Tests now run across whole of analysis.

.circleci/config.yml

@@ -49,7 +49,7 @@ jobs:
             echo "--- Done ---"
             echo "flake8 checks..."
             flake8 --count --select=E9,F63,F7,F82 --show-source --statistics pymatgen
-            flake8 --count --show-source --statistics pymatgen/core pymatgen/electronic_structure pymatgen/ext pymatgen/io pymatgen/transformations
+            flake8 --count --show-source --statistics pymatgen/core pymatgen/electronic_structure pymatgen/ext pymatgen/io pymatgen/transformations pymatgen/analysis
             # exit-zero treats all errors as warnings.
             flake8 --count --exit-zero --max-complexity=10 --statistics pymatgen
             echo "--- Done ---"

.github/workflows/pmg-lint.yml

@@ -32,6 +32,6 @@ jobs:
         pip install flake8
         # stop the build if there are Python syntax errors or undefined names
         flake8 --count --select=E9,F63,F7,F82 --show-source --statistics pymatgen
-        flake8 --count --show-source --statistics pymatgen/core pymatgen/electronic_structure pymatgen/ext pymatgen/io pymatgen/transformations
+        flake8 --count --show-source --statistics pymatgen/core pymatgen/electronic_structure pymatgen/ext pymatgen/io pymatgen/transformations pymatgen/analysis
         # exit-zero treats all errors as warnings.
         flake8 --count --exit-zero --max-complexity=10 --statistics pymatgen

.travis.yml

@@ -39,7 +39,7 @@ script:
   - travis_wait 28800 pycodestyle pymatgen && mypy pymatgen && pytest $EXCLUDE_TESTS pymatgen
   # Docstyle checks are enforced for files that have been modified since the v2019.9.12 tagged release.
   - flake8 --count --select=E9,F63,F7,F82 --show-source --statistics pymatgen
-  - flake8 --count --show-source --statistics pymatgen/core pymatgen/electronic_structure pymatgen/ext pymatgen/io pymatgen/transformations
+  - flake8 --count --show-source --statistics pymatgen/core pymatgen/electronic_structure pymatgen/ext pymatgen/io pymatgen/transformations pymatgen/analysis
   - flake8 --count --exit-zero --max-complexity=10 --statistics pymatgen
   - export MODIFIED_FILES=`git diff --diff-filter=ACMRTUXB --name-only HEAD v2019.9.12 | grep -E 'pymatgen.*\.(py)$' | sed '/test_/d' | sed 'post_processors_abc/d' | tr '\n' ' '`
   - pydocstyle --count pymatgen/core $MODIFIED_FILES

pymatgen/analysis/graphs.py

@@ -2,6 +2,9 @@
 # Copyright (c) Pymatgen Development Team.
 # Distributed under the terms of the MIT License.
 
+"""
+Module for graph representations of crystals.
+"""
 
 import warnings
 import subprocess
@@ -76,7 +79,6 @@ def _isomorphic(frag1, frag2):
     f2_nodes = frag2.nodes(data=True)
     if len(f1_nodes) != len(f2_nodes):
         return False
-    f1_edges = frag1.edges()
     f2_edges = frag2.edges()
     if len(f2_edges) != len(f2_edges):
         return False
@@ -1512,8 +1514,10 @@ def edge_match(e1, e2):
 
 
 class MolGraphSplitError(Exception):
-    # Raised when a molecule graph is failed to split into two disconnected
-    # subgraphs
+    """
+    Raised when a molecule graph is failed to split into two disconnected
+    subgraphs
+    """
     pass
 
 

setup.cfg

@@ -9,7 +9,7 @@ statistics = True
 exclude=test_*,pymatgen/__init__.py,docs_rst/*.py
 
 [flake8]
-exclude = .git,__pycache__,docs_rst/conf.py,tests,pymatgen/io/abinit,__init__.py,pymatgen/analysis/chemenv,pymatgen/analysis/defects
+exclude = .git,__pycache__,docs_rst/conf.py,tests,pymatgen/io/abinit,__init__.py,pymatgen/analysis/chemenv,pymatgen/analysis/defects,pymatgen/analysis/magnetism
 # max-complexity = 10
 extend-ignore = E741
 max-line-length = 120