiased_sample.dcd
│ │ └── vmdscene.tga
│ ├── sample_outputs
│ │ └── DBC_restraint.colvars
│ └── step0_unbiased_simulation
│ ├── inputs
│ │ └── run_unbiased.namd
│ └── outputs
├── stepB_alchemy_site
│ ├── inputs
│ │ └── run.namd
│ ├── outputs
│ └── sample_outputs
│ ├── alchemy_site.fepout
│ ├── alchemy_site.pdb
│ ├── bound_convergence.pdf
│ └── bound_generalFigures.pdf
├── stepC_restraint_perturbation
│ ├── inputs
│ │ └── run.namd
│ ├── outputs
│ └── sample_outputs
│ ├── DBC_restraint_RFEP.colvars
│ ├── RFEP.colvars.traj
│ └── TI_general.pdf
├── stepD_alchemy_bulk
│ ├── inputs
│ │ └── run.namd
│ ├── outputs
│ └── sample_outputs
│ ├── alchemy_bulk.fepout
│ ├── alchemy_bulk.pdb
│ ├── bulk_convergence.pdf
│ ├── bulk_convergence.svg
│ └── bulk_generalFigures.pdf
├── text_src
│ ├── Figures
│ │ ├── AFEP2.png
│ │ ├── AFEP2-prob.png
│ │ ├── AFEP2-solution.png
│ │ ├── AFEP-decoupling-lambda.png
│ │ ├── AFEP-decoupling-sum.png
│ │ ├── DBC.png
│ │ ├── DBCsym.png
│ │ ├── example_symmetry_labels.png
│ │ ├── histogram_nosym.png
│ │ ├── histogram.png
│ │ ├── HSELEU.jpg
│ │ ├── ipynb-cell4.png
│ │ ├── ipynb.png
│ │ ├── lyso5-new.jpg
│ │ ├── phenol-permutation.jpg
│ │ ├── phenol-permutation-new.jpg
│ │ ├── probability.png
│ │ ├── RFEP-log.png
│ │ ├── RFEP.png
│ │ ├── scheme.jpg
│ │ ├── scheme.vsdx
│ │ ├── thermo-cycle.jpg
│ │ └── Thermo-cycle.vsdx
│ ├── livecoms.cls
│ ├── livecoms-template-tutorials.tex
│ ├── Ref.bib
│ ├── tutorial.tex
│ └── vancouver-livecoms.bst
└── titration_curve.pdf
23 directories, 70 files