Merge branch 'master' of github.com:materialsproject/pymatgen into co…

…mputron

.gitignore

@@ -22,6 +22,6 @@ setuptools*
 .ipynb_checkpoints
 .cache
 .tox
-
+.eggs/
 gulptmp_4_1
 .coverage

CHANGES.rst

@@ -1,6 +1,43 @@
 Change log
 ==========
 
+v2017.10.16
+-----------
+* Added many more OPs and made normalization procedure more robust (Nils Zimmermann)
+* Molecular orbitals functionality in Element (Maxwell Dylla)
+* Improvements in chemenv (David Waroquiers)
+* Add I/O for ATAT’s mcsqs lattice format (Matthew Horton)
+
+v2017.9.29
+----------
+* critic2 command line caller for topological analysis (M. Horton)
+* Refactor coord_util -> coord.
+
+v2017.9.23
+----------
+* Gibbs free energy of a material with respect to Pourbaix stable domains.
+* Phonopy io now supports structure conversions.
+* EnumerateStructureTransformation now implements a useful occupancy rounding.
+* MVLNPTMDSet
+* Improved PDPlotter options.
+* Misc bug fixes.
+
+v2017.9.3
+---------
+* VDW support (Marco Esters) 
+* Bug fix release.
+
+v2017.9.1
+---------
+* Massive refactoring of PhaseDiagram. Now, PDAnalyzer is completely defunct
+  and all analysis is carried out within PhaseDiagram itself, e.g.,
+  pd.get_e_above_hull as opposed to PDAnalyzer(pd).get_e_above_hull.
+* Refactoring of structure prediction. Now in
+  pymatgen.analysis.structure_prediction.
+* New core Spectrum object and associated pymatgen.vis.plotters.SpectrumPlotter.
+* Parsing energies from gen_scfman module in Qchem 5 (Brandon Wood)
+* Improvements to LAMMPSData, vasp IO.
+
 v2017.8.21
 ----------
 * Minor bug fixes.

appveyor.yml

@@ -19,7 +19,6 @@ environment:
     secure: XIbk1W27nucVUHTVpIL2B+FodL9w2Efyw5PqTdnfbHg=
   PYPIPWD:
     secure: QPpXonUAeLJ8p3f936jh7g==
-
 install:
   # Add the paths
   - 'set PATH=%PYTHON%;%PYTHON%\Library\bin;%PYTHON%\Scripts;%PATH%'
@@ -28,12 +27,11 @@ install:
   # - 'python -c "import struct; print(struct.calcsize(''P'') * 8)"'
 
   # Install the build dependencies of the project via conda and pip
-  - 'conda install --yes --quiet numpy scipy matplotlib setuptools wheel'
+  - 'conda install --yes --quiet numpy scipy matplotlib setuptools wheel pip'
   - 'conda install --yes --quiet --channel matsci spglib netcdf4'
   - 'conda update --yes --all'
   - "pip install -r requirements.txt"
-  - "pip install pybtex nose coverage ase coveralls fdint ase twine"  # Note that pyhull is excluded because it does not work on Windows.
-
+  - "pip install pybtex nose coverage ase coveralls fdint ase twine networkx"  # Note that pyhull is excluded because it does not work on Windows.
   # Run develop to install in dev mode and build C extension.
   - "python setup.py develop"
 

dev_scripts/periodic_table.yaml

@@ -1149,7 +1149,7 @@ Ge:
   Common oxidation states: [-4, 2, 4]
   Critical temperature: no data K
   Density of solid: 5323 kg m<sup>-3</sup>
-  Electrical resistivity: about 5000010<sup>-8</sup> &Omega; m
+  Electrical resistivity: about 50000 10<sup>-8</sup> &Omega; m
   Electronic structure: '[Ar].3d<sup>10</sup>.4s<sup>2</sup>.4p<sup>2</sup>'
   Ionic radii: {2: 0.87, 4: 0.67}
   Liquid range: 1881.6 K
@@ -2616,7 +2616,7 @@ Se:
   Common oxidation states: [-2, 2, 4, 6]
   Critical temperature: 1766 K
   Density of solid: 4819 kg m<sup>-3</sup>
-  Electrical resistivity: high10<sup>-8</sup> &Omega; m
+  Electrical resistivity: high 10<sup>-8</sup> &Omega; m
   Electronic structure: '[Ar].3d<sup>10</sup>.4s<sup>2</sup>.4p<sup>4</sup>'
   Ionic radii: {-2: 1.84, 4: 0.64, 6: 0.56}
   Liquid range: 464 K
@@ -2649,7 +2649,7 @@ Si:
   Common oxidation states: [-4, 4]
   Critical temperature: no data K
   Density of solid: 2330 kg m<sup>-3</sup>
-  Electrical resistivity: about 10000010<sup>-8</sup> &Omega; m
+  Electrical resistivity: about 100000 10<sup>-8</sup> &Omega; m
   Electronic structure: '[Ne].3s<sup>2</sup>.3p<sup>2</sup>'
   Ionic radii: {4: 0.54}
   Liquid range: 1486 K
@@ -2880,7 +2880,7 @@ Te:
   Common oxidation states: [-2, 2, 4, 6]
   Critical temperature: no data K
   Density of solid: 6240 kg m<sup>-3</sup>
-  Electrical resistivity: about 1000010<sup>-8</sup> &Omega; m
+  Electrical resistivity: about 10000 10<sup>-8</sup> &Omega; m
   Electronic structure: '[Kr].4d<sup>10</sup>.5s<sup>2</sup>.5p<sup>4</sup>'
   Ionic radii: {-2: 2.07, 4: 1.11, 6: 0.7}
   Liquid range: 538.34 K

docs/_modules/index.html

@@ -5,13 +5,13 @@
 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
   <head>
     <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
-    <title>Overview: module code &#8212; pymatgen 2017.8.21 documentation</title>
+    <title>Overview: module code &#8212; pymatgen 2017.10.16 documentation</title>
     <link rel="stylesheet" href="../_static/proBlue.css" type="text/css" />
     <link rel="stylesheet" href="../_static/pygments.css" type="text/css" />
     <script type="text/javascript">
       var DOCUMENTATION_OPTIONS = {
         URL_ROOT:    '../',
-        VERSION:     '2017.8.21',
+        VERSION:     '2017.10.16',
         COLLAPSE_INDEX: false,
         FILE_SUFFIX: '.html',
         HAS_SOURCE:  true,
@@ -43,7 +43,7 @@ <h3>Navigation</h3>
         <li class="right" >
           <a href="../py-modindex.html" title="Python Module Index"
              >modules</a> |</li>
-        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../index.html">pymatgen 2017.8.21 documentation</a> &#187;</li> 
+        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../index.html">pymatgen 2017.10.16 documentation</a> &#187;</li> 
       </ul>
     </div>  
 
@@ -92,6 +92,7 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/analysis/molecule_structure_comparator.html">pymatgen.analysis.molecule_structure_comparator</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/nmr.html">pymatgen.analysis.nmr</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/path_finder.html">pymatgen.analysis.path_finder</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/phase_diagram.html">pymatgen.analysis.phase_diagram</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/piezo.html">pymatgen.analysis.piezo</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/pourbaix/analyzer.html">pymatgen.analysis.pourbaix.analyzer</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/pourbaix/entry.html">pymatgen.analysis.pourbaix.entry</a></li>
@@ -101,10 +102,14 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/analysis/reaction_calculator.html">pymatgen.analysis.reaction_calculator</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/structure_analyzer.html">pymatgen.analysis.structure_analyzer</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/structure_matcher.html">pymatgen.analysis.structure_matcher</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/structure_prediction/substitution_probability.html">pymatgen.analysis.structure_prediction.substitution_probability</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/structure_prediction/substitutor.html">pymatgen.analysis.structure_prediction.substitutor</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/substrate_analyzer.html">pymatgen.analysis.substrate_analyzer</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/surface_analysis.html">pymatgen.analysis.surface_analysis</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/thermochemistry.html">pymatgen.analysis.thermochemistry</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/transition_state.html">pymatgen.analysis.transition_state</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/wulff.html">pymatgen.analysis.wulff</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/xas/spectrum.html">pymatgen.analysis.xas.spectrum</a></li>
 <li><a href="pymatgen/apps/battery/analyzer.html">pymatgen.apps.battery.analyzer</a></li>
 <li><a href="pymatgen/apps/battery/battery_abc.html">pymatgen.apps.battery.battery_abc</a></li>
 <li><a href="pymatgen/apps/battery/conversion_battery.html">pymatgen.apps.battery.conversion_battery</a></li>
@@ -134,9 +139,11 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/core/ion.html">pymatgen.core.ion</a></li>
 <li><a href="pymatgen/core/lattice.html">pymatgen.core.lattice</a></li>
 <li><a href="pymatgen/core/libxcfunc.html">pymatgen.core.libxcfunc</a></li>
+<li><a href="pymatgen/core/molecular_orbitals.html">pymatgen.core.molecular_orbitals</a></li>
 <li><a href="pymatgen/core/operations.html">pymatgen.core.operations</a></li>
 <li><a href="pymatgen/core/periodic_table.html">pymatgen.core.periodic_table</a></li>
 <li><a href="pymatgen/core/sites.html">pymatgen.core.sites</a></li>
+<li><a href="pymatgen/core/spectrum.html">pymatgen.core.spectrum</a></li>
 <li><a href="pymatgen/core/structure.html">pymatgen.core.structure</a></li>
 <li><a href="pymatgen/core/surface.html">pymatgen.core.surface</a></li>
 <li><a href="pymatgen/core/units.html">pymatgen.core.units</a></li>
@@ -178,6 +185,7 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/io/adf.html">pymatgen.io.adf</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/aiida.html">pymatgen.io.aiida</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/ase.html">pymatgen.io.ase</a></li>
+<li><a href="pymatgen/io/atat.html">pymatgen.io.atat</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/babel.html">pymatgen.io.babel</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/cif.html">pymatgen.io.cif</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/cssr.html">pymatgen.io.cssr</a></li>
@@ -205,20 +213,12 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/io/xr.html">pymatgen.io.xr</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/xyz.html">pymatgen.io.xyz</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/zeopp.html">pymatgen.io.zeopp</a></li>
-<li><a href="pymatgen/matproj/snl.html">pymatgen.matproj.snl</a></li>
 <li><a href="pymatgen/optimization/linear_assignment.html">pymatgen.optimization.linear_assignment</a></li>
 <li><a href="pymatgen/optimization/linear_assignment_numpy.html">pymatgen.optimization.linear_assignment_numpy</a></li>
-<li><a href="pymatgen/phasediagram/analyzer.html">pymatgen.phasediagram.analyzer</a></li>
-<li><a href="pymatgen/phasediagram/entries.html">pymatgen.phasediagram.entries</a></li>
-<li><a href="pymatgen/phasediagram/maker.html">pymatgen.phasediagram.maker</a></li>
-<li><a href="pymatgen/phasediagram/plotter.html">pymatgen.phasediagram.plotter</a></li>
 <li><a href="pymatgen/phonon/bandstructure.html">pymatgen.phonon.bandstructure</a></li>
 <li><a href="pymatgen/phonon/dos.html">pymatgen.phonon.dos</a></li>
 <li><a href="pymatgen/phonon/plotter.html">pymatgen.phonon.plotter</a></li>
-<li><a href="pymatgen/serializers/json_coders.html">pymatgen.serializers.json_coders</a></li>
-<li><a href="pymatgen/serializers/pickle_coders.html">pymatgen.serializers.pickle_coders</a></li>
-<li><a href="pymatgen/structure_prediction/substitution_probability.html">pymatgen.structure_prediction.substitution_probability</a></li>
-<li><a href="pymatgen/structure_prediction/substitutor.html">pymatgen.structure_prediction.substitutor</a></li>
+<li><a href="pymatgen/structure_prediction/volume_predictor.html">pymatgen.structure_prediction.volume_predictor</a></li>
 <li><a href="pymatgen/symmetry/analyzer.html">pymatgen.symmetry.analyzer</a></li>
 <li><a href="pymatgen/symmetry/bandstructure.html">pymatgen.symmetry.bandstructure</a></li>
 <li><a href="pymatgen/symmetry/groups.html">pymatgen.symmetry.groups</a></li>
@@ -231,13 +231,16 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/transformations/standard_transformations.html">pymatgen.transformations.standard_transformations</a></li>
 <li><a href="pymatgen/transformations/transformation_abc.html">pymatgen.transformations.transformation_abc</a></li>
 <li><a href="pymatgen/util/convergence.html">pymatgen.util.convergence</a></li>
-<li><a href="pymatgen/util/coord_utils.html">pymatgen.util.coord_utils</a></li>
-<li><a href="pymatgen/util/coord_utils_cython.html">pymatgen.util.coord_utils_cython</a></li>
+<li><a href="pymatgen/util/coord.html">pymatgen.util.coord</a></li>
+<li><a href="pymatgen/util/coord_cython.html">pymatgen.util.coord_cython</a></li>
 <li><a href="pymatgen/util/io_utils.html">pymatgen.util.io_utils</a></li>
 <li><a href="pymatgen/util/num.html">pymatgen.util.num</a></li>
 <li><a href="pymatgen/util/plotting.html">pymatgen.util.plotting</a></li>
+<li><a href="pymatgen/util/provenance.html">pymatgen.util.provenance</a></li>
+<li><a href="pymatgen/util/serialization.html">pymatgen.util.serialization</a></li>
 <li><a href="pymatgen/util/string.html">pymatgen.util.string</a></li>
 <li><a href="pymatgen/util/testing.html">pymatgen.util.testing</a></li>
+<li><a href="pymatgen/vis/plotters.html">pymatgen.vis.plotters</a></li>
 <li><a href="pymatgen/vis/structure_chemview.html">pymatgen.vis.structure_chemview</a></li>
 <li><a href="pymatgen/vis/structure_vtk.html">pymatgen.vis.structure_vtk</a></li>
 </ul></ul>
@@ -270,13 +273,13 @@ <h3>Navigation</h3>
         <li class="right" >
           <a href="../py-modindex.html" title="Python Module Index"
              >modules</a> |</li>
-        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../index.html">pymatgen 2017.8.21 documentation</a> &#187;</li> 
+        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../index.html">pymatgen 2017.10.16 documentation</a> &#187;</li> 
       </ul>
     </div>
 
     <div class="footer" role="contentinfo">
         &#169; Copyright 2011, Pymatgen Development Team.
-      Created using <a href="http://sphinx-doc.org/">Sphinx</a> 1.6.3.
+      Created using <a href="http://sphinx-doc.org/">Sphinx</a> 1.6.4.
     </div>
 <div class="footer">This page uses <a href="http://analytics.google.com/">
 Google Analytics</a> to collect statistics. You can disable it by blocking

docs/_modules/monty/dev.html

@@ -5,13 +5,13 @@
 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
   <head>
     <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
-    <title>monty.dev &#8212; pymatgen 2017.8.21 documentation</title>
+    <title>monty.dev &#8212; pymatgen 2017.10.16 documentation</title>
     <link rel="stylesheet" href="../../_static/proBlue.css" type="text/css" />
     <link rel="stylesheet" href="../../_static/pygments.css" type="text/css" />
     <script type="text/javascript">
       var DOCUMENTATION_OPTIONS = {
         URL_ROOT:    '../../',
-        VERSION:     '2017.8.21',
+        VERSION:     '2017.10.16',
         COLLAPSE_INDEX: false,
         FILE_SUFFIX: '.html',
         HAS_SOURCE:  true,
@@ -43,7 +43,7 @@ <h3>Navigation</h3>
         <li class="right" >
           <a href="../../py-modindex.html" title="Python Module Index"
              >modules</a> |</li>
-        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../../index.html">pymatgen 2017.8.21 documentation</a> &#187;</li>
+        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../../index.html">pymatgen 2017.10.16 documentation</a> &#187;</li>
           <li class="nav-item nav-item-1"><a href="../index.html" accesskey="U">Module code</a> &#187;</li> 
       </ul>
     </div>  
@@ -307,14 +307,14 @@ <h3>Navigation</h3>
         <li class="right" >
           <a href="../../py-modindex.html" title="Python Module Index"
              >modules</a> |</li>
-        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../../index.html">pymatgen 2017.8.21 documentation</a> &#187;</li>
+        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../../index.html">pymatgen 2017.10.16 documentation</a> &#187;</li>
           <li class="nav-item nav-item-1"><a href="../index.html" >Module code</a> &#187;</li> 
       </ul>
     </div>
 
     <div class="footer" role="contentinfo">
         &#169; Copyright 2011, Pymatgen Development Team.
-      Created using <a href="http://sphinx-doc.org/">Sphinx</a> 1.6.3.
+      Created using <a href="http://sphinx-doc.org/">Sphinx</a> 1.6.4.
     </div>
 <div class="footer">This page uses <a href="http://analytics.google.com/">
 Google Analytics</a> to collect statistics. You can disable it by blocking