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Update indexing type for Eigen 3.4 compatibility #41

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Update indexing type for Eigen 3.4 compatibility #41

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18 changes: 9 additions & 9 deletions src/RcppExports.cpp
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -12,7 +12,7 @@ Rcpp::Rostream<false>& Rcpp::Rcerr = Rcpp::Rcpp_cerr_get();
#endif

// pmg_ll_eigen
double pmg_ll_eigen(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd>& X_c, const Eigen::VectorXd& offset_c, const Eigen::VectorXd& Y_c, const Eigen::VectorXd& fid_c, const Eigen::VectorXd& cumsumy_c, const Eigen::VectorXd& posind_c, const Eigen::VectorXd& posindy_c, const int nind_c, const int k_c, const Eigen::VectorXd& beta_c, const double sigma_c);
double pmg_ll_eigen(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd>& X_c, const Eigen::VectorXd& offset_c, const Eigen::VectorXd& Y_c, const Eigen::VectorXd& fid_c, const Eigen::VectorXd& cumsumy_c, const Eigen::VectorXi& posind_c, const Eigen::VectorXi& posindy_c, const int nind_c, const int k_c, const Eigen::VectorXd& beta_c, const double sigma_c);
RcppExport SEXP _nebula_pmg_ll_eigen(SEXP X_cSEXP, SEXP offset_cSEXP, SEXP Y_cSEXP, SEXP fid_cSEXP, SEXP cumsumy_cSEXP, SEXP posind_cSEXP, SEXP posindy_cSEXP, SEXP nind_cSEXP, SEXP k_cSEXP, SEXP beta_cSEXP, SEXP sigma_cSEXP) {
BEGIN_RCPP
Rcpp::RObject rcpp_result_gen;
Expand All @@ -22,8 +22,8 @@ BEGIN_RCPP
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type Y_c(Y_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type fid_c(fid_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type cumsumy_c(cumsumy_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type posind_c(posind_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type posindy_c(posindy_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXi& >::type posind_c(posind_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXi& >::type posindy_c(posindy_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const int >::type nind_c(nind_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const int >::type k_c(k_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type beta_c(beta_cSEXP);
Expand All @@ -33,7 +33,7 @@ BEGIN_RCPP
END_RCPP
}
// pmg_der_eigen
Eigen::VectorXd pmg_der_eigen(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd>& X_c, const Eigen::VectorXd& offset_c, const Eigen::VectorXd& Y_c, const Eigen::VectorXd& fid_c, const Eigen::VectorXd& cumsumy_c, const Eigen::VectorXd& posind_c, const Eigen::VectorXd& posindy_c, const int nb_c, const int nind_c, const int k_c, const Eigen::VectorXd& beta_c, const double sigma_c);
Eigen::VectorXd pmg_der_eigen(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd>& X_c, const Eigen::VectorXd& offset_c, const Eigen::VectorXd& Y_c, const Eigen::VectorXd& fid_c, const Eigen::VectorXd& cumsumy_c, const Eigen::VectorXi& posind_c, const Eigen::VectorXi& posindy_c, const int nb_c, const int nind_c, const int k_c, const Eigen::VectorXd& beta_c, const double sigma_c);
RcppExport SEXP _nebula_pmg_der_eigen(SEXP X_cSEXP, SEXP offset_cSEXP, SEXP Y_cSEXP, SEXP fid_cSEXP, SEXP cumsumy_cSEXP, SEXP posind_cSEXP, SEXP posindy_cSEXP, SEXP nb_cSEXP, SEXP nind_cSEXP, SEXP k_cSEXP, SEXP beta_cSEXP, SEXP sigma_cSEXP) {
BEGIN_RCPP
Rcpp::RObject rcpp_result_gen;
Expand All @@ -43,8 +43,8 @@ BEGIN_RCPP
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type Y_c(Y_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type fid_c(fid_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type cumsumy_c(cumsumy_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type posind_c(posind_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type posindy_c(posindy_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXi& >::type posind_c(posind_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXi& >::type posindy_c(posindy_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const int >::type nb_c(nb_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const int >::type nind_c(nind_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const int >::type k_c(k_cSEXP);
Expand All @@ -55,7 +55,7 @@ BEGIN_RCPP
END_RCPP
}
// pmg_hes_eigen
Eigen::MatrixXd pmg_hes_eigen(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd>& X_c, const Eigen::VectorXd& offset_c, const Eigen::VectorXd& Y_c, const Eigen::VectorXd& fid_c, const Eigen::VectorXd& cumsumy_c, const Eigen::VectorXd& posind_c, const Eigen::VectorXd& posindy_c, const int nb_c, const int nind_c, const int k_c, const Eigen::VectorXd& beta_c, const double sigma_c);
Eigen::MatrixXd pmg_hes_eigen(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd>& X_c, const Eigen::VectorXd& offset_c, const Eigen::VectorXd& Y_c, const Eigen::VectorXd& fid_c, const Eigen::VectorXd& cumsumy_c, const Eigen::VectorXi& posind_c, const Eigen::VectorXi& posindy_c, const int nb_c, const int nind_c, const int k_c, const Eigen::VectorXd& beta_c, const double sigma_c);
RcppExport SEXP _nebula_pmg_hes_eigen(SEXP X_cSEXP, SEXP offset_cSEXP, SEXP Y_cSEXP, SEXP fid_cSEXP, SEXP cumsumy_cSEXP, SEXP posind_cSEXP, SEXP posindy_cSEXP, SEXP nb_cSEXP, SEXP nind_cSEXP, SEXP k_cSEXP, SEXP beta_cSEXP, SEXP sigma_cSEXP) {
BEGIN_RCPP
Rcpp::RObject rcpp_result_gen;
Expand All @@ -65,8 +65,8 @@ BEGIN_RCPP
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type Y_c(Y_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type fid_c(fid_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type cumsumy_c(cumsumy_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type posind_c(posind_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXd& >::type posindy_c(posindy_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXi& >::type posind_c(posind_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const Eigen::VectorXi& >::type posindy_c(posindy_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const int >::type nb_c(nb_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const int >::type nind_c(nind_cSEXP);
Rcpp::traits::input_parameter< const int >::type k_c(k_cSEXP);
Expand Down
12 changes: 6 additions & 6 deletions src/optimization.cpp
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -19,8 +19,8 @@ typedef Eigen::COLAMDOrdering<int> CO;
// [[Rcpp::export]]
double pmg_ll_eigen(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> & X_c, const Eigen::VectorXd & offset_c,
const Eigen::VectorXd & Y_c, const Eigen::VectorXd & fid_c,
const Eigen::VectorXd & cumsumy_c,const Eigen::VectorXd & posind_c,
const Eigen::VectorXd & posindy_c, const int nind_c, const int k_c,
const Eigen::VectorXd & cumsumy_c,const Eigen::VectorXi & posind_c,
const Eigen::VectorXi & posindy_c, const int nind_c, const int k_c,
const Eigen::VectorXd & beta_c,const double sigma_c)
{

Expand Down Expand Up @@ -63,8 +63,8 @@ double pmg_ll_eigen(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> & X_c, const Eigen::Vector
// [[Rcpp::export]]
Eigen::VectorXd pmg_der_eigen(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> & X_c, const Eigen::VectorXd & offset_c,
const Eigen::VectorXd & Y_c, const Eigen::VectorXd & fid_c,
const Eigen::VectorXd & cumsumy_c,const Eigen::VectorXd & posind_c,
const Eigen::VectorXd & posindy_c, const int nb_c, const int nind_c, const int k_c,
const Eigen::VectorXd & cumsumy_c,const Eigen::VectorXi & posind_c,
const Eigen::VectorXi & posindy_c, const int nb_c, const int nind_c, const int k_c,
const Eigen::VectorXd & beta_c,const double sigma_c)
{
Eigen::VectorXd der = Eigen::VectorXd::Zero(nb_c+1);
Expand Down Expand Up @@ -117,8 +117,8 @@ Eigen::VectorXd pmg_der_eigen(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> & X_c, const Eig
// [[Rcpp::export]]
Eigen::MatrixXd pmg_hes_eigen(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> & X_c, const Eigen::VectorXd & offset_c,
const Eigen::VectorXd & Y_c, const Eigen::VectorXd & fid_c,
const Eigen::VectorXd & cumsumy_c,const Eigen::VectorXd & posind_c,
const Eigen::VectorXd & posindy_c, const int nb_c, const int nind_c, const int k_c,
const Eigen::VectorXd & cumsumy_c,const Eigen::VectorXi & posind_c,
const Eigen::VectorXi & posindy_c, const int nb_c, const int nind_c, const int k_c,
const Eigen::VectorXd & beta_c,const double sigma_c)
{

Expand Down