プロジェクトルートディレクトリ -bam -各サンプル名 -サンプル名.markdup.bam -サンプル名.markdup.bam.bai -サンプル名.markdup.bam.md5 -サンプル名.markdup.metrics -fastq -各サンプル名 -1_1.fastq -1_2.fastq -log -qsubのログ -mutation -各サンプル名 -サンプル名.genomon_mutations.result.txt -script -qsub実行script -summary -各サンプル名 -サンプル名.xls -サンプル名.tsv -sv -各サンプル名 -サンプル名.genomon_SV.result.txt
sample名.markdup.bam: | bamファイル |
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sample名.markdup.bam.bai: | bam indexファイル |
sample名.markdup.bam.md5: | bamのmd5 |
sample名.markdup.metrics: | mark duplicateした時に出力されるduplicateリードの情報 |
[fastq][bam_tofastq]から実行した場合は、上記4つのファイルが出力されます.
[bam_import]から実行した場合は、対象のbamファイルがこのディレクトリにlinkされます.
1_1.fastq 1_2.fastq: | ペアエンドのfastqファイル. |
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[fastq]から実行した場合は、このディレクトリにfastqファイルがlinkされます.
[bam_tofastq]から実行した場合は、bamからconvertされたfastqファイルがこのディレクトリに出力されます.
qsubのログファイルが出力されます.
サンプル名.genomon_mutations.result.txt: | 変異Callの結果が出力されます. |
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qsubされたshell scriptです.
こちらのscriptの中身をみると、どのような処理が実行されたか一目瞭然です.
サンプル名.xls: | bam summaryがEXCELファイルで出力されます. |
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サンプル名.tsv: | サンプル名.xlsをテキスト形式で出力したものです.内容は同じです. |
サンプル名.genomon_SV.result.txt: | SV検出の結果が出力されます. |
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