Skip to content

Commit

Permalink
Fix doc and fixes py3 compatibility.
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@shyuep
shyuep committed Dec 11, 2018
1 parent 365f078 commit 3aee1c7
Show file tree
Hide file tree
Showing 739 changed files with 14,472 additions and 12,369 deletions.
49 changes: 28 additions & 21 deletions docs/_modules/index.html
View file
Expand Up @@ -4,27 +4,16 @@

<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=Edge" />
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />

<title>Overview: module code &#8212; pymatgen 2018.11.30 documentation</title>

<link rel="stylesheet" href="../_static/proBlue.css" type="text/css" />
<link rel="stylesheet" href="../_static/pygments.css" type="text/css" />

<script type="text/javascript">
var DOCUMENTATION_OPTIONS = {
URL_ROOT: '../',
VERSION: '2018.11.30',
COLLAPSE_INDEX: false,
FILE_SUFFIX: '.html',
HAS_SOURCE: true,
SOURCELINK_SUFFIX: '.txt'
};
</script>
<script type="text/javascript" id="documentation_options" data-url_root="../" src="../_static/documentation_options.js"></script>
<script type="text/javascript" src="../_static/jquery.js"></script>
<script type="text/javascript" src="../_static/underscore.js"></script>
<script type="text/javascript" src="../_static/doctools.js"></script>
<script type="text/javascript" src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/mathjax/2.7.0/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML"></script>
<script async="async" type="text/javascript" src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/mathjax/2.7.1/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML"></script>
<link rel="shortcut icon" href="../_static/favicon.ico"/>
<link rel="index" title="Index" href="../genindex.html" />
<link rel="search" title="Search" href="../search.html" />
Expand All @@ -35,8 +24,7 @@
_gaq.push(['_trackPageview']);
</script>

</head>
<body>
</head><body>
<div class="related" role="navigation" aria-label="related navigation">
<h3>Navigation</h3>
<ul>
Expand All @@ -56,15 +44,15 @@ <h3>Navigation</h3>
<div class="body" role="main">

<h1>All modules for which code is available</h1>
<ul><li><a href="collections.html">collections</a></li>
<li><a href="logging.html">logging</a></li>
<ul><li><a href="logging.html">logging</a></li>
<li><a href="monty/dev.html">monty.dev</a></li>
<li><a href="pymatgen.html">pymatgen</a></li>
<ul><li><a href="pymatgen/alchemy/filters.html">pymatgen.alchemy.filters</a></li>
<li><a href="pymatgen/alchemy/materials.html">pymatgen.alchemy.materials</a></li>
<li><a href="pymatgen/alchemy/transmuters.html">pymatgen.alchemy.transmuters</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/adsorption.html">pymatgen.analysis.adsorption</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/aflow_prototypes.html">pymatgen.analysis.aflow_prototypes</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/bond_dissociation.html">pymatgen.analysis.bond_dissociation</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/bond_valence.html">pymatgen.analysis.bond_valence</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/chemenv_strategies.html">pymatgen.analysis.chemenv.coordination_environments.chemenv_strategies</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries.html">pymatgen.analysis.chemenv.coordination_environments.coordination_geometries</a></li>
Expand All @@ -80,10 +68,15 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
<li><a href="pymatgen/analysis/chemenv/utils/scripts_utils.html">pymatgen.analysis.chemenv.utils.scripts_utils</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/cost/cost.html">pymatgen.analysis.cost.cost</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/defects/core.html">pymatgen.analysis.defects.core</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/defects/corrections.html">pymatgen.analysis.defects.corrections</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/defects/defect_compatibility.html">pymatgen.analysis.defects.defect_compatibility</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/defects/dilute_solution_model.html">pymatgen.analysis.defects.dilute_solution_model</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/defects/generators.html">pymatgen.analysis.defects.generators</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/defects/thermodynamics.html">pymatgen.analysis.defects.thermodynamics</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/defects/utils.html">pymatgen.analysis.defects.utils</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/diffraction/core.html">pymatgen.analysis.diffraction.core</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/diffraction/neutron.html">pymatgen.analysis.diffraction.neutron</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/diffraction/xrd.html">pymatgen.analysis.diffraction.xrd</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/diffusion_analyzer.html">pymatgen.analysis.diffusion_analyzer</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/dimensionality.html">pymatgen.analysis.dimensionality</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/elasticity/elastic.html">pymatgen.analysis.elasticity.elastic</a></li>
Expand All @@ -94,15 +87,21 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
<li><a href="pymatgen/analysis/ewald.html">pymatgen.analysis.ewald</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/excitation.html">pymatgen.analysis.excitation</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/ferroelectricity/polarization.html">pymatgen.analysis.ferroelectricity.polarization</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/fragmenter.html">pymatgen.analysis.fragmenter</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/functional_groups.html">pymatgen.analysis.functional_groups</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/gb/grain.html">pymatgen.analysis.gb.grain</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/graphs.html">pymatgen.analysis.graphs</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/interface_reactions.html">pymatgen.analysis.interface_reactions</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/local_env.html">pymatgen.analysis.local_env</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/magnetism/analyzer.html">pymatgen.analysis.magnetism.analyzer</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/magnetism/jahnteller.html">pymatgen.analysis.magnetism.jahnteller</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/molecule_matcher.html">pymatgen.analysis.molecule_matcher</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/molecule_structure_comparator.html">pymatgen.analysis.molecule_structure_comparator</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/nmr.html">pymatgen.analysis.nmr</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/path_finder.html">pymatgen.analysis.path_finder</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/phase_diagram.html">pymatgen.analysis.phase_diagram</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/piezo.html">pymatgen.analysis.piezo</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/pourbaix_diagram.html">pymatgen.analysis.pourbaix_diagram</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/quasiharmonic.html">pymatgen.analysis.quasiharmonic</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/reaction_calculator.html">pymatgen.analysis.reaction_calculator</a></li>
<li><a href="pymatgen/analysis/structure_analyzer.html">pymatgen.analysis.structure_analyzer</a></li>
Expand All @@ -129,8 +128,10 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
<li><a href="pymatgen/cli/feff_plot_dos.html">pymatgen.cli.feff_plot_dos</a></li>
<li><a href="pymatgen/cli/gaussian_analyzer.html">pymatgen.cli.gaussian_analyzer</a></li>
<li><a href="pymatgen/cli/get_environment.html">pymatgen.cli.get_environment</a></li>
<li><a href="pymatgen/cli/pmg.html">pymatgen.cli.pmg</a></li>
<li><a href="pymatgen/cli/pmg_analyze.html">pymatgen.cli.pmg_analyze</a></li>
<li><a href="pymatgen/cli/pmg_config.html">pymatgen.cli.pmg_config</a></li>
<li><a href="pymatgen/cli/pmg_plot.html">pymatgen.cli.pmg_plot</a></li>
<li><a href="pymatgen/cli/pmg_potcar.html">pymatgen.cli.pmg_potcar</a></li>
<li><a href="pymatgen/cli/pmg_query.html">pymatgen.cli.pmg_query</a></li>
<li><a href="pymatgen/cli/pmg_structure.html">pymatgen.cli.pmg_structure</a></li>
Expand Down Expand Up @@ -193,6 +194,7 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
<li><a href="pymatgen/io/aiida.html">pymatgen.io.aiida</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/ase.html">pymatgen.io.ase</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/atat.html">pymatgen.io.atat</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/babel.html">pymatgen.io.babel</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/cif.html">pymatgen.io.cif</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/cssr.html">pymatgen.io.cssr</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/exciting/inputs.html">pymatgen.io.exciting.inputs</a></li>
Expand All @@ -204,12 +206,14 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
<li><a href="pymatgen/io/lammps/data.html">pymatgen.io.lammps.data</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/lammps/inputs.html">pymatgen.io.lammps.inputs</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/lammps/outputs.html">pymatgen.io.lammps.outputs</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/lammps/utils.html">pymatgen.io.lammps.utils</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/lmto.html">pymatgen.io.lmto</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/lobster.html">pymatgen.io.lobster</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/nwchem.html">pymatgen.io.nwchem</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/phonopy.html">pymatgen.io.phonopy</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/pwscf.html">pymatgen.io.pwscf</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/qchem/inputs.html">pymatgen.io.qchem.inputs</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/qchem/outputs.html">pymatgen.io.qchem.outputs</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/qchem/sets.html">pymatgen.io.qchem.sets</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/qchem/utils.html">pymatgen.io.qchem.utils</a></li>
<li><a href="pymatgen/io/qchem_deprecated.html">pymatgen.io.qchem_deprecated</a></li>
Expand All @@ -231,6 +235,7 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
<li><a href="pymatgen/symmetry/maggroups.html">pymatgen.symmetry.maggroups</a></li>
<li><a href="pymatgen/symmetry/settings.html">pymatgen.symmetry.settings</a></li>
<li><a href="pymatgen/symmetry/structure.html">pymatgen.symmetry.structure</a></li>
<li><a href="pymatgen/transformations/advanced_transformations.html">pymatgen.transformations.advanced_transformations</a></li>
<li><a href="pymatgen/transformations/defect_transformations.html">pymatgen.transformations.defect_transformations</a></li>
<li><a href="pymatgen/transformations/site_transformations.html">pymatgen.transformations.site_transformations</a></li>
<li><a href="pymatgen/transformations/standard_transformations.html">pymatgen.transformations.standard_transformations</a></li>
Expand Down Expand Up @@ -258,12 +263,14 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
<div class="sphinxsidebarwrapper">
<div id="searchbox" style="display: none" role="search">
<h3>Quick search</h3>
<div class="searchformwrapper">
<form class="search" action="../search.html" method="get">
<div><input type="text" name="q" /></div>
<div><input type="submit" value="Go" /></div>
<input type="text" name="q" />
<input type="submit" value="Go" />
<input type="hidden" name="check_keywords" value="yes" />
<input type="hidden" name="area" value="default" />
</form>
</div>
</div>
<script type="text/javascript">$('#searchbox').show(0);</script>
</div>
Expand All @@ -285,7 +292,7 @@ <h3>Navigation</h3>

<div class="footer" role="contentinfo">
&#169; Copyright 2011, Pymatgen Development Team.
Created using <a href="http://sphinx-doc.org/">Sphinx</a> 1.6.2.
Created using <a href="http://sphinx-doc.org/">Sphinx</a> 1.8.2.
</div>
<div class="footer">This page uses <a href="http://analytics.google.com/">
Google Analytics</a> to collect statistics. You can disable it by blocking
Expand Down

0 comments on commit 3aee1c7

Please sign in to comment.