Correcciones de algunos errores y cambios de nombres para algunos dir…

…ectorios.
julienmalard · Dec 9, 2016 · d314687 · d314687
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diff --git a/CULTIVO/__init__.py b/CULTIVO/__init__.py
diff --git a/CLIMA/CLIMA.py → Clima/CLIMA.py b/CLIMA/CLIMA.py → Clima/CLIMA.py
@@ -1,7 +1,7 @@
-from CLIMA.Estad_diario import eval_estaciones as eval_estaciones
-from CLIMA.Estad_diario import krigear as krigear
-from CLIMA.Estad_futuro import generarmeteo as generarmeteo
-from CLIMA.Manejo import *
+from Clima.Estad_diario import eval_estaciones as eval_estaciones
+from Clima.Estad_diario import krigear as krigear
+from Clima.Estad_futuro import generarmeteo as generarmeteo
+from Clima.Manejo import *
 from COSO import Coso
 
 
@@ -18,7 +18,7 @@ def __init__(símismo, nombre='', coord=()):
             nombre = '%sN_%sW' % (coord[0], coord[1])
 
         # Esta variable se initializa como Coso
-        super().__init__(nombre=nombre, ext='día', dic=dic, directorio=os.path.join('CLIMA', 'DATOS'))
+        super().__init__(nombre=nombre, ext='día', dic=dic, directorio=os.path.join('Clima', 'Datos'))
 
     # Una función para buscar y, si necesario, estimar datos diarios
     def buscar(símismo, fecha_inic, fecha_fin):
@@ -34,7 +34,7 @@ def buscar(símismo, fecha_inic, fecha_fin):
         estaciones = {}
         dic = dict(Coord=(), Elev='', Datos=dict(Fecha=[], Precip=[], Rad_sol=[], Temp_máx=[], Temp_mín=[]))
         # Buscar en los datos de clima de Python
-        with open(os.path.join('CLIMA', 'Estaciones.csv')) as d:
+        with open(os.path.join('Clima', 'Estaciones.csv')) as d:
             doc = d.readlines()
         datos = doc[0].split(',')
         col_estación = datos.index('Estación')
@@ -70,7 +70,7 @@ def buscar(símismo, fecha_inic, fecha_fin):
         if encontrado:
             símismo.nombre = estación['Estación']
             símismo.dic['Lugar'] = símismo.nombre
-            directorio = os.path.join('CLIMA', 'DATOS', símismo.nombre, '.csv')
+            directorio = os.path.join('Clima', 'Datos', símismo.nombre, '.csv')
             dic, faltan, faltan_pt, faltan_por = cargar_estación(directorio, (estación['Lat'], estación['Long']),
                                                                  estación['Elev'], fecha_inic, fecha_fin)
             if not faltan:
@@ -79,7 +79,7 @@ def buscar(símismo, fecha_inic, fecha_fin):
         # Si no encontramos la estación, o si faltan datos
         if not encontrado or faltan:
             # Buscar a ver si ya tenemos datos generados para la estación
-            for doc_meteogen in os.listdir(os.path.join('CLIMA', 'DATOS', 'Generados')):
+            for doc_meteogen in os.listdir(os.path.join('Clima', 'Datos', 'Generados')):
                 if doc_meteogen.lower() == lugar.lower() + ".día":
                     símismo.nombre = estación['Estación']
                     símismo.dic['Lugar'] = símismo.nombre

diff --git a/CLIMA/DATOS/Concepción.csv → Clima/Datos/Concepción.csv b/CLIMA/DATOS/Concepción.csv → Clima/Datos/Concepción.csv
diff --git a/CLIMA/DATOS/Estaciones.csv → Clima/Datos/Estaciones.csv b/CLIMA/DATOS/Estaciones.csv → Clima/Datos/Estaciones.csv
diff --git a/CLIMA/Estad_diario.py → Clima/Estad_diario.py b/CLIMA/Estad_diario.py → Clima/Estad_diario.py
diff --git a/CLIMA/Estad_futuro.py → Clima/Estad_futuro.py b/CLIMA/Estad_futuro.py → Clima/Estad_futuro.py
diff --git a/CLIMA/Manejo.py → Clima/Manejo.py b/CLIMA/Manejo.py → Clima/Manejo.py
diff --git a/CLIMA/PyKrige/__init__.py → Clima/PyKrige/__init__.py b/CLIMA/PyKrige/__init__.py → Clima/PyKrige/__init__.py
diff --git a/CLIMA/PyKrige/core.py → Clima/PyKrige/core.py b/CLIMA/PyKrige/core.py → Clima/PyKrige/core.py
diff --git a/CLIMA/PyKrige/uk.py → Clima/PyKrige/uk.py b/CLIMA/PyKrige/uk.py → Clima/PyKrige/uk.py
@@ -22,8 +22,8 @@
 import scipy.linalg
 from scipy.spatial.distance import cdist
 
-import CLIMA.PyKrige.core as core
-import CLIMA.PyKrige.variogram_models as variogram_models
+import Clima.PyKrige.core as core
+import Clima.PyKrige.variogram_models as variogram_models
 
 
 class UniversalKriging:

diff --git a/CLIMA/PyKrige/variogram_models.py → Clima/PyKrige/variogram_models.py b/CLIMA/PyKrige/variogram_models.py → Clima/PyKrige/variogram_models.py
diff --git a/CLIMA/__init__.py → Clima/__init__.py b/CLIMA/__init__.py → Clima/__init__.py
diff --git a/CULTIVO/CULTIVO.py → Cultivo/CULTIVO.py b/CULTIVO/CULTIVO.py → Cultivo/CULTIVO.py
@@ -1,10 +1,10 @@
 import os
 import subprocess
 
-import CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.DSSAT as DSSAT
+import Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.DSSAT as DSSAT
 from COSO import Simulable
-from CULTIVO.Controles import dir_DSSAT
-from CULTIVO.Controles import sacar_modelos_disp
+from Cultivo.Controles import dir_DSSAT
+from Cultivo.Controles import sacar_modelos_disp
 
 """
 Notar que un Cultivo no se inicia como una instancia de un COSO, porque solamente es un objecto intermediario

diff --git a/CULTIVO/Controles.py → Cultivo/Controles.py b/CULTIVO/Controles.py → Cultivo/Controles.py
@@ -10,7 +10,7 @@ def sacar_modelos_disp(cultivo):
     modelos_disp = {}
 
     # Modelos_pl.csv contiene información sobre los modelos disponibles
-    with open(os.path.join('CULTIVO', 'MODELOS_EXTERNOS', 'Modelos_pl.csv')) as d:
+    with open(os.path.join('Cultivo', 'MODELOS_EXTERNOS', 'Modelos_pl.csv')) as d:
         doc = d.readlines()
     variables = doc[0].replace("\n", "").replace(';', ',').split(',')
     for núm_línea, línea in enumerate(doc[1:]):

diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSAT.py
@@ -1,10 +1,10 @@
 import datetime as ft
 import os
 
-from CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileC import FileC
-from CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileS import FileS
-from CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileW import FileW
-from CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileX import FileX
+from Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileC import FileC
+from Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileS import FileS
+from Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileW import FileW
+from Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT.fileX import FileX
 
 
 class Experimento(object):
@@ -21,7 +21,7 @@ def gen_ingresos(símismo):
         # Una función para convertir objetos TIKON de suelos, clima y variedades a objetos de documentos DSSAT
         def convertir(obj, documento_conv):
             conversiones = {}
-            with open(os.path.join(os.getcwd(), "CULTIVO", 'MODELOS_EXTERNOS', documento_conv)) as d:
+            with open(os.path.join(os.getcwd(), "Cultivo", 'MODELOS_EXTERNOS', documento_conv)) as d:
                 doc = d.readlines()
 
             col = doc[0].replace("\n", "").split(',').index('DSSAT')

diff --git a/...VO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSBatchv46.txt → ...vo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSBatchv46.txt b/...VO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSBatchv46.txt → ...vo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/DSSBatchv46.txt
diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILECLI.txt → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILECLI.txt b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILECLI.txt → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILECLI.txt
diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILES.txt → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILES.txt b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILES.txt → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILES.txt
diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEW.txt → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEW.txt b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEW.txt → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEW.txt
diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEX.txt → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEX.txt b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEX.txt → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/FILEX.txt
diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/GENOTIPO.txt → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/GENOTIPO.txt b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/GENOTIPO.txt → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/GENOTIPO.txt
diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/__init__.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/__init__.py b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/__init__.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/__init__.py
diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileC.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 import os
 
-from CULTIVO.Controles import dir_DSSAT
-from CULTIVO.Controles import sacar_modelos_disp
+from Cultivo.Controles import dir_DSSAT
+from Cultivo.Controles import sacar_modelos_disp
 
 
 # Objeto para representar documentos de typo FILEC de DSSAT (información de variedades de cultivos)

diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileCli.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 import os
 
-from CULTIVO.Controles import dir_DSSAT
+from Cultivo.Controles import dir_DSSAT
 
 
 # Objeto para representar documentos de datos de clima mensuales de DSSAT

diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileS.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 import os
 
-from CULTIVO.Controles import dir_DSSAT
+from Cultivo.Controles import dir_DSSAT
 
 
 # Objeto para representar documentos de typo FILES de DSSAT (información de suelos)

diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileW.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 import os
 
-from CULTIVO.Controles import dir_DSSAT
+from Cultivo.Controles import dir_DSSAT
 
 
 # Objeto para representar documentos de typo fileW (meteorología diaria) de DSSAT

diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileX.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileX.py b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileX.py → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/DSSAT/fileX.py
diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Modelos_pl.csv → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Modelos_pl.csv b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Modelos_pl.csv → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Modelos_pl.csv
diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_clima.csv → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_clima.csv b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_clima.csv → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_clima.csv
diff --git a/...IVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_manejo.csv → ...ivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_manejo.csv b/...IVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_manejo.csv → ...ivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_manejo.csv
diff --git a/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_meteo.csv → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_meteo.csv b/CULTIVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_meteo.csv → Cultivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_meteo.csv
diff --git a/...IVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_suelos.csv → ...ivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_suelos.csv b/...IVO/MODELOS_EXTERNOS/Variables_suelos.csv → ...ivo/MODELOS_EXTERNOS/Variables_suelos.csv
diff --git a/...MODELOS_EXTERNOS/Variables_variedades.csv → ...MODELOS_EXTERNOS/Variables_variedades.csv b/...MODELOS_EXTERNOS/Variables_variedades.csv → ...MODELOS_EXTERNOS/Variables_variedades.csv
diff --git a/CULTIVO/NuevoCultivo.py → Cultivo/NuevoCultivo.py b/CULTIVO/NuevoCultivo.py → Cultivo/NuevoCultivo.py
@@ -30,16 +30,16 @@ def _sacar_líms_coefs_interno(símismo):
     def _llenar_coefs(símismo, n_rep_parám, calibs, comunes, usar_especificados):
         raise NotImplementedError  # Para hacer
 
-    def dibujar(símismo, mostrar=True, archivo=None, exper=None):
+    def dibujar(símismo, mostrar=True, archivo=None, exper=None, **kwargs):
         raise NotImplementedError  # Para hacer
 
     def _procesar_validación(símismo):
         raise NotImplementedError  # Para hacer
 
-    def _prep_args_simul_exps(símismo, exper, n_rep_estoc, n_rep_paráms):
+    def _prep_args_simul_exps(símismo, exper, n_rep_estoc, n_rep_paráms, **kwargs):
         raise NotImplementedError  # Para hacer
 
-    def _actualizar_vínculos_exps(símismo, experimento, corresp):
+    def _actualizar_vínculos_exps(símismo):
         raise NotImplementedError  # Para hacer
 
     def _sacar_coefs_interno(símismo):

diff --git a/CULTIVO/SUELO.py → Cultivo/SUELO.py b/CULTIVO/SUELO.py → Cultivo/SUELO.py
diff --git a/CULTIVO/VARIEDAD.py → Cultivo/VARIEDAD.py b/CULTIVO/VARIEDAD.py → Cultivo/VARIEDAD.py
diff --git a/NuevaParcela.py b/NuevaParcela.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 from Coso import Simulable
 from RAE.RedAE import Red
-from CULTIVO.NuevoCultivo import Cultivo, ModeloCultivo
+from Cultivo.NuevoCultivo import Cultivo, ModeloCultivo
 from Matemáticas.Experimentos import Experimento
 
 

diff --git a/PAISAJE.py b/PAISAJE.py
@@ -3,10 +3,10 @@
 from Parcela import Parcela
 from geopy.distance import vincenty as dist
 
-from CLIMA.CLIMA import Diario
+from Clima.CLIMA import Diario
 from COSO import Coso
-from CULTIVO.SUELO import Suelo
-from CULTIVO.VARIEDAD import Variedad
+from Cultivo.SUELO import Suelo
+from Cultivo.VARIEDAD import Variedad
 from RAE.REDES import Red
 
 

diff --git a/PARCELA.py b/PARCELA.py
@@ -1,6 +1,6 @@
 import os
 
-from CULTIVO.CULTIVO import Cultivo
+from Cultivo.CULTIVO import Cultivo
 
 
 # Una parcela se refiere a una unidad de tierra homógena en sus suelo, cultivo(s)

diff --git a/Proyectos/Opisina_arenosella/O. arenosella_Sri Lanka.py b/Proyectos/Opisina_arenosella/O. arenosella_Sri Lanka.py
@@ -10,26 +10,28 @@
 
 # Empezamos las cosas serias ahora
 proyecto = 'Opisina_arenosella'
+"""
 O_arenosella_senc = Ins.Sencillo(nombre='O. arenosella_senc', proyecto=proyecto)
 Parasitoide_senc = Ins.Sencillo(nombre='Parasitoide_senc', proyecto=proyecto)
-
+"""
 # Datos de desnsidad de coco: Agricultural Ecology and Environment, pg 321 +
 # https://books.google.com.gt/books?id=0gjoQ0OTpAYC&pg=PA318&lpg=PA318&dq=coconut+field+leaf+area&source=bl&ots=I9GJ8L88y2&sig=t0LUc7kUPDyDlniDdoipiYx84uU&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwiKqcqs_Y7OAhXLlB4KHSOrBAAQ6AEIMDAC#v=onepage&q=coconut%20field%20leaf%20area&f=false
 Coco = Plt.Constante(nombre='Palma de coco', densidad=40020e6, proyecto=proyecto)  # Unidades: mm2
+"""
 
 O_arenosella_senc.secome(Coco)
 Parasitoide_senc.secome(O_arenosella_senc)
 
 Red_coco_senc = Red('Campos coco sencillo', organismos=[Coco, O_arenosella_senc, Parasitoide_senc],
                     proyecto=proyecto)
 Red_coco_senc.guardar()
-
+"""
 Experimento_A = Experimento(nombre='Sitio A', proyecto=proyecto)
 Experimento_A.agregar_orgs(archivo='Oarenosella_A.csv', col_tiempo='Día', factor=655757.1429/500)
 
 Experimento_B = Experimento(nombre='Sitio B', proyecto=proyecto)
 Experimento_B.agregar_orgs(archivo='Oarenosella_B.csv', col_tiempo='Día', factor=655757.1429/500)
-
+"""
 Red_coco_senc.añadir_exp(Experimento_A,
                          corresp={'O. arenosella_senc': {'adulto': ['Larva', 'Pupa']},
                                   'Parasitoide_senc': {'adulto': ['Para_larva_abs', 'Para_pupa_abs']}
@@ -42,7 +44,7 @@
                                   }
                          )
 
-"""
+
 ajuste_inic = Red_coco_senc.validar(exper=Experimento_A, n_rep_parám=40, n_rep_estoc=40)
 print('Ajuste inicial: ', ajuste_inic)
 
@@ -56,7 +58,7 @@
                             utilizador='Julien Malard',
                             contacto='julien.malard@mail.mcgill.ca')
 Red_coco_senc.guardar()
-"""
+
 
 # Especificar distribuciones a priori
 for a_priori in a_prioris[O_arenosella_senc.nombre]:
@@ -104,6 +106,7 @@
                             utilizador='Julien Malard',
                             contacto='julien.malard@mail.mcgill.ca')
 Red_coco_senc.guardar()
+"""
 
 # Intentemos algo más interesante ahora.
 O_arenosella = Ins.MetamCompleta('O. arenosella', njuvenil=5)

diff --git a/RAE/Planta.py b/RAE/Planta.py
@@ -1,10 +1,10 @@
-from CULTIVO.CULTIVO import Cultivo
+from Cultivo.NuevoCultivo import Cultivo
 from RAE.Organismo import Organismo
 
 
 class Planta(Organismo):
     """
-    Esta clase representa plantas o cultivos. Se puede contectar con un modelo de cultivo del módulo CULTIVO.
+    Esta clase representa plantas o cultivos. Se puede contectar con un modelo de cultivo del módulo Cultivo.
     """
 
     # La extensión para plantas

diff --git a/RAE/RedAE.py b/RAE/RedAE.py
@@ -264,11 +264,11 @@ def actualizar(símismo):
 
                     # La segunda etapa existente del organismo que infecta (los individuos infectados terminarán por
                     # transicionar a la esta etapa).
-                    nombre_etp_recip = obj_org_inf.etapas[1]
+                    nombre_etp_recip = obj_org_inf.etapas[1]['nombre']
                     n_recip = símismo.núms_etapas[org_hués][nombre_etp_recip]  # Su posición absoluta en la Red
 
                     # El nombre de la fase larval del organismo que infecta
-                    nombre_etp_larva_inf = obj_org_inf.etapas[0]
+                    nombre_etp_larva_inf = obj_org_inf.etapas[0]['nombre']
                     n_larva = símismo.núms_etapas[org_hués][nombre_etp_larva_inf]
 
                     # Crear las etapas fantasmas para las etapas infectadas del huésped

diff --git a/setup.py b/setup.py
@@ -3,7 +3,7 @@
 setup(
     name='Tinamit',
     version='1.0.0',
-    packages=['', 'RAE', 'CLIMA', 'CLIMA.PyKrige', 'CULTIVO', 'CULTIVO.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT', 'Matemáticas'],
+    packages=['', 'RAE', 'Clima', 'Clima.PyKrige', 'Cultivo', 'Cultivo.MODELOS_EXTERNOS.DSSAT', 'Matemáticas'],
     url='https://github.com/julienmalard/Tikon',
     license='GNU 3',
     author='Julien Jean Malard',