Merge branch 'master' into background_tasks

.github/workflows/tester.yml

@@ -3,15 +3,15 @@ name: "🎳 Tester"
 on:
   push:
     branches:
-      - main
+      - master
     paths:
       - "**.py"
       - .github/workflows/tester.yml
       - requirements/testing.txt
 
   pull_request:
     branches:
-      - main
+      - master
     paths:
       - "**.py"
       - .github/workflows/tester.yml
@@ -46,6 +46,9 @@ jobs:
 
       - name: Upload coverage to Codecov
         uses: codecov/codecov-action@v4
+        with:
+          token: ${{ secrets.CODECOV_TOKEN }}
+          slug: lpoaura/PluginQGis-LPOData
 
   test-qgis:
     runs-on: ubuntu-latest
@@ -73,7 +76,7 @@ jobs:
         run: python3 --version
 
       - name: Setup plugin
-        run: qgis_setup.sh qtribu
+        run: qgis_setup.sh plugin_qgis_lpo
 
       - name: Install Python requirements
         run: |
@@ -85,3 +88,7 @@ jobs:
 
       - name: Upload coverage to Codecov
         uses: codecov/codecov-action@v4
+        with:
+          token: ${{ secrets.CODECOV_TOKEN }}
+          slug: lpoaura/PluginQGis-LPOData
+

CHANGELOG.md

@@ -6,7 +6,19 @@ The format is based on [Keep a Changelog](https://keepachangelog.com/), and this
 
 <!-- ## Unreleased [{version_tag}](https://github.com/opengisch/qgis-plugin-ci/releases/tag/{version_tag}) - YYYY-MM-DD -->
 
-## Unreleased
+## Unreleased - 2024-03-25
+
+* Migrate wiki docs to github pages using sphinx
+* Update github workflows
+* Update plugin name
+* Move refresh data from plugin menu to plugin settings window
+
+## 3.2.2 - 2024-03-14
+
+* Load plugin menu on plugin startup
+* Update queries
+* New pre-commit SQL formatter
+* Update tester github workflow
 
 ## 3.2.1 - 2024-03-14
 

docs/index.md

@@ -16,6 +16,7 @@ caption: Usage
 maxdepth: 1
 ---
 Installation <usage/installation>
+Filtrage avancé (SQL) <usage/advanced_filter>
 ```
 
 ```{toctree}

docs/usage/advanced_filter.md

@@ -0,0 +1,39 @@
+# Filtres personnalisés en langage SQL
+
+📢 Pour chaque traitement, il vous est possible de **filtrer de manière personnalisée** les données traitées, en ajoutant des **clauses "where" en langage SQL** dans les `Paramètres avancés`. Vous trouverez ci-dessous les exemples possibles.
+
+## Filtres classiques
+
+:::{Warning}
+A partir de la version `3.0.0`, le `and` en début de requête n'est plus à mentionner.
+:::
+
+
+|Filtrer sur...|Un seul critère|Plusieurs critères|
+|-|-|-|
+|id espèce VisioNature|`and source_id_sp = 386`|`and source_id_sp in (386, 394, 370)`|
+|cd_nom|`and obs.cd_nom = 4001`|`and obs.cd_nom in (4001, 4035, 3764)`|
+|Nom vernaculaire|`and t.nom_vern ilike 'Rougegorge familier'` ou `and t.nom_vern ilike '%rougegorge%'`|`and t.nom_vern in ('Rougegorge familier', 'Rougequeue noir', 'Mésange charbonnière')`|
+|Nom scientifique|`and t.lb_nom ilike 'erithacus rubecula'`|`and t.lb_nom in ('Erithacus rubecula', 'Phoenicurus ochruros', 'Parus major')`|
+|Observateur|`and observateur = 'NOM Prénom'`|`and observateur in ('NOM Prénom', 'NOM Prénom', 'NOM Prénom')`|
+|Code de nidification|`and oiso_code_nidif = 1`|`and oiso_code_nidif in (1, 2, 3)`|
+|Statut de reproduction (valable pour tous les groupes taxo)|`and statut_repro = 'Certain'`|`and statut_repro in ('Certain', 'Probable', 'Possible')`|
+|Cause de mortalité|`and mortalite_cause = 'ROAD_VEHICLE'`|`and mortalite_cause in ('ROAD_VEHICLE', 'HUNTING')`|
+|Code étude|`and code_etude = 'EPOC'`|`and code_etude in ('EPOC', 'EPOC-ODF')`|
+
+La fonction `ilike` permet de s'affranchir des majuscules et minuscules. Le % remplace un ou plusieurs caractères (et ne fonctionne qu'avec ilike).
+
+
+## Autres filtres plus complexes
+
+- Filtrer sur l'**altitude** :
+  - Entre deux altitudes : `and altitude >= 1000 and altitude < 2000`
+  - Sous un seuil d'altitude et au-dessus d'un autre seuil : `and (altitude <= 1000 or altitude > 2000)`
+- Filtrer sur la **mortalité** :
+  - Ne garder que les données de mortalité : `and mortalite = true`
+  - Exclure les données de mortalité : `and mortalite = false`
+- Rechercher un mot ou une expression dans les **commentaires** : `and commentaires like '%mangeoire%'`
+- Filtrer sur le **comportement** :
+  - Rechercher un comportement particulier : `and comportement @> '{"Se nourrit"}'`
+  - Rechercher plusieurs comportements <u>simultanés</u> : `and comportement @> '{"Se nourrit", "Se déplace"}'`
+  - Rechercher plusieurs comportements pas forcément simultanés : `and (comportement @> '{"Se nourrit"}' or comportement @> '{"Se déplace"}')`

plugin_qgis_lpo/gui/dlg_settings.py

@@ -10,8 +10,16 @@
 from pathlib import Path
 from urllib.parse import quote
 
+import processing
+
 # PyQGIS
-from qgis.core import Qgis, QgsApplication
+from qgis.core import (
+    Qgis,
+    QgsApplication,
+    QgsProcessingException,
+    QgsProviderConnectionException,
+    QgsProviderRegistry,
+)
 from qgis.gui import QgsOptionsPageWidget, QgsOptionsWidgetFactory
 from qgis.PyQt import uic
 from qgis.PyQt.Qt import QUrl
@@ -25,6 +33,7 @@
     __uri_tracker__,
     __version__,
 )
+from plugin_qgis_lpo.processing.refresh_data import RefreshData
 from plugin_qgis_lpo.toolbelt import PlgLogger, PlgOptionsManager
 from plugin_qgis_lpo.toolbelt.preferences import PlgSettingsStructure
 
@@ -76,15 +85,27 @@ def __init__(self, parent):
         )
 
         self.btn_report.pressed.connect(
-            partial(QDesktopServices.openUrl, QUrl(f"{__uri_tracker__}new/choose"))
+            partial(QDesktopServices.openUrl, QUrl(f"{__uri_tracker__}/new/choose"))
         )
 
         self.btn_reset.setIcon(QIcon(QgsApplication.iconPath("mActionUndo.svg")))
         self.btn_reset.pressed.connect(self.reset_settings)
 
+        self.btn_refresh_data.setIcon(QIcon(str(__icon_dir_path__ / "refresh.png")))
+        self.btn_refresh_data.pressed.connect(
+            lambda: self.openRefreshProcessing(parent)
+        )
+        self.log(f"TYPE PARENT {type(parent)}", log_level=0, push=True)
         # load previously saved settings
         self.load_settings()
 
+    def openRefreshProcessing(self, parent):
+        """Open refresh data processing algorithm and close settings window"""
+        processing.createAlgorithmDialog(
+            f"plugin_qgis_lpo:{RefreshData().name()}"
+        ).show()
+        parent.close()
+
     def apply(self):
         """Called to permanently apply the settings shown in the options page (e.g. \
         save them to QgsSettings objects). This is usually called when the options \