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import argparse
from pathhier.pathway_aligner import PathAligner
def align(args):
print('Aligning pathways')
aligner = PathAligner(
args.pathway_pairs,
s2v_path=args.s2v_path,
w2v_file=args.w2v_file,
ft_file=args.ft_file
)
aligner.align_pathways(args.pairs_to_align, args.temp_folder, args.out_folder)
def enrich(args):
print('Enriching pathways')
aligner = PathAligner(
args.pathway_pairs,
s2v_path=args.s2v_path
)
aligner.enrich_only(args.pairs_to_align, args.temp_folder, args.out_folder)
parser = argparse.ArgumentParser()
subparsers = parser.add_subparsers()
align_parser = subparsers.add_parser('align')
align_parser.add_argument('--pathway_pairs', dest='pathway_pairs')
align_parser.add_argument('--s2v_path', dest='s2v_path')
align_parser.add_argument('--w2v_file', dest='w2v_file')
align_parser.add_argument('--ft_file', dest='ft_file')
align_parser.add_argument('--pairs_to_align', dest='pairs_to_align')
align_parser.add_argument('--temp_folder', dest='temp_folder')
align_parser.add_argument('--out_folder', dest='out_folder')
align_parser.set_defaults(func=align)
enrich_parser = subparsers.add_parser('enrich')
enrich_parser.add_argument('--pathway_pairs', dest='pathway_pairs')
enrich_parser.add_argument('--s2v_path', dest='s2v_path')
enrich_parser.add_argument('--pairs_to_align', dest='pairs_to_align')
enrich_parser.add_argument('--temp_folder', dest='temp_folder')
enrich_parser.add_argument('--out_folder', dest='out_folder')
enrich_parser.set_defaults(func=enrich)
if __name__ == '__main__':
args = parser.parse_args()
args.func(args)