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lijunyu159/stomatal_pore_measurement-MaskRCNN

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An automatic model to measure the parameters of living pores based on MRCNN

DOI:10.3390/f11090954

本项目是在 https://github.com/matterport/Mask_RCNN 的基础上,按照实际需求实现的。 实现配置:Tensorflow 1.10.0;keras 2.0.8;python 3.5。 实现的功能是通过椭圆拟合操作自动测量活体气孔的孔隙参数(长轴,短轴,面积,离心率,开度),并与标记真值做比较,进行定量分析。 标记工具是:https://github.com/wkentaro/labelme 。 椭圆拟合程序是:https://github.com/bdhammel/least-squares-ellipse-fitting 。 在coco.py中训练代码。在crop.py中将检测出的掩模裁剪为单个的二进制掩模。在image2data.py中做定量分析。ellipse_fitting.py可以将单个掩模图像拟合成椭圆后可视化。

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一种基于Mask R-CNN的植物气孔解剖参数测量方法

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