Merge a05313d into 141ce35

.pre-commit-config.yaml

@@ -21,7 +21,7 @@ repos:
           - --ignore-init-module-imports
 
   - repo: https://github.com/asottile/pyupgrade
-    rev: v2.34.0
+    rev: v2.37.3
     hooks:
       - id: pyupgrade
         args: [--py38-plus]
@@ -46,11 +46,11 @@ repos:
       - id: black
 
   - repo: https://github.com/PyCQA/flake8
-    rev: 4.0.1
+    rev: 5.0.2
     hooks:
       - id: flake8
 
   - repo: https://github.com/pre-commit/mirrors-mypy
-    rev: v0.961
+    rev: v0.971
     hooks:
       - id: mypy

pymatgen/analysis/diffusion/aimd/rdf.py

@@ -12,13 +12,12 @@
 
 import numpy as np
 from joblib import Parallel, delayed
+from pymatgen.core import Structure
+from pymatgen.util.plotting import pretty_plot
 from scipy.ndimage import gaussian_filter1d
 from scipy.signal import find_peaks
 from scipy.stats import norm
 
-from pymatgen.core import Structure
-from pymatgen.util.plotting import pretty_plot
-
 
 class RadialDistributionFunction:
     """

pymatgen/analysis/diffusion/aimd/tests/test_pathway.py

@@ -12,7 +12,10 @@
 from pymatgen.core import Structure
 from pymatgen.io.vasp import Chgcar
 
-from pymatgen.analysis.diffusion.aimd.pathway import ProbabilityDensityAnalysis, SiteOccupancyAnalyzer
+from pymatgen.analysis.diffusion.aimd.pathway import (
+    ProbabilityDensityAnalysis,
+    SiteOccupancyAnalyzer,
+)
 from pymatgen.analysis.diffusion.analyzer import DiffusionAnalyzer
 
 tests_dir = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))

pymatgen/analysis/diffusion/aimd/tests/test_van_hove.py

@@ -14,7 +14,11 @@
 import numpy as np
 from monty.serialization import loadfn
 
-from pymatgen.analysis.diffusion.aimd.van_hove import EvolutionAnalyzer, RadialDistributionFunction, VanHoveAnalysis
+from pymatgen.analysis.diffusion.aimd.van_hove import (
+    EvolutionAnalyzer,
+    RadialDistributionFunction,
+    VanHoveAnalysis,
+)
 
 matplotlib.use("pdf")
 tests_dir = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))

pymatgen/analysis/diffusion/aimd/van_hove.py

@@ -12,11 +12,11 @@
 import matplotlib.pyplot as plt
 import numpy as np
 import pandas as pds
-from scipy.stats import norm
-
 from pymatgen.core import Structure
 from pymatgen.util.plotting import pretty_plot
 from pymatgen.util.typing import ArrayLike
+from scipy.stats import norm
+
 from pymatgen.analysis.diffusion.analyzer import DiffusionAnalyzer
 
 from .rdf import RadialDistributionFunction

pymatgen/analysis/diffusion/analyzer.py

@@ -24,7 +24,10 @@
 import numpy as np
 import scipy.constants as const
 from monty.json import MSONable
-from pymatgen.analysis.structure_matcher import OrderDisorderElementComparator, StructureMatcher
+from pymatgen.analysis.structure_matcher import (
+    OrderDisorderElementComparator,
+    StructureMatcher,
+)
 from pymatgen.core.periodic_table import get_el_sp
 from pymatgen.core.structure import Structure
 from pymatgen.io.vasp.outputs import Vasprun

pymatgen/analysis/diffusion/neb/full_path_mapper.py

@@ -29,7 +29,10 @@
 from pymatgen.symmetry.structure import SymmetrizedStructure
 
 from pymatgen.analysis.diffusion.neb.pathfinder import MigrationHop
-from pymatgen.analysis.diffusion.neb.periodic_dijkstra import get_optimal_pathway_rev, periodic_dijkstra
+from pymatgen.analysis.diffusion.neb.periodic_dijkstra import (
+    get_optimal_pathway_rev,
+    periodic_dijkstra,
+)
 from pymatgen.analysis.diffusion.utils.parse_entries import process_entries
 
 logger = logging.getLogger(__name__)

pymatgen/analysis/diffusion/neb/pathfinder.py

@@ -24,7 +24,10 @@
 # TODO: (1) ipython notebook example files, unittests
 from pymatgen.symmetry.structure import SymmetrizedStructure
 
-from pymatgen.analysis.diffusion.utils.supercells import get_sc_fromstruct, get_start_end_structures
+from pymatgen.analysis.diffusion.utils.supercells import (
+    get_sc_fromstruct,
+    get_start_end_structures,
+)
 
 logger = logging.getLogger(__name__)
 

pymatgen/analysis/diffusion/neb/tests/test_pathfinder.py

@@ -10,7 +10,11 @@
 from pymatgen.util.testing import PymatgenTest
 
 from pymatgen.analysis.diffusion.neb.full_path_mapper import MigrationGraph
-from pymatgen.analysis.diffusion.neb.pathfinder import DistinctPathFinder, IDPPSolver, MigrationHop
+from pymatgen.analysis.diffusion.neb.pathfinder import (
+    DistinctPathFinder,
+    IDPPSolver,
+    MigrationHop,
+)
 from pymatgen.analysis.diffusion.utils.supercells import get_start_end_structures
 
 __author__ = "Iek-Heng Chu"

pymatgen/analysis/diffusion/tests/test_analyzer.py

@@ -14,7 +14,11 @@
 from pymatgen.core.structure import Structure
 from pymatgen.util.testing import PymatgenTest
 
-from pymatgen.analysis.diffusion.analyzer import DiffusionAnalyzer, fit_arrhenius, get_conversion_factor
+from pymatgen.analysis.diffusion.analyzer import (
+    DiffusionAnalyzer,
+    fit_arrhenius,
+    get_conversion_factor,
+)
 
 module_dir = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
 

pymatgen/analysis/diffusion/utils/edge_data_from_sc.py

@@ -19,8 +19,13 @@
 from pymatgen.core.structure import PeriodicSite, Structure
 from pymatgen.symmetry.analyzer import SpacegroupAnalyzer
 
-from pymatgen.analysis.diffusion.neb.full_path_mapper import MigrationGraph, MigrationHop
-from pymatgen.analysis.diffusion.utils.parse_entries import get_matched_structure_mapping
+from pymatgen.analysis.diffusion.neb.full_path_mapper import (
+    MigrationGraph,
+    MigrationHop,
+)
+from pymatgen.analysis.diffusion.utils.parse_entries import (
+    get_matched_structure_mapping,
+)
 
 logger = logging.getLogger(__name__)
 

pymatgen/analysis/diffusion/utils/supercells.py

@@ -11,7 +11,9 @@
 # from ase.build import find_optimal_cell_shape, get_deviation_from_optimal_cell_shape
 # from pymatgen.io.ase import AseAtomsAdaptor
 from pymatgen.core import PeriodicSite, Structure
-from pymatgen.transformations.advanced_transformations import CubicSupercellTransformation
+from pymatgen.transformations.advanced_transformations import (
+    CubicSupercellTransformation,
+)
 
 __author__ = "Jimmy Shen"
 __copyright__ = "Copyright 2019, The Materials Project"

pymatgen/analysis/diffusion/utils/tests/test_edge_data_from_sc.py

@@ -9,7 +9,11 @@
 from pymatgen.core.structure import PeriodicSite, Structure
 
 from pymatgen.analysis.diffusion.neb.full_path_mapper import MigrationGraph
-from pymatgen.analysis.diffusion.utils.edge_data_from_sc import add_edge_data_from_sc, get_uc_pos, get_unique_hop
+from pymatgen.analysis.diffusion.utils.edge_data_from_sc import (
+    add_edge_data_from_sc,
+    get_uc_pos,
+    get_unique_hop,
+)
 
 test_dir = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))