Update docs.

materialsproject · Nov 6, 2018 · 6841851 · 6841851
1 parent e68fc29
commit 6841851
Show file tree

Hide file tree

Showing 476 changed files with 12,968 additions and 14,105 deletions.
diff --git a/docs/_modules/index.html b/docs/_modules/index.html
@@ -6,8 +6,8 @@
   <head>
     <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=Edge" />
     <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
-    <title>Overview: module code &#8212; pymatgen 2018.10.18 documentation</title>
-    <link rel="stylesheet" href="../_static/proBlue.css" type="text/css" />
+    <title>Overview: module code &#8212; pymatgen 2018.11.6 documentation</title>
+    <link rel="stylesheet" href="../_static/basic.css" type="text/css" />
     <link rel="stylesheet" href="../_static/pygments.css" type="text/css" />
     <script type="text/javascript" id="documentation_options" data-url_root="../" src="../_static/documentation_options.js"></script>
     <script type="text/javascript" src="../_static/jquery.js"></script>
@@ -34,25 +34,24 @@ <h3>Navigation</h3>
         <li class="right" >
           <a href="../py-modindex.html" title="Python Module Index"
              >modules</a> |</li>
-        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../index.html">pymatgen 2018.10.18 documentation</a> &#187;</li> 
+        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../index.html">pymatgen 2018.11.6 documentation</a> &#187;</li> 
       </ul>
     </div>  
 
     <div class="document">
       <div class="documentwrapper">
-        <div class="bodywrapper">
           <div class="body" role="main">
 
   <h1>All modules for which code is available</h1>
-<ul><li><a href="collections.html">collections</a></li>
-<li><a href="logging.html">logging</a></li>
+<ul><li><a href="logging.html">logging</a></li>
 <li><a href="monty/dev.html">monty.dev</a></li>
 <li><a href="pymatgen.html">pymatgen</a></li>
 <ul><li><a href="pymatgen/alchemy/filters.html">pymatgen.alchemy.filters</a></li>
 <li><a href="pymatgen/alchemy/materials.html">pymatgen.alchemy.materials</a></li>
 <li><a href="pymatgen/alchemy/transmuters.html">pymatgen.alchemy.transmuters</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/adsorption.html">pymatgen.analysis.adsorption</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/aflow_prototypes.html">pymatgen.analysis.aflow_prototypes</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/bond_dissociation.html">pymatgen.analysis.bond_dissociation</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/bond_valence.html">pymatgen.analysis.bond_valence</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/chemenv_strategies.html">pymatgen.analysis.chemenv.coordination_environments.chemenv_strategies</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries.html">pymatgen.analysis.chemenv.coordination_environments.coordination_geometries</a></li>
@@ -74,6 +73,9 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/analysis/defects/generators.html">pymatgen.analysis.defects.generators</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/defects/thermodynamics.html">pymatgen.analysis.defects.thermodynamics</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/defects/utils.html">pymatgen.analysis.defects.utils</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/diffraction/core.html">pymatgen.analysis.diffraction.core</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/diffraction/neutron.html">pymatgen.analysis.diffraction.neutron</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/diffraction/xrd.html">pymatgen.analysis.diffraction.xrd</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/diffusion_analyzer.html">pymatgen.analysis.diffusion_analyzer</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/elasticity/elastic.html">pymatgen.analysis.elasticity.elastic</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/elasticity/strain.html">pymatgen.analysis.elasticity.strain</a></li>
@@ -84,16 +86,21 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/analysis/excitation.html">pymatgen.analysis.excitation</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/ferroelectricity/polarization.html">pymatgen.analysis.ferroelectricity.polarization</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/find_dimension.html">pymatgen.analysis.find_dimension</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/fragmenter.html">pymatgen.analysis.fragmenter</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/functional_groups.html">pymatgen.analysis.functional_groups</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/gb/grain.html">pymatgen.analysis.gb.grain</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/graphs.html">pymatgen.analysis.graphs</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/interface_reactions.html">pymatgen.analysis.interface_reactions</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/local_env.html">pymatgen.analysis.local_env</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/magnetism/analyzer.html">pymatgen.analysis.magnetism.analyzer</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/magnetism/jahnteller.html">pymatgen.analysis.magnetism.jahnteller</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/molecule_matcher.html">pymatgen.analysis.molecule_matcher</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/molecule_structure_comparator.html">pymatgen.analysis.molecule_structure_comparator</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/nmr.html">pymatgen.analysis.nmr</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/path_finder.html">pymatgen.analysis.path_finder</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/phase_diagram.html">pymatgen.analysis.phase_diagram</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/piezo.html">pymatgen.analysis.piezo</a></li>
+<li><a href="pymatgen/analysis/pourbaix_diagram.html">pymatgen.analysis.pourbaix_diagram</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/quasiharmonic.html">pymatgen.analysis.quasiharmonic</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/reaction_calculator.html">pymatgen.analysis.reaction_calculator</a></li>
 <li><a href="pymatgen/analysis/structure_analyzer.html">pymatgen.analysis.structure_analyzer</a></li>
@@ -119,8 +126,10 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/cli/feff_plot_dos.html">pymatgen.cli.feff_plot_dos</a></li>
 <li><a href="pymatgen/cli/gaussian_analyzer.html">pymatgen.cli.gaussian_analyzer</a></li>
 <li><a href="pymatgen/cli/get_environment.html">pymatgen.cli.get_environment</a></li>
+<li><a href="pymatgen/cli/pmg.html">pymatgen.cli.pmg</a></li>
 <li><a href="pymatgen/cli/pmg_analyze.html">pymatgen.cli.pmg_analyze</a></li>
 <li><a href="pymatgen/cli/pmg_config.html">pymatgen.cli.pmg_config</a></li>
+<li><a href="pymatgen/cli/pmg_plot.html">pymatgen.cli.pmg_plot</a></li>
 <li><a href="pymatgen/cli/pmg_potcar.html">pymatgen.cli.pmg_potcar</a></li>
 <li><a href="pymatgen/cli/pmg_query.html">pymatgen.cli.pmg_query</a></li>
 <li><a href="pymatgen/cli/pmg_structure.html">pymatgen.cli.pmg_structure</a></li>
@@ -183,6 +192,7 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/io/aiida.html">pymatgen.io.aiida</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/ase.html">pymatgen.io.ase</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/atat.html">pymatgen.io.atat</a></li>
+<li><a href="pymatgen/io/babel.html">pymatgen.io.babel</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/cif.html">pymatgen.io.cif</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/cssr.html">pymatgen.io.cssr</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/exciting/inputs.html">pymatgen.io.exciting.inputs</a></li>
@@ -194,12 +204,14 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/io/lammps/data.html">pymatgen.io.lammps.data</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/lammps/inputs.html">pymatgen.io.lammps.inputs</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/lammps/outputs.html">pymatgen.io.lammps.outputs</a></li>
+<li><a href="pymatgen/io/lammps/utils.html">pymatgen.io.lammps.utils</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/lmto.html">pymatgen.io.lmto</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/lobster.html">pymatgen.io.lobster</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/nwchem.html">pymatgen.io.nwchem</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/phonopy.html">pymatgen.io.phonopy</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/pwscf.html">pymatgen.io.pwscf</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/qchem/inputs.html">pymatgen.io.qchem.inputs</a></li>
+<li><a href="pymatgen/io/qchem/outputs.html">pymatgen.io.qchem.outputs</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/qchem/sets.html">pymatgen.io.qchem.sets</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/qchem/utils.html">pymatgen.io.qchem.utils</a></li>
 <li><a href="pymatgen/io/qchem_deprecated.html">pymatgen.io.qchem_deprecated</a></li>
@@ -221,6 +233,7 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 <li><a href="pymatgen/symmetry/maggroups.html">pymatgen.symmetry.maggroups</a></li>
 <li><a href="pymatgen/symmetry/settings.html">pymatgen.symmetry.settings</a></li>
 <li><a href="pymatgen/symmetry/structure.html">pymatgen.symmetry.structure</a></li>
+<li><a href="pymatgen/transformations/advanced_transformations.html">pymatgen.transformations.advanced_transformations</a></li>
 <li><a href="pymatgen/transformations/defect_transformations.html">pymatgen.transformations.defect_transformations</a></li>
 <li><a href="pymatgen/transformations/site_transformations.html">pymatgen.transformations.site_transformations</a></li>
 <li><a href="pymatgen/transformations/standard_transformations.html">pymatgen.transformations.standard_transformations</a></li>
@@ -241,23 +254,6 @@ <h1>All modules for which code is available</h1>
 </ul></ul>
 
           </div>
-        </div>
-      </div>
-      <div class="sphinxsidebar" role="navigation" aria-label="main navigation">
-        <div class="sphinxsidebarwrapper">
-<div id="searchbox" style="display: none" role="search">
-  <h3>Quick search</h3>
-    <div class="searchformwrapper">
-    <form class="search" action="../search.html" method="get">
-      <input type="text" name="q" />
-      <input type="submit" value="Go" />
-      <input type="hidden" name="check_keywords" value="yes" />
-      <input type="hidden" name="area" value="default" />
-    </form>
-    </div>
-</div>
-<script type="text/javascript">$('#searchbox').show(0);</script>
-        </div>
       </div>
       <div class="clearer"></div>
     </div>
@@ -270,7 +266,7 @@ <h3>Navigation</h3>
         <li class="right" >
           <a href="../py-modindex.html" title="Python Module Index"
              >modules</a> |</li>
-        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../index.html">pymatgen 2018.10.18 documentation</a> &#187;</li> 
+        <li class="nav-item nav-item-0"><a href="../index.html">pymatgen 2018.11.6 documentation</a> &#187;</li> 
       </ul>
     </div>