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#!/bin/bash
### * SET * ##################################################################
DIRECTORY=/home/lut2/project/EEB654/finalproject
ENVIRONMENT=pipridae
PLUMAGE_DIR=${DIRECTORY}/Data/Plumages
FULL_PLUMAGE_DATA=${DIRECTORY}/Data/plumage_all
TREES_FILE=${DIRECTORY}/Data/pipridae_trees.nex
REV_FILE=${DIRECTORY}/Scripts/mcmc_ase_mk.Rev
REV_ITERATIONS=500000
REV_THINNING=500
REV_CHAINS=2
BURN_IN=0.25
### * SET * ##################################################################
##############################################################################
### Logistics
##############################################################################
module load miniconda
source activate $ENVIRONMENT
##############################################################################
### Input Data
##############################################################################
echo -e "\n START INPUT DATA FORMAT \n"
# Refactor one genus change from the Jetz tree
sed -i "s/Xenopipo_flavicapilla/Chloropipo_flavicapilla/g" $TREES_FILE
# Wrangle the individual plumage datasets
Rscript Scripts/wrangle_plumages.r --args -i $PLUMAGE_DIR \
-o $FULL_PLUMAGE_DATA
echo -e "\n END INPUT DATA FORMAT \n"
##############################################################################
### RevBayes
##############################################################################
# Load RevBayes directly from the cluster
module load revbayes
echo -e "\n START REVBAYES \n"
RB_COMMAND="PLUMAGE_DATA=\"${FULL_PLUMAGE_DATA}.nex\";
TREES_FILE=\"${TREES_FILE}\";
THINNING=${REV_THINNING};
ITERATIONS=${REV_ITERATIONS};
CHAINS=${REV_CHAINS};
BURNIN=${BURN_IN};
source(\"${REV_FILE}\");"
echo $RB_COMMAND | rb
echo "\n END REVBAYES \n"
##############################################################################
### Output and Plots
##############################################################################
echo -e "\n START OUTPUT AND PLOTS \n"
Rscript Scripts/wrangle_output.r --args --trees $TREES_FILE \
--plumages ${FULL_PLUMAGE_DATA}.csv
echo -e "\n END OUTPUT AND PLOTS \n"