plogpの計算について

[yuito0311]

smiles_lstm_reinforce_main.pyについて
from metrics import plogp とありますが、metrics.pyにplogpは定義されていないように見受けられます。
どのようにコードを修正すればよいでしょうか？
よろしくお願いいたします。

[kanojikajino]

質問ありがとうございます．申し訳ありません，コードの整理中に誤って落としておりました．

plogpを追加しましたので，更新分をpullしていただいて，再度お試しいただけますでしょうか？

ml4chem/4,5,6,7/metrics.py

Lines 43 to 64 in 898a9c4

	def plogp(smiles_list, file_name='plogp.pklz', batch_size=1024):
	n_iter = math.ceil(len(smiles_list) / batch_size)
	try:
	with gzip.open(file_name, 'rb') as f:
	plogp_tensor = pickle.load(f)
	if len(plogp_tensor) != len(smiles_list):
	raise RuntimeError
	except:
	plogp_tensor_list = []
	for each_batch_idx in tqdm(range(n_iter)):
	packed_dataset = PackedMolecule.from_smiles(
	smiles_list[each_batch_idx * batch_size
	: min((each_batch_idx+1)*batch_size,
	len(smiles_list))])
	plogp_tensor_list.append(
	penalized_logP(packed_dataset))
	plogp_tensor = torch.cat(plogp_tensor_list)
	with gzip.open(file_name, 'wb') as f:
	pickle.dump(plogp_tensor, f)
	return plogp_tensor